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实施方案是实施的基础和依据，完整的实施方案应该包括以下几个方面的内容。
实施方案中对门诊总额付费基本情况有一简要介绍。包括门诊总额付费概念、本地区门诊总额付费指导思想、实施要点和预期要达到的目标。
明确全县统一的乡、村门诊就诊补偿比，封顶线等相关规定，并要求各定点医疗机构必须在参合人员就诊时按规定实时减免补偿。自付部分由个人按实际费用的一定比例缴纳。
明确经办机构对各乡镇的年度支付总额，以附件方式附上各乡镇（卫生院，含管理的村卫生室）年度门诊支付总额表。
阐述新农合经办机构将按各乡（镇）卫生院门诊支付总额的一定比例预拨给各单位的时间、方式，以及考核和使用具体规定。（通常做法是将全年门诊支付总额按12个月的平均值，以80%～90%比例在月初按月预拨至乡镇卫生院。剩余10%～20%作为年终按考核结果和奖惩规定结算，全部拨付或扣减）。
乡（镇）卫生院门诊支付总额年度内包干使用。年终决算后，结余部分留存乡（镇）卫生院使用，超支原则不补（也可以在组织专家核查的基础上，视基金运行实际适当考虑给予一定补偿，这需要各统筹地区根据实际决定）。
阐述门诊总额付费实施过程中一些特殊情况处理规定，比如：新近建立的医疗机构因缺乏运行基础数据，可在1～2年内暂不纳入门诊总额付费实施范围；对非正常超支及意外情况（如传染性疾病流行）等情况下出现的超支可考虑由风险基金补偿。
阐述实施的具体时间安排，包括前期准备、试运行和正式运行几个阶段时间的分配。
明确考核主体对象，内容周期，以附件方式附上考核办法。
阐述为确保制度顺利实施采取的一些措施，如成立相关组织、加强组织领导；开展宣传培训、统一思想认识；加强监督检查、明确奖惩措施等。
包括实施方案中提到的成立相关领导小组和技术指导小组组成人员名单、考核指标体系等。
1.卫生行政部门成立支付方式改革领导组织，组建技术指导专家小组，提供组织和技术保障。
2.在前期准备阶段，卫生行政部门要召开各级各类医疗机构动员、宣传、培训会议，进行工作部署和业务培训。门诊总额付费实施主要在乡村两级医疗机构，因此业务培训和宣传发动工作一直要延伸到村级医疗机构和乡村医生。
3.卫生行政部门和经办机构也要将支付方式改革情况通报给相关部门，联合医疗机构通过多种方式向广大患者、参合人员宣传和解释支付方式改革的意义、目的和做法，取得各方面理解和支持。
4.经办机构与定点医疗机构签订门诊总额付费实施协议，明确双方的责任、权利和义务。
为了保证门诊总额付费顺利推进，应针对整个实施过程的各个环节制定考核制度和激励办法，包括明确考核主体、对象，筛选考核指标，制定考核办法、规定考核周期、明确考核结果使用和激励办法。
1.县卫生局和县合医办为考核主体，负责全县门诊总额付费运行情况监测、监督，负责对乡（镇）卫生院门诊病历和处方进行阶段性审核。组织季度、年度考核，并根据考核办法对乡（镇）卫生院运行情况进行阶段性评估。
2.乡镇经办机构负责辖区内定点医疗机构包括村卫生室的日常监督检查，将本辖区范围内医疗机构门诊处方审核和日常考核结果上报县合医办，并协助配合县合医办完成年度考核。
3.县合医办依据季度、年度考核结果，核拨处理考核款和进行费用决算。
实施门诊总额付费的所有医疗机构，包括村卫生室均为考核对象。
考核内容包括基础管理（如定点医疗机构内部新农合管理机构设置、管理制度建立、政策贯彻执行和医院自查监控等管理情况），医疗服务质量（如抗生素、激素使用率等），医疗行为（如每百门诊输液人次占比、每一门诊仅发生一般诊疗费用无其他费用人次占比等），费用控制（如次均门诊费用、门诊费用中药品费用、检查费用占比等），病人受益和满意度（如门诊费用可报比率、门诊实际补偿比）等方面。
指标体系根据各地实际情况，按上述内容进行丰富和组合，可考虑按卫生院和村卫生室两个层次分别设计，增强考核针对性和可操作性，使之更贴近实际。
1.考核一般采取百分制，以日常考核和年度考核相结合方式实施。日常考核和年度考核分值可设定不同权重。
2.实行门诊处方审核制度。新农合经办机构按月抽取一定比例的参合病人门诊处方和付费清单进行审核。
3.随机走访农户考察农民满意度。通过走访和接受参合群众投诉（举报），对于发现的问题一经查实，直接作为考核扣分的依据之一。
4.考核内容和标准可根据运行情况以及实际需要作相应调整。
考核周期可以分为月考核、季考核、年考核等，也可以只开展季考核、年考核等。一般在制度实行的初始阶段，考核周期应较短，考核频率应较密集，可以按月考核，运行一段时期（如半年）后可以按季考核。
考核最终得分以年度考核与日常考核结果综合评定。考核结果在全县通报，并与考核拨款和门诊支付总额结算挂钩。年度考核得分在90分以下，每扣减1分则扣减当年度门诊支付总额的1%（先在预留的考核款中扣减，扣减额如大于预留的考核款，则在门诊支付总额中扣除）。
门诊总额付费实施后，应对实施方案的运行效果进行日常监测，主要是对新农合门诊一些常规指标的监测，如门诊人次、次均费用、门诊总费用、门诊补偿比等，一般以月为单位，对相关数据进行收集和分析。
在常规监测基础上，可每季度或半年对门诊总额付费实施效果进行周期性评价，从定点医疗机构基础管理、医疗服务质量、医疗行为改变、费用控制、群众受益和满意度等方面进行综合评价，全面、真实反映支付方式改革的整体情况。
门诊总额付费实施方案一般在运行半年之后，应该对运行情况进行评价。即将各乡镇（卫生院）用于参合人员的补偿支出费用与分配的门诊支付总额进行比较，以判断方案制定是否妥当。一般而言，门诊支付总额与医院用于参合人员的补偿支出费用的差距在10%以内，50%左右单位门诊支付总额大于医院用于参合人员的补偿支出，可视为正常现象，不需再进行调整。若差距过大，应组织专家对诊疗合理性和服务规范性等方面进行调查，对支付总额进行再测算，确需调整的，可以依照相关程序进行适当调整和完善。