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完成单片机系统仿真电路原理图设计后，即可开始给案例中的单片机绑定程序文件，并开始仿真运行。本书所有C语言源程序都在Keil C下编写。为了运行C语言程序生成的HEX文件，可先打开单片机属性窗口，在“Program Files”项中选择对应的HEX文件。
有的仿真案例可能还需要为外围芯片绑定数据映像文件。在设置映像文件时，可打开相应芯片的属性窗口，在“Image file”中选择对应的BIN文件。BIN文件的创建方法将在相关章节中讨论。
当仿真电路和程序都没有问题时，直接单击Proteus主窗口下的“运行”（Play）按钮，即可仿真运行单片机系统，运行过程中可如同在硬件环境下一样与单片机交互。
运行过程中如果希望观察扩展内存、24C0X、温度传感器、时钟芯片等内部数据，可单击“单步”（Step）或“暂停“（Pause）按钮，然后在“调试”（Debug）菜单中打开相应元器件。
如果要观察仿真电路中某些位置的电压或波形等，可向电路中添加相应的虚拟仪器，如电压表、示波器等。如果没有显示系统运行时添加的虚拟仪器，可单击“调试”菜单将其打开。