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除了以上的外部营商法治，指向公司内控治理的理论问题，必然聚焦于公司本体的存在上。相比于从公司本质出发来观察公司本体的存在，本研究更加看重从公司运行出发的视角。毕竟公司作为拟制的法律存在，唯有真正运行才能产生法律效果。而对于公司的运行，关注点则有结构和关系两个不同侧面。
围绕公司的运行结构，西方的公司理论构建了一套所有权与经营权、所有权与控制权两权分离模型。一方面，随着投资和管理关系的复杂化，公司的实际所有权与经营权开始发生分离，公司的所有者不得不依赖于专业的经营者进行公司管理，形成一种代理关系，并由此产生代理效率、代理成本及代理约束的问题，以及经理人员的有效激励与约束机制问题、内部人控制问题、经理人员与所有者的目标不一致问题等；另一方面，进一步还产生了公司所有权与控制权的分离。所有权表现为企业总收入扣除所有固定契约支付后，对剩余金额的索取权，也被称作剩余索取权。而控制权是雇用和解聘公司高管人员和决定高管人员报酬的权利，并据此主导企业的经营与决策。理论上，剩余索取权是由全体股东共同所有，但实践中企业剩余分配方案是企业控制权意志的体现，在不同的股权结构下，被不同的股东团体所掌控。因此，便产生了所有权结构、大股东与中小股东利益均衡等问题。
与所有权和经营权分离相对应，代理关系问题的核心通常被归结为代理成本问题，即管理者投机取巧、牟取私利，通过卸责与转移等诸多途径降低公司价值。但代理成本其实只是问题的一方面，所有权和经营权的分离在很多情形下是企业所有者主动做出的选择。例如，即便是独资公司，所有者为更好经营，也会聘任专业管理者。为此，佐哈·戈申、理查德·斯奎尔提出了“被代理人成本”问题，并补全了代理人与被代理人基于利益冲突和能力局限而产生成本的四个维度。
这也揭示了代理问题中一个更加本质的命题，即信息不对称。良善决策的前提，是要有充分有效的信息以及客观中立的立场。在企业运行过程中，能力不足、沟通不足和立场偏见等都可能诱发信息不对称问题，导致错误决策。所以，高成本代理问题也在很大程度上会被化约为一个信息不对称问题。
与所有权和控制权分离相对应，所有权结构、大股东与中小股东利益均衡等问题对企业治理的影响也受到了广泛关注。所有权结构是企业产权安排的基础，它决定着企业产权的具体分配方式和分配比例，以及所有者行使各种相关权利方式。现代企业由于规模较大，其投资者人数众多，不仅有大量的个人投资者，还有大量的企业法人、机构投资者和政府部门。所有权结构很大程度上决定着企业控制权结构，影响其决策方向。
围绕企业的运行关系，西方的公司理论又构建了交易成本理论。这套理论很大程度上被用来解释企业的本质，但也对企业治理产生了深远影响。交易成本理论认为，价格机制在市场运行中是有成本的。这种成本被分为广义交易成本和狭义交易成本两类。其中，狭义交易成本包括经济活动中的所有成本，即为了冲破一切障碍，达成交易所需要的有形和无形的所有成本。狭义交易成本是指市场交易成本，包括度量、界定和保障产权的成本、发现交易对象和交易价格的搜索成本、讨价还价订立合同的谈判成本、督促合约条款严格履行的履约成本等。由于交易成本的存在，在市场中的资源配置并非是最有效率的，企业组织被看成内部一体化的市场组织的替代物，这一理论有力解释了企业存在和发展的原因。反过来，交易成本理论也指出了企业存在的边界：在企业内部组织协调生产也存在“内部交易成本”，亦即组织费用。当组织费用和管理失误导致企业内部交易成本大于外部市场交易成本时，企业就丧失了存在的合理性。这从更大的格局上为企业治理提出了一个更加根本的议题，即如何通过组织结构和管理体制等手段，最大限度地降低企业内部的交易成本。考虑到企业作为一种层级结构（hierarchy）的事实，这一议题也可以表述为如何克服公司内部的官僚主义与机会主义等问题。
可以看到，企业内控治理问题诞生的理论根基，乃是对“公司应为谁所有”这一问题基于个体式想象的回答。在介入这一领域的西方学者看来，企业属于股东所有似乎是毋庸置疑的前提。表面上看，交易成本理论似乎更为去政治化，较为成功克服了这一意识形态的前见，更为聚焦于资源配置效率问题，但作为一种抽象理论模型，它仍未克服个体经济主义的底色。
西方公司理论提供的话语固然可以作为有效工具，帮助认识和分析发生在中国的商事实践，但是，西方公司理论下的基本议题只是西方语境下问题的展现。回到中国，不能否认普遍规律的作用，同时也不得不面对普遍规律发生作用的前提环境。针对这一环境，指的正是所谓的自由市场。西方理论假设中存在一个自由市场，在这样的自由市场中存有相应的价格机制。正是这样一种价格机制，从根本上决定了西方公司理论的基本议题。在抽象层面可以说，价格是由供给和需求的关系决定的。但是，供给和需求关系在不同环境当中表现是不同的，更准确地讲，供给和需求关系在很大程度上是由政治文化环境决定的。
因此，西方社会价格机制在相当程度上不同于中国，进而导致中国市场机制也不同于西方。然而，这并不意味着中国市场是不自由的。毋宁说，一种价格机制只对应一个自由市场，另一种价格机制在此种价格机制看来必然是不自由的。
相比于西方社会对于“公司应当为谁所有”这一问题，主要是基于个体想象的、清晰的股东式回答，中国社会对此问题的回答有自己的特色。这种企业治理的差异决定了两者在表面上相似的一些问题，其实有着不同的逻辑链条。在政治文化环境方面，中国具有一种总体性政治领导力量，即党政力量。这种力量在政治、经济、文化系统之上构建了一种可通约的价值系统，从而带来一种结果。那就是在微观上中国严格遵循普世的价格规律，但在宏观上总体性力量可以在相当程度上界定需求的种类和重要程度。基于这种价格和市场机制，中国企业治理的核心议题更具特色。关于代理成本问题，由于国企管理者政府本身都是民众的代理人，因此，代理问题是弥漫于整个系统的。所以，与其说是代理问题，倒不如说是行政治理的问题；所有权结构和中小股东利益保护问题，与其说是国有股权的问题，倒不如说是营商关系的问题。当然，政治、经济和文化等之间的利益转换关系东西方都有，但是相比之下，西方各领域的分化似乎更加分明，转换也更加隐蔽；而中国各领域的关系紧密，转换较为明显。因此，在中国企业治理当中，如何加强和改进党政领导会成为一个至关重要的治理问题。