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医疗器械计算机存储档案也称为日常账目管理，是医疗器械前期运行中的重要内容之一，也是医疗器械经济管理的基础环节。其分为医疗设备固定资产计算机存储档案、医用耗材计算机存储档案和医疗计量器具计算机存储档案三部分。
医疗设备固定资产计算机存储档案即是医疗设备固定资产管理系统，其存储的档案主要包括：
（1）存储招（议）标结果：医学工程科（处）计算机管理人员将招（议）标结果录入固定资产管理系统中，内容包括招（议）标时间、中标公司及联系人电话、中标设备名称、规格型号、中标价格、生产厂商、注册证号、注册证到期时间等。
（2）存储科室医疗设备购置申请单。
（3）存储医疗设备出入库单据：采用“账、表、卡一体制”，建立医疗设备主卡片，内容包括医疗设备名称、编码、所属分类、规格、型号、使用科室、国别、生产厂家、供货单位、单价、数量、总价、入库日期、出库日期、启用日期、附件情况等，形成医疗设备明细总账、台账、分户账。在建立出入库单的同时，对每一台医疗设备自动生成医疗设备验收单和固定资产卡片。固定资产卡片包含医疗设备名称、规格、型号、生产厂家等内容，粘贴在设备上。系统可以根据日常需要，按照医疗设备名称、规格、型号、价格、使用科室、购置日期、供应商、生产厂家等进行多途径检索、查询、制表及打印。
（4）存储医疗设备的调拨单据、报废单据。
医用耗材计算机存储档案是指医院物流管理系统，其存储的档案主要包括：
（1）存储医用耗材招（议）标结果：医学工程科（处）计算机管理人员将招（议）标结果录入医用耗材管理系统中，内容包括招（议）标时间、中标公司及联系人电话、中标耗材名称、规格型号、中标价格、生产厂商、注册证号、注册证到期时间等。
（2）存储科室耗材购置申请单。
（3）根据科室申请产生的备货单：内容包括品名、规格、单位、数量、进价、供应商、取单时间、送货时间、取单人签字等。
（4）存储器械出入库单据、到货验收登记：采用“账、表一体制”，形成医用耗材明细账、分户账，在建立出入库单的同时，自动生成配送单。到货验收登记内容包括品名、规格、型号、生产厂家、供货单位、单价、数量、总价、入库日期、批号、灭菌批号、灭菌标识、失效期、使用科室、医疗器械产品注册证号、包装、送货人等；配送单内容包括器械下送科室、名称、规格、型号、数量、送货人、接收人等。
系统可以根据日常需要，按照医用耗材名称、规格、型号、价格、使用科室、购置日期、供应商、生产商等进行多途径检索、查询、制表及打印。
计量器具计算机存储档案是指计量器具计算机管理系统，它与医用耗材管理系统和医疗设备固定资产管理系统联网使用，其存储的档案主要包括从医用耗材管理系统和医疗设备固定资产管理系统数据库中提取的强检计量器具明细，建立计量器具明细账、分户账，内容包括医疗器具名称、规格、型号、使用科室、购置日期、生产厂商、检定日期、检定周期等，系统可以根据日常需要进行多途径检索、查询、制表及打印。