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中华民国建立以来，中央农业行政机构多次调整。1912年设立农林部，下设农务、垦牧、山林、水产四司，第二年改成农商部，下设农林、渔牧两司。南京国民政府成立后，1928年成立农矿部，内设农政、林政二司，管理全国农林行政。1931年，农矿、工商两部合并为实业部，下设农业司、渔业司及林垦署，主办全国农林渔业行政。
1937年7月7日，卢沟桥事变爆发。国民政府为了适应战时需求，制定了《总动员计划大纲》及工作分配表，指定由军事委员会第四部负责农业动员及对商业和对外贸易的管理。农业动员的主要工作有：关于食粮之生产、运销、储存、消费及各方面应办之事：未改良种子的区域从速改良种子，已改良种子之区域设法改换种植；扩充及增强合作新组织；调集农业人才、统筹农业技术合作；一切食粮国内应自由流通，以资调节，国外输出则绝对限制；战区前线，购运军食民食应指定机关，有极敏捷的采办及分散办法；通令农本局及农贷银行增加接济力量；后方粮食、食盐应有统一移动囤积办法；严禁食粮浪费，奖励盐制品生产，必要时得禁止米粮酿酒及饲畜等之用。
1937年9月，国防最高会议通过了《增进生产及调整贸易办法大纲》，在军委会下设农产、工矿、贸易三个调整委员会，由周作民担任农产调整委员会主任委员。农产调整以收购棉纱、米麦为先，在各地设立办事处，所有工作计划与军委会第三部、第四部及其他各部会密切联系，所需营运资金，由财政部向中中交农四行借拨。
在抗战爆发的紧急时期，国民政府首先运用军事机构进行战时农业动员，体现了明显的战时特色。应该说，作为临时应对之策，军事机构最具效力，但缺点是在长期性、持续性和专业性方面有很大不足，要支持长期抗战，对于农业建设应该从长计议。而且，军事委员会作为军事机构，其主要工作应该是军事指挥，经济动员工作应当由经济行政部门负责。军委会第四部和农产调整委员会在短期内能承担的主要工作也只是办理战时粮食、棉纱等的收购、存储、运销，其他促进农业发展的工作因为战事激烈，未能实行。“前农产调整委员会因成立之初，正当江南战事倥偬之际，上承政府之意旨，下受社会之督促，其工作之重心，以购销为主，生产为副。而其经营种类，以收购食粮棉花为主，花生豆油次之。棉花花生之收购，均分别委托商业机关办理。”
1938年1月，国民政府将实业部改组为经济部，主管全国经济行政事务。农产调整委员会改组为农产调整处并改隶经济部农本局，原财政部粮食运销局也归并到经济部农本局。贸易调整委员会改隶财政部，农产调整委员会职掌中关于农产输出国外之贸易事宜划归贸易调整委员会办理。经济部下设置了主管农林牧渔、垦务、农村经济与农村合作的农林司，作为战时农业行政机构。将稻麦改进所、棉业统制委员会、蚕丝改良委员会合并归入中央农业实验所，由经济部领导，成为主管全国农业技术的中枢机构，并在川、湘、滇、黔、陕等省设立工作站，分派技术人员常驻各站，协助各省农业改进工作。
1936年9月17日成立的农本局在全面抗战爆发后改组为经济部农本局，以“调整农业产品、流通农业资金、藉谋全国农村的发达为宗旨”
。1938—1939年，农本局的主要工作：一是辅设合作金库。从1938年起，农本局农贷业务，以辅设合作金库为中心，在各地筹设贷款机构，其业务以放款为主，兼办存款、汇兑，还有代理业务，代理贷款，购销，代理收付，代兑硬币，参加特产改进等；二是建设农仓机构。仓库业务以押放为主，其中储押放款占70%以上，仅四川部分仓库举办代理购销，至简协仓，完全以农仓放款为目的；三是促进农业生产，对农田水利工程、垦殖、农业生产、经济作物及农产加工提供贷款；四是农产购销业务，以棉花、纱布、粮食为主。
为适应抗战需要，迅速增加战时农业生产，发展农村经济，国民政府行政院于1938年夏设立农产促进委员会，其工作目标一是增加农业生产；二是发展农村经济；三是增进农民知识；四是改善农民生活。农产促进委员会下设总务、技术两组，与中央有关机关团体，如经济部农林司、教育部社会教育司、内政部地政司、经济部农本局，特别是经济部中央农业实验所密切合作，请中央农业试验所派遣各系负责推广的技术人员，兼任推广专员及督导员，到大后方各省从事农业推广工作。其工作地区遍及川、陕、黔、滇、甘、康、宁等14省，主要业务有农作物推广、病虫害防治、畜牧兽医推广、水利垦殖经营、蚕业推广、农村副业推广、肥料推广、园艺推广、特种作物推广、造林等。
