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虽然目前治疗心血管系统疾病的方法越来越多，但是药物治疗仍然是基础，是最为重要和首选的方法之一。心血管系统疾病的药物治疗可以分为病因治疗、对症治疗、基础治疗和二级预防。在防治心血管系统疾病的过程中，病因治疗和对症治疗是解除病痛、挽救生命的重要措施。但对某些心血管系统疾病，纠正潜在的或明显的病理生理异常改变，打断疾病发生、发展或恶化的恶性循环是重要的治疗方法。
治疗心血管系统疾病的常用药物可按照作用机制进行分类，如血管紧张素转换酶抑制药（angiotensin converting enzyme inhibitors，ACEI）、血管紧张素Ⅱ受体阻滞药（angiotensin Ⅱ receptor blocker，ARB）、β受体拮抗剂、血管扩张药、利尿药、α受体拮抗剂、正性肌力药、钙通道阻滞剂、抗凝血药、抗血小板药等；也可按具体疾病的治疗药物选择进行分类，如抗高血压药、治疗心功能不全药、调血脂药、抗心律失常药等。新型的心血管系统疾病治疗药物包括新型口服抗凝血药、胆固醇吸收抑制剂依折麦布和前蛋白转化酶枯草溶菌素9型（proprotein convertase kexin type 9，PCSK9）抑制剂及治疗心力衰竭的血管紧张素受体脑啡肽酶抑制剂（angiotensin receptor-neprilysin inhibition，ARNI）等。
医务工作者要正确掌握心血管系统疾病药物的临床应用，熟悉每种药物的药效学、药动学、剂量、用法、适应证、禁忌证和不良反应等基本知识。在针对心血管系统疾病的临床用药过程中制订的用药方案要根据患者的实际情况因人而异。不同个体可能患有相同表象的心血管系统疾病，但是在发病原因、病情严重程度以及个人身体状况等方面都存在不同，这就要求医务工作者要针对每位患者患病的具体情况进行分析，制订符合实际的有效的用药方案，不能一概而论。如选用抗心律失常药时，不仅要考虑心律失常的类型，而且要注意患者的基础心脏病种类及心功能状况；如果忽略后者，所选的药物即使能控制心律失常，却可能使死亡率增加。心血管系统疾病药物种类繁多，联合用药时需注意药物相互作用。如某些调血脂药和抗心律失常药可增加口服抗凝血药的抗凝作用，导致出血并发症。
心血管系统疾病介入治疗是指采用心导管技术将各种治疗用的器械送入心脏或血管等部位来施行的治疗。常用的心血管系统疾病介入治疗包括人工心脏起搏器植入术、冠状动脉介入术、射频消融治疗、先天性心血管病封堵术和经导管心脏瓣膜成形术或置换术等。介入治疗在心血管系统疾病的治疗中占有非常重要的地位，其技术不断发展、适应证不断扩大，极大地改善了患者的预后和生活质量。
经皮冠状动脉介入术（percutaneous coronary intervention，PCI）是采用经皮穿刺的方法，通过外周动脉血管，将冠状动脉指引导管、引导钢丝、扩张球囊、切割球囊、斑块旋磨旋切装置、支架等有必要的器械送达治疗部位，以消除或减轻冠状动脉狭窄和梗阻，即时确切地缓解心肌缺血与缺氧。PCI是治疗冠心病的一种最常见、最成熟和最有前途的技术，对存在大面积心肌缺血或急性冠脉综合征（acute coronary syndrome，ACS）的患者，PCI能显著改善患者的预后，尤其是对ST段抬高急性心肌梗死（ST-elevation myocardial infarction，STEMI）。主要的PCI技术包括经皮冠状动脉球囊扩张术、冠状动脉支架术、高频旋磨术、冠状动脉内定向旋切术、激光冠状动脉成形术、超声血管成形术以及冠状动脉内血栓去除术等。
植入型心律转复除颤器（implantable cardioverter defibrillator，ICD）是一种终止致命性心律失常的多功能、多程控参数的电子装置，经静脉置于心内膜除颤电极以感知室速及室颤，发放抗心动过速起搏或除颤能量终止快速性心律失常。ICD是治疗致命性恶性室性心律失常的首选、最有效的方法。ICD应用于心脏性猝死高危患者的一级和二级预防，可有效降低长期死亡率，是预防心脏性猝死最重要的治疗手段。但是部分患者群体存在ICD禁忌证，无法接受ICD治疗。同时ICD仍存在短期和长期并发症，部分患者存在ICD植入困难的问题。全皮下ICD（S-ICD）和可穿戴心脏复律除颤器（wearable cardioverter defibrillator，WCD）是近年研发的新型复律和除颤设备装置，S-ICD对于具有ICD植入指征，无须起搏治疗，无须CRT治疗，尤其伴有心脏解剖结构的异常，导致静脉穿刺困难，或既往感染，导致入路静脉闭塞的患者，具有强的应用指征。但由于S-ICD编程程序缺乏常规起搏功能，因此并不适用于有缓慢性心律失常需起搏治疗的患者。WCD主要适用于有心脏骤停病史，或者持续性室性心律失常既往植入ICD患者，因各种原因不得不移除ICD装置时，预防心脏性猝死。
