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为了对特种行业体能训练的方案制定、实施和调整进行科学的全过程管理，应注意遵守以下基本原则。
体能训练是一个长期的训练过程。这意味着应对体能训练的目的性和计划性给予足够的重视，以特种行业人员的体能发展特点和规律为基础，通过合理计划和安排不同训练阶段的主要任务、内容以及负荷，使特种行业人员的身体功能在此过程中得到稳定、持续和有效的改善，并克服体能水平的逆向变化。
周期性原则作为体能训练的重要原则，是将一年或多年的体能训练计划拆解为多个时间长度不同的大、中、小周期训练计划，并将体能训练目标按照不同周期进行对应细分拆解，从而不断提高训练者体能水平的训练方针。周期性原则的应用不仅有益于挖掘特种行业人员的运动潜能，还有益于及时对不同周期的训练效果进行测试和评估，并根据测试和评估结果随时调整和优化后续训练计划。
全面性原则指在特种行业人员进行专项技战术训练的前提下，应进行全面的体能训练，以促进其各项运动素质的均衡发展，这一点对于特种行业人员来说是很重要的。但是需注意，全面性原则并不意味着需要特种行业人员一再增加体能训练的时间，相反，随着特种行业人员体能水平的提升，专项技战术训练的比重可随之增加。
针对性原则指在全面促进特种行业人员各项运动素质发展的基础上，还要考虑其本身的体能结构特点以及因年龄、训练阶段和身体发展规律造成的体能训练重点的差异，有针对性地制定体能训练计划。
体能训练是训练者不断地承受运动刺激后逐渐适应，接着进一步增加训练负荷以产生新的生理适应，从而持续提升体能水平的过程。如果整个体能训练过程的训练负荷都维持在较为稳定的水平，那么对训练者而言，是无法获得有效的刺激并产生生理适应的，体能水平也无法得到有效的提高。相反，如果体能训练的训练负荷过大或增加过快，训练者将面对巨大的训练压力，并可能导致极度疲劳、运动表现下降，甚至是产生运动损伤和疾病。因此，对体能训练的内容进行合理的安排，循序渐进地提高训练负荷，是特种行业人员进行体能训练时必须遵循的原则。