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营养缺乏病诊断适于症状比较明显的营养不良性疾病的诊断。营养状况的另一个普遍使用的方法是对营养缺乏病的临床诊断。事实上，人们对营养的认知源于疾病，一些营养素的缺乏会导致疾病，而这些缺乏性疾病有着比较显著的身体表征，由此形成了医学诊断的方法，如贫血患者会出现苍白、无力、虚弱、情绪低落等表征，眼睑和舌头不红润，指头压白后恢复红润较慢，结合患者饮食及其他身体状况，医生可以初步诊断患者为贫血。其他比较常见的营养性疾病如软骨病、夜盲症、口角炎、维生素C缺乏病（坏血病）、癞皮病、异食症、蛋白热能缺乏病、脚气病、神经管畸形等疾病，可以通过医学表征进行诊断，从而对个体的营养状况给出描述，并依据个体进行群体统计分析，获得群体营养性疾病的状况。该类诊断和表述方法适合于症状比较明显的疾病诊断，但对亚临床或边缘性营养缺乏难以判断，而且对多种营养疾病并发的现象也难以区别，因此，随着诊疗技术发展，临床上逐步与医学检验相结合进行诊断。
慢性非传染性疾病，在某种程度上也是营养不良的高度关联性疾病，这些疾病的诊断指标亦可纳入营养数据中。