心脏起搏治疗是心脏起搏器通过发放一定形式的电脉冲刺激心脏，使之激动和收缩，即模拟正常心脏的冲动形成和传导，以治疗由于某些心律失常所致的心脏功能障碍。起搏器是治疗缓慢型心律失常的唯一可靠的手段，适用于各种有症状的、永久性的、间歇性的心率过缓和/或心搏间歇过长。心脏起搏治疗技术是心律失常介入治疗的重要方法之一。心脏起搏治疗已从单纯治疗缓慢性心律失常，扩展到治疗快速性心律失常、心力衰竭等领域，对减少病死率，改善患者的生存质量起到积极的作用。
导管射频消融术（radiofrequency catheter ablation，RFCA）是将电极导管经静脉或动脉送入心腔特定部位，释放射频电流（一种高频电磁波）导致局部心内膜及心内膜下心肌凝固性坏死，阻断异常折返环路或消除病灶，达到治疗某些快速性心律失常的一种微创介入性技术。目前RFCA较为成熟，适应证已从单纯的室上性心动过速发展到房性心动过速/房性期前收缩、心房扑动、心房颤动、室性期前收缩及室性心动过速等心律失常的治疗，是治疗各种快速型心律失常的重要治疗策略。
心力衰竭患者常合并房间、房室间和室内传导阻滞，导致房室、左右心室间及左室内电-机械活动不协调，加重并恶化心功能。心脏再同步化治疗（cardiac resynchronization therapy，CRT）是在传统右心房、右心室双腔起搏的基础上增加左心室起搏，以恢复房室、室间和室内运动的同步性，通过双心室起搏的方式增加左室充盈时间，治疗心室不同步收缩，改善患者的心功能，进一步提高心力衰竭患者的存活率。CRT是心力衰竭治疗史上的一个里程碑式的突破。
20世纪60年代，Porstmann等尝试用泡沫海绵封堵动脉导管未闭，开创先天性心血管系统疾病介入治疗的先河。到20世纪90年代中后期介入器材取得突破性进展，Amplatzer的房间隔缺损、动脉导管未闭封堵器成功应用于临床，并逐渐成熟。目前先天性心血管病经导管介入手术包括动脉导管未闭封堵术、房间隔缺损封堵术、室间隔缺损封堵术、动静脉瘘封堵术、冠状动脉瘘封堵术、主动脉窦瘤破裂封堵术等。介入治疗具有疗效确切、创伤性小、少有瘢痕、不需要输血、康复快等优点。
心脏瓣膜病介入治疗是用介入手段对狭窄的瓣膜进行扩张、解除狭窄，以治疗瓣膜狭窄病变的方法。其中应用最广的是二尖瓣球囊成形术。介入手术能部分代替开胸手术，具有创伤小、相对安全、术后恢复快等优点。目前发展的经皮主动脉瓣膜置换技术采用经导管的方法植入人工瓣膜，极大地改善了患者的预后，为不能耐受外科手术的主动脉瓣膜狭窄患者带来了希望。
肺动脉狭窄多为先天性，以往治疗以外科手术为主。经皮球囊肺动脉瓣成形术（PBPV）具有方法简便、手术安全有效、价格便宜等优点，已被列为治疗典型肺动脉瓣狭窄的首选方法。PBPV利用液体不可压缩的原理，选择和扩张适当大小的球囊，其产生的辐射状力可使瓣叶交接融合部分离，使肺动脉口梗阻得以解除，压力降低。
经皮球囊二尖瓣成形术（PBMV）是指球囊通过皮肤、股静脉和穿刺房间隔途径到达狭窄的二尖瓣口，将粘连融合的二尖瓣交界部分离，瓣口面积扩大。由于二尖瓣的机械性梗阻解除，因而使原来异常的血流动力学状态转变为正常或明显改善，并可以维持这一状态。PBMV是治疗单纯二尖瓣狭窄的有效方法，其疗效与直视式二尖瓣分离术相当，优于二尖瓣闭式分离术。
经导管主动脉瓣置入术（TAVI）是指通过股动脉或者心尖部送入介入导管，将人工心脏瓣膜输送至主动脉瓣区打开，从而完成人工瓣膜置入，恢复瓣膜功能。TAVI已成为外科换瓣手术高危甚至是禁忌的严重主动脉瓣狭窄患者的首选治疗方法，是主动脉瓣疾病治疗领域的里程碑，与外科主动脉瓣置换术相比，具有无须开胸、不需体外循环和心脏停搏、创伤小、术后恢复快、操作时间短等优点。
包括冠状动脉搭桥手术、心脏各瓣膜修补及置换术、先天性心脏病矫治手术、心包剥离术、心脏移植等。
近年来，对心血管系统疾病发生的致病基因及其分子机制的深入解析，使得通过基因治疗手段来调控特定基因表达水平和改善基因分子功能，从而达到防治心血管系统疾病的策略成为一种可能。目前针对心血管系统疾病的基因治疗方案的研究已取得很多进展，多项研究已经处于临床试验阶段。此外，随着基因组编辑技术的飞速发展，通过基因组编辑技术直接在体内修复致病突变或者敲除特定基因进行心血管系统疾病防治的潜在新基因方法也得到广泛关注。