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门诊总额付费是医保将定点医疗机构在一定区域内提供的门诊医疗服务，按年度以一定总额打包/购买的一种支付方式。新农合门诊总额付费是由经办机构根据门诊统筹基金总额和门诊补偿方案以及各定点医疗机构的人口和门诊服务提供情况，一般以乡镇卫生院为单位（包含村卫生室），按经过核算及与定点医疗机构协商后确定各医疗机构一定时期（通常为一年）的支付总额，并将支付总额的80%～90%按月份或季度拨付到定点医疗机构，其余10%～20%根据考核结果，按奖惩规定结算。参合人员到定点医疗机构门诊按补偿方案减免。支付总额一旦确定，协议期内原则上不可更改，费用超出部分由医疗机构承担，结余部分归医疗机构所有。
门诊支付总额计算可以按人头、按有效服务量、按服务人次、按综合因素等，不管按照哪种计算方法，最终是以总额包干给定点医疗机构的就是总额付费。如果仅明确单元支付标准，不确定总额的，均不能算作门诊总额付费。
实施门诊总额付费后，参合人员继续按当地新农合政策享受补偿待遇，其与医疗机构费用仍以按项目付费方式结算支付。
新农合门诊服务特点是虽然次均费用不高，但就诊人次多，几乎囊括所有常见疾病，而且80%以上就诊在布局分散的乡村医疗机构，面大难管。门诊总额付费以乡镇卫生院总额包干（含村卫生室）测算和实施管理，操作简单，有较好的控费作用，较其他支付方式比，更适用于面广量大的门诊服务费用的支付。
实施门诊总额付费，新农合经办机构对定点医疗机构建立的是费用总控机制，定点医疗机构不论是用药和检查等服务项目，还是在就诊次数方面的不合理故意扩大都是无效的。这种付费方式对医疗费用的控制，对抑制门诊人次的不合理增长都具有一定的可靠性和有效性。
在既定的支付总额下，医疗机构一旦超过总额，经办机构不再追加支付，超过部分由医疗机构承担，这样就将基金超支的风险转移一部分到医疗机构，建立起风险共担机制。
同时，由于医疗机构积极控制医药费用而实现的结余也归医疗机构所有，不再扣回。医疗机构为了达到自身的利益，就会想方设法降低成本，主动减少过度医疗服务的提供，从而建立起既有激励又有自我约束的机制。
门诊总额付费的实施，将经办机构的门诊监督管理模式由过去的通过直接监督干预医生行为控制费用转向科学地制定预算、严格执行定期考核和奖惩制度，从而使新农合管理工作得以简化、相应地降低了管理成本。
门诊支付总额要尽可能科学合理，否则将会产生副作用。支付总额过高，会导致医疗服务机构结余过多或费用不合理增长；支付总额过低，会导致医疗机构盲目减少服务，抑制需方的合理医疗需求，导致服务数量、质量的下降。为了避免这类现象的发生，门诊总额付费在整体设计时必须针对医疗服务质量制定严格的考核制度，对运行情况和医疗服务质量进行认真考核，考核结果作为决算的依据之一，与基金拨付直接挂钩。