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我国是禽蛋生产和消费大国，鸡蛋及其制品的食品安全问题是生产者和消费者长期关注的问题。由于各种原因，鸡蛋及其制品在生产、储存、烹饪加工过程中会受到各种有害因素的污染，包括重金属或其他有害元素、抗生素、农药及病原体等。
健康的鸡群是鸡蛋安全优质的首要前提。由于禽类养殖业的金字塔形结构，一旦塔尖的种鸡或蛋鸡出现感染，问题将在位于塔底的鸡肉、鸡蛋及相关产品上扩大。有些垂直传播性疾病的病原体会通过鸡体生殖系统进入蛋体内或附着在蛋壳表面，导致其所产的大部分鸡蛋中会存在这些病原体，如沙门氏菌、致病性大肠埃希菌、禽流感病毒等，其中以沙门氏菌最为常见。
Francesca等综述了1991—2010年世界主要国家的沙门氏菌流行情况。在欧洲，1991—2008年英国鸡蛋沙门氏菌流行率为0.13%~4.18%，2005—2006年爱尔兰鸡蛋沙门氏菌流行率为0.04%，2009年法国鸡蛋沙门氏菌流行率约为1.05%；在亚洲，2004—2008年日本的鸡蛋沙门氏菌流行率为0.03%~1.6%，印度鸡蛋沙门氏菌流行率为4%~9%；美国鸡蛋沙门氏菌流行率，不同地区和不同年份报道差异较大，但均低于5%。我国报道显示鸡蛋蛋壳表面沙门氏菌感染率为0.42%~27.5%。
饲料中的成分能够通过鸡体肠道吸收，并经过血液循环沉积到鸡蛋中，如果饲料中含有有害成分，也有可能会进入鸡蛋内发生污染，对消费者造成健康危害。饲料添加剂的目的是用于提高鸡肉及鸡蛋等产品的品质和产量等，但某些非营养性添加剂是禁止使用的。目前，中华人民共和国农业农村部会不定期发布禁止在畜禽养殖生产中使用的添加剂名录，包括：肾上腺素受体激动剂、性激素、蛋白同化激素、精神药品、各种抗生素滤渣等。这些添加剂中的一些成分会进入到畜禽产品中，进而影响消费者的健康。此外，非法的添加剂更是禁止用于饲料中，这类添加剂对人体健康具有潜在危害。
2016年，罗成等对我国四川、山东、河北（包括京津冀地区）等67个不同规模蛋鸡养殖场的268份配合饲料中的镉（Cd）、铬（Cr）、铅（Pb）等重金属污染程度进行检测。结果显示，蛋鸡配合饲料中Cd、Cr、Pb最大检出值分别为四川：0.48mg/kg、15.94mg/kg、14.12mg/kg，山东：0.45mg/kg、5.88mg/kg、4.11mg/kg，河北：0.45mg/kg、15.38mg/kg、8.38mg/kg。其中来自四川、河北的配合饲料中的Cr、Pb含量超标率分别为9.38%、17.19%和6.73%、14.42%。研究还发现，不同规模养殖场蛋鸡配合饲料中Cd、Cr、Pb含量差异较大，大规模养殖场显著低于小规模养殖场。2006—2011年，广州市蛋与蛋制品铅污染调查结果显示，518份样品的铅检出率达62.16%，超标率为7.53%。此外，呼和浩特市对17个种类市售蛋与蛋制品中重金属铅和镉污染水平进行检测，结果发现，铅和镉的平均含量超标分别达到2.2~5.2倍和1.3~7倍，其中松花蛋的铅和镉含量最高。
饮水质量主要通过影响蛋鸡健康而引起鸡蛋质量安全问题。如饮水中致病微生物等超标，则有可能引起鸡体感染发病，进而导致所产鸡蛋感染这些致病微生物。蛋鸡养殖过程中，出于预防或治疗疾病的目的，会定期或不定期使用杀虫或抗微生物等药物，这些药物有可能在鸡体内残留并蓄积。此外，值得注意的是，这些药物的使用，还可能导致耐药致病菌出现并感染鸡体和鸡蛋，进而可通过食物链将多重耐药菌（multi-drug resistant organism，MDRO）传播给人类，近年来，鸡蛋产业链中的一些致病菌如沙门氏菌、大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、弯曲杆菌等，以及一些环境微生物如鲍曼不动杆菌、克雷伯菌等，耐药性日益严重，多重耐药率明显增加。面对日益严峻的细菌耐药性趋势，世界卫生组织（World Health Organization，WHO）于2017年2月公布了首份抗生素耐药“重点病原体”清单，其中沙门氏菌赫然在列。2015年底中国在世界首次发现的质粒介导的多黏菌素耐药基因 mcr - 1 在鸡养殖场和市售整鸡中均有发现研究证明，该基因可在人、动物和环境源的多种肠杆菌中传播。鸡蛋及其制品作为这种耐药菌的储存库，势必给人类感染性疾病治疗带来极大风险。
单位食堂、学校食堂等集中供餐单位，由于需要短时间内供应的鸡蛋量大，操作过程中易造成交叉污染，同时每锅烹煮量大可能使鸡蛋受热不均匀，提前烹煮和贮存食物的温度或时间不当等，都会增加食品安全风险或引发集体食堂食物中毒事件。此外，家庭烹饪过程中，由于食材处理过程中生熟不分或剩饭菜储存不当，也有可能造成污染引发食物中毒。