1940年，大后方经济遇到了抗战以来前所未有的困难，农产品减产，粮食歉收，工业增长的势头受阻，宜昌沦陷，滇缅路被切断，大后方粮价上涨，通货膨胀越来越严重。为了解决战时经济困难，加强对农林工作的领导，国民政府于1940年7月设立了农林部，直属行政院，管理全国农林行政事务。农林部长陈济棠陈述农林部的工作方针是：第一，积极增进农产的数量和品质，满足军民衣食、外销特产、耕牛役马、建设木材的需要；第二，改善农民地位，以求耕者有其田；第三，利用科学方法，改善农场经营；第四，促进农村经济的发展。
农林部下设农事、林业、渔牧、农村经济、总务五个司和垦务总局。农事司主要负责农作物及农村副业之试验、检查、保护、奖进、推广事项；农地之整理、改良、保护；农作物灾害之研究预防；土壤肥料之调查改良；种子农具之改良推广；农业团体之指导监督；关于农事之调查；关于蚕桑及其他农事。
农村经济司的主要职责是关于耕地租用之调整改进；关于农村贷款之设计支配；关于农村合作事业之指导监督；关于集体耕作之实验指导；关于农村经济之调查事项；关于其他农民生计之扶植保护事项。
原经济部农林司及所属的中央农业试验所移并农林部，扩充中央农业实验所及江西农村服务区管理处，新设国营农场、改良作物品种繁殖场。1941年新设了粮食增产委员会、柑橘试验场、国营耕牛繁殖场、西北羊毛改进处，筹设中央林业实验所、中央畜牧实验所、国营垦区、国营屯垦实验区及合办骨粉试验厂等，以促进农林牧业的发展，满足抗战对于农牧产品的需求。行政院农产促进委员会于1942年3月并入农林部，归农林部管辖，其主要任务是协助农民增进粮食、棉花及其他农作物的生产。1945年初，农产促进委员会与粮食增产委员会合并改组为农业推广委员会，同时在全国各省、县建立各级推广机构，从事农业推广工作。
抗战时期，粮食问题是农业的核心问题。为增加粮食生产，国民政府于1941年设立粮食增产委员会，主要工作就是力促粮食增产。为加强对粮食的征收和管理，国民政府于1940年8月设立了全国粮食管理局。1941年7月，全国粮食管理局改组为粮食部，负责粮食的储备分配，调剂盈虚，特别是负责军粮民食的供应。
因为战时环境的变化，经济部农本局在1940年后业务范围发生重大调整，由负责农业贷款、农仓押放、农产购销的农业经济金融机构转变为承担服用品、粮食的平价购销机构。1941年初，农本局奉令改组，农贷业务交给了中国农民银行接办，农业仓库交给了全国粮食管理局，农本局成为专营服用品、棉花、纱布运销调剂的机构。1942年，农本局改为棉麻局。
整个抗战时期，经济部、农林部作为中央农业行政主管机关，与财政部、四行联合办事处总处等中央财政金融机构一道，贯彻国民党制定的农业建设方针政策，积极推进西部各省的农业发展。
中华民国成立后，全国各省农林机构先后设有劝业道（1912年）、实业司（1913—1915年）和实业厅（1915—1928年）负责管理各省农业行政。此外，各地还设有一些农事组织，如中央直属的农事试验场、棉业试验场、林业试验场、种畜试验场等，试种从国内外引进的优良农作物品种、饲养从国内外购得的家禽家畜等。南京国民政府成立后，1928年成立了农矿部，各省主管农业的行政机关为农矿厅，20世纪30年代改称为省建设厅。
全面抗战爆发前，西部各省的农业机构数量不多，组织比较松散，没有明确的工作目标。但是有些省份，比如四川省，1935年实现了“省政统一”，由卢作孚出任建设厅厅长，积极推动四川省农业建设，于1936、1937年先后设立了家畜保育所、蚕丝改良场、稻麦改进所、棉作试验场、甘蔗试验场、第一林场、农林植物病虫害防治所、园艺试验场及峨山林业试验场九大农事机关，以期改进四川省农业。
全面抗战爆发，为了推动西部各省农业发展，保证战时军粮民食的供应，国民政府要求各省成立统一的农业改进机构，国民政府经济部制定《经济部补助各省农业改进经费办法》，规定受补助的机关必须是农业改进集中组织，除由中央给予经费补助外，还给予技术上的指导。中央农业实验所在经济部领导下，在川、湘、滇、黔、陕等省设立工作站，分派技术人员常驻各站，协助各省农业改进工作。原来直属于省建设厅的各种农事试验场和农业推广机构全部改由中央农业实验所领导。1940年中央农业实验所划归农林部并进行了扩充，在西部各省设立农业推广所、农场或其他农业机关，协助各省进行农业改造。
