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1941年，马丁·古德曼的公司开始转型，发行的更多是漫画，而非纸浆杂志。这让公司本就人手不足的情况更加突出，员工必须从零开始创作新的故事。随着漫画部工作量与日俱增，斯坦·李的任务也日益增加。乔·西蒙仍然在写作、编辑，投身于创作。醉心于绘画的杰克·科比被任命为艺术总监。公司还雇用了一批自由职业者。另一位画家，悉德·肖尔斯（Syd Shores），被聘请帮助给漫画上色。斯坦·李笔耕不辍。马丁·古德曼的公司每个月都会发行新的漫画书，有时一次发行多达三本不同的漫画书。
疯狂的工作节奏导致马丁·古德曼与首席画家乔·西蒙和杰克·科比之间矛盾不断，最终二人在与马丁·古德曼大吵一架后离开了公司。马丁·古德曼随即做出了一个可能令包括斯坦·李在内的所有人都感到意外的举动。马丁·古德曼任命斯坦·李这位只有一年行业经验的少年担任时代漫画公司的主编。“马丁让我暂时负责，直到他找到替代者为止。”斯坦·李回忆。然而，马丁·古德曼从未另寻他人取代斯坦·李。
“当时的斯坦·李还是一个孩子，”时代漫画公司画家文斯·法戈（Vince Fago）说，“对他而言，写作就像说话，而他是一个口若悬河的人。”文斯·法戈还说，“斯坦·李绝不墨守成规，他是一个才华横溢的人。”他还描述了斯坦·李的工作方式。斯坦·李每写一页，就会打电话给自由职业画家，向他们口述自己所写的内容，之后周而复始，把整个故事口述给画家，直到整部漫画完成为止。而斯坦·李总是同时创作多个故事。斯坦·李会与三四个人同时合作，让他们完成部分（不同的）故事。文斯·法戈含蓄地总结，斯坦·李是这个行业的高手。
第二次世界大战爆发后，即使在参军期间，斯坦·李仍坚持为马丁·古德曼创作漫画。战争结束后，斯坦·李重返纽约，继续担任时代漫画公司的主编。