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收集前3年新农合基金实际消耗医疗费用数额、新农合筹资总额以及医疗费用增长率、参合人员老龄化比例等指标来综合评估按人头预付总额；按照当年区（县）财政实际下拨基金数额和参合总人数（以各镇合作医疗事务所登记、缴费的参合农民人数为准），确定预付标准，并于每年年初下发预付指标。
以收定支，合理定额。依据所在镇参合人数、筹资水平、补偿方案调整、医疗服务成本变化及居民卫生服务需求增长等因素合理确定社区卫生服务中心按人头支付的额度，并每年调整一次。
具体测算办法是：人头基准数根据所在镇参合人数核定；人均支付标准按照当年筹资水平的85%，加上新农合基金的历年结余，计算出当年可支配基金的总数；另外大病减负基金预留5%、风险基金预留10%，由合作医疗管理部门统一管理和使用。
在家庭医生制度的改革背景下，鼓励有条件的社区卫生服务中心将新农合基金按人头支付指标按照签约服务情况分解到全科医生团队，建立家庭医生“既管健康、又管费用”的机制。
参合农民年度人均支付标准为当年可支配基金的总数除以参合农民总数。
参合农民人均支付标准=［当年筹资总额-（风险基金+大病减贫基金）+历年结余-调剂额度］/参合农民总数
按人头支付经费用于参合人员门急诊和住院所有疾病的基本医疗补偿，包括：镇、村医疗机构门诊、住院费用，转诊至二、三级医院的门诊、住院实时结算和事后报销的费用，政策范围内的其他（如非定点或未办转诊等减半报销）事后报销费用。
大病减贫和二次补偿不纳入按人头支付额度范围，由新农合管理部门实行事后报销。也就是说，新农合管理部门将按人头支付测算的经费拨付至社区卫生服务中心，社区卫生服务中心既要负责管理参合农民在社区卫生服务中心就诊发生的医疗费用，又要管理参合农民在辖区内村卫生室发生的医疗费用，还要负责患者转诊至二、三级医院的医疗费用。
图3-1 新农合基金按人头支付基金筹集使用示意图
确定按人头支付标准后，按照各镇参合农民总数，将新农合预付基金拨付至各社区卫生服务中心（不包括大病保险费用）。新农合管理部门将当年可分配的基金总额按照各社区卫生服务中心服务的人口数等进行分配。对于区域内有多个社区卫生服务中心的，按居住地参合人口或服务签约参合人口，由当地镇新农合管理部门负责切分。
在实际拨付经费时，考虑到二、三级医院可能产生不合理的医疗费用，需要对二、三级医院的费用进行事后审核及监管。可以将二、三级医院的基金预留在新农合管理部门，具体根据历年社区卫生服务中心与二、三级医院实际发生医疗费用的流向比例确定。如根据一、二、三级医院新农合基金流向比例，将按人头支付测算总额中45%直接预付至社区卫生服务中心，另外55%（二级医院40% +三级医院15%）的额度预留在新农合管理部门，由新农合管理部门协助社区卫生服务中心加强对二、三级医院的费用管理。
若区县内部分二、三级医院尚未实现新农合实时结算，参合农民就诊的补偿费用需要事后到新农合管理部门窗口结算，这时，各社区卫生服务中心每季度的实际预付金额中要扣除二、三级医院实时结算和事后报销的费用。即“社区卫生服务中心季度预付金额=季度预付核定总额-转上级医院实时结算计划费用-新农合窗口事后报销计划费用”。
社区卫生服务中心作为按人头支付的平台，将新农合基金按照签约服务人口数预付至全科医生团队，家庭医生既负责管理参合农民在社区卫生服务中心就诊发生的医疗费用，又要管理参合农民在辖区内村卫生室发生的医疗费用和转诊至二、三级医院发生的医疗费用。
要合理分配村卫生室费用指标，原则上村卫生室费用控制在所在村参合对象当年筹资总额的20%～25%，具体由社区卫生服务中心结合当地村卫生室实际情况确定。
家庭医生所辖区域参合人员基金总额为：家庭医生管辖区域内参合人数×区合作医疗核定每参合人员全年可用基金数-5%大病风险基金。
5%大病风险基金是指在家庭所签约的对象中大病（按区域合作医疗大病目录为准）的发生率超过本社区的平均发病率时可申请风险基金的补偿。
此项指标中包含二、三级医院的基金使用数、社区卫生服务中心内其他各科所使用的基金数，以及各村卫生室所发生的基金使用数，每名家庭医生需要对所辖区域内参合百姓所有的基金使用情况负责。
全科医生团队是由家庭医生为主组成的承担医疗服务和健康管理责任的主体。在新农合基金按人头预付体系中，全科团队作为责任主体，被赋予了居民健康和医疗费用双重“守门人”的职责。
全科医师作为签约服务的主体，以社区卫生服务中心及村卫生室为平台，以服务团队为支撑，建立包括全科医师、公共卫生医师、乡村医生、社区护士等人员组成的社区团队，以契约服务的形式，为全体签约居民提供常见病、多发病、诊断明确的慢性病的首诊及双向转诊服务，同时开展预防、保健、康复、健康教育和计划生育技术指导，为社区居民提供基本医疗和基本公共卫生服务。
新农合基金通过测算分配，按人头下拨至社区卫生服务中心，社区卫生服务中心继续按人头分配给全科医生团队，每名家庭医生负责一定区域内签约居民的合作医疗基金，对参保居民健康与医疗费用进行双重管理。
家庭医生制度旨在转变传统的就医模式，着力构建以家庭为单位、社区为载体、电子健康档案为基础、契约服务为形式的新型社区卫生服务体系，通过提供健康管理、健康服务、健康关怀等方式，最终实现“人人享有家庭医生”的目标。
契约服务是家庭医生制度的一个重要特征。签约的形式包括门诊签约、特殊群体签约等，考虑到农村的特点，亦可采用逐门逐户上门签约的方式，获取家庭医生健康管理的基础数据。
以家庭医生为主体的全科团队需协调团队和院内外支持系统的资源，提供基本医疗和基本公共卫生服务，做到防治结合，全程管理。农村社区居民就医选择基本局限于村卫生室、社区卫生服务中心和区域内二、三级医院，对于社区卫生服务机构依从度相对较高，家庭医生作为其中的关键环节，发挥着提供主要服务和协调各方的作用。
根据不同服务对象的特点，家庭医生需要提供差异化管理及个性化的全程服务，一方面可以有效提高服务的标准化和服务的效率，另一方面有利于引导群众就诊下沉社区。
支付程序方面，实行按季度预付、年终结算。季度预付费用按当年预付总额分解到四个季度，前三季度预付费用于每季度第一个月划拨，第四季度第一个月先划拨本季度的50%，余额经区合作医疗管理部门年终考核后再结算。社区卫生服务中心按核定预付金额填写请款单，由新农合管理部门直接划拨至所在镇社区卫生服务中心。
对预付费用进行年终结算时，合理超支部分经考核按比例由新农合历年结余列支，不合理费用不予支付；结余部分考核后由社区留存，与下年度预付基金滚存使用。