四川省政府为适应战时需求，发挥农业技术效能，推动全省农林建设，将战前成立之九大农事机关合并，于1938年9月1日组建四川省农业改进所。四川农业改进所依据四川省政府要求及四川实际情形，制定了四大工作方针和十大施政方略，同时在中央有关机关的协助下，加快建设，使四川农业改进所迅速发展壮大，到1941年，四川农业改进所已经发展到10个组2个推广委员会9个附属机关，所内外工作人员达1500余人，在全国首屈一指。陕西省政府为了加快推动本省农林事业发展，在中央农业实验所的协助下，于1938年10月1日将原有的省林务局、棉产改进所、棉花掺水掺杂取缔所、农业试验场、垦殖畜牧场及第一果园等六单位合并，成立了陕西省农业改进所，隶属于省建设厅，统筹办理陕西省的农林改进事业。其他如贵州、甘肃、西康、宁夏等省农业改进所也相继成立。其余省份则设立农林局或农业院或其他农业机关。不过，上述机构只负责实验改良，行政事务由各省建设厅负责，行政与技术脱节。
为将农业科研成果推广到广大农村，1938年，行政院农产促进委员会在各省农业改进所或农业改进集中组织内设立了农业实验处和农业推广处，协助各省树立农业推广制度，造就农业推广人才，促进各省农业发展。在省一级，农产促进委员会与省农业推广处或农业推广委员会合作，制定农业推广计划，要求各省、县农业推广机构每年每月都要将农业推广工作进展情况总结上报。各省建设厅会同省党部、大学农学院、省农村合作委员会、农业金融机构（农本局、合作金库及银行等）、省农业改进所或农业改进集中组织、省农民团体组成省农业推广协进会，作为省农业推广主管机关的咨询机构，商讨全省农业推广事宜，力促该省农业发展。农产促进委员会指派高级推广人员常驻各省，协助树立推广机构，训练培养推广人才，解决推广中遇到的问题。1939年，四川成立农业改进所农业推广委员会，广西省成立农业管理处推广室。
县一级农业机构，主要是在各县设立农业推广所。因为各县区域大小及经济情形各不相同，故各县农业推广机构因地制宜，分别由省农业推广主管机关、县政府、农民团体或中央主管机关推动建立。中央主管机关、省农业推广主管机关、县政府、农民团体根据各县具体情况，分别会同县政府或直接于各县设立农业推广所或农业推广指导员办事处，由此形成中央—省—县的纵向农业推广组织系统，统筹各县农业推广工作。农业推广组织成立后，制定农业推广计划，并将推广工作成绩按月、年呈报县政府及省农业推广主管机关。1940年，行政院通过了县政计划委员会拟定的《县农业推广所组织大纲草案》及《县农林场组织章程草案》，四川、陕西、甘肃、贵州、西康、云南等省陆续成立了县农业推广所、其他农林推广机关，或农林推广指导员办事处。四川省有80余县成立了农业推广所。
农产促进委员会充分利用本地人力、物力和财力，巩固推广事业的基层基础，辅导各省农民自发成立乡农会。
为进一步统一机构，1940年，农林部成立后，颁布了《省农林局组织大纲》，在一些省份设立了农林局，使之成为集行政、实验、推广于一身的统一、合理、健全的地方农林行政机关，由农林部直属。但是实际上，省农林局只负责农业实验和改良，农业行政事务仍由省建设厅负责。设立农业改进所的省份，川、陕、甘、宁、黔等省设立农业推广繁殖站，在各县设农业推广所，负责农业试验与试验成果的推广，实地指导农民改良耕作技术和经营方法。所有从事农业推广工作的职员“须赴乡村实地指导扶助农民，将中央及各省农事试验研究机关所得之优良方法，及优良种子、种畜、农具、肥料等，推行于农村，使农民能普遍在战时迅速增加生产及充分发挥农村人力财力之功效”
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农产促进委员会会同金陵大学农学院，在四川温江、仁寿、新都，陕西的泾阳、南郑，会同广西省农业管理处在桂林、柳城、武鸣、田东及龙州，会同陕西农业改进所在米脂、兴平与城固等地，合办农业推广实验县。农产促进委员会在四川温江辅导农民，自发成立乡农会，从事农业推广事业，取得了良好效果。