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杨守敬在日本，除书法功绩之外，还有一部《日本访书志》，是颇使日本学者耿耿于怀的。所谓的耿耿于怀，一是惊叹于他的博学洽闻；二则其中也包含了某种“不快”。因为杨守敬在日本的这几年间，遍访各古书肆，把一大批珍贵的孤本珍本买回中国。对日本来说，这当然是一种流失。
杨守敬精于地理之学，于书籍典志本非专长。抵日本后，闲散家居，在最初并无公使馆的正式差遣，一切均由公使何如璋关照，日与岩谷一六、日下部鸣鹤等过从。待到继任公使黎庶昌赴任，由于黎之女婿张道民为张裕钊子；由是，张裕钊、张道民推荐杨守敬为公使顾问，这才使杨守敬的身份变得固定起来。但据说，最初杨守敬与黎庶昌的见面并不是很愉快的。
黎庶昌赴任前后，日本正处于维新欧化热，汉学一类书籍无人问津，在古书肆堆积如山，成捆成札，灰垢满积。杨守敬一见有此，十分高兴，但他当时没有金钱购书，只是每次发现珍本孤版，硬记强忆，回馆后即凭记忆作分类记录，标出重点，并装订成册，题曰《日本访书志缘起例条》，给黎庶昌看。黎庶昌是与曾国藩、张裕钊齐名的桐城派大家，于此自然在行，一见《例条》大为惊讶，于是委托杨守敬收集古书，准备刻《古逸丛书》以飨国人。
但这需要大笔款项。杨守敬无奈，遂想到了自己携来的许多古拓碑版和古钱古印。《杨惺吾年谱》引他自序有云：
先是，余初到日本，游于市上，睹书店中书多所未见者。虽不能购，而心识之。幸所携汉魏六朝碑版亦多日本人未见。又古钱古印为日本人所羡，以有易无，遂盈筐箧。及黎公有刻书之议，则日日物色之。又得森立之《经籍访古志》抄本，其时立之尚存，乃按目索之，其能购者，不惜重值，遂已十得八九。
《清代朴学大师列传》杨守敬条则如下：
至东京，值日本维新伊始，其国人唾弃旧学书，因以贱值得之。并为黎校刻《古逸丛书》若干种。均宋元旧刻，或数百年之古抄，为此土所罕见者。择名手刻雕，士林咸珍异之。
在日本当时几乎还未“醒”过来之际，杨守敬已将宋元古籍，以贱价购入，并有相当规模。但他不满足于购书，在森立之《经籍访古志》提供的线索下，他大体已得知日本古刊本的分布情况，并由此寻访森立之。森立之是一位畸人，儒医之外，又以浪行被逐而闻名于世。杨守敬拜访森立之时，亦有笔谈被编为《清客笔话》十一册，其中记录了许多杨守敬当时的情况。比如明治十四年（1881）有此两纸：
顿首，今日竭诚拜谒，不遇为怅。约于明日三时再诣府，幸勿他出为祷。枳园先生阁下。
去四点钟来。顷购得《经籍访古录》，知先生为狩谷高足。敬于贵邦最服膺狩谷氏，以为第一流。观先生所著《访古录》，知于古书源流真伪辨别精审，弟近日欲刻此书，但此书中抄写颇有讹字，不敢臆定，愿先生校而后刻之。先生辛勤著录，弟为先生刻此书，想不以为妄否？
守敬学浅才疏，何敢正先生之书？唯愿从此以后，常来往求教先生耳。
可以肯定，森立之的《经籍访古志》为杨守敬提供了重要的帮助。这种帮助，恐怕是《古逸丛书》得以刻成的主要原因，也是杨守敬能买到如此多的孤本珍本古籍的主要原因。在他临回国时，他已能宣称自己的所获，已有《经籍访古志》十之八九了。
除请教森立之关于日本汉籍古书之外，杨守敬也以自藏碑版古钱与森立之作交换。一是借森氏藏书。现存还有不少借条：
借《玉烛宝典》《仪礼注抄本》。杨惺吾。辛巳七月初四日。近日遂以所藏金石售之，以为刻赀。
还有就是笔谈中的交换记录。读来煞是有趣：
［杨］仆金石是夙好，书则近日始好。近日好书甚。故欲以金石换之。仆藏刀布约二十品，公欲得数品亦可，公能以书割爱矣。公爱此，可以书换也。
［森］不可也。古刀布如美人之肖像，未拜真颜，则不可也。款识类鼎彝拓本，则以书体为专学，若此物则以书代亦可也。
［杨］钟鼎拓本，他日可呈览。
［杨］仆以前专心金石文字，于经史未用功。近日始颇有察学之。然年已四十有三，两鬓巳白，恐终无成耳。然贵邦可与谈学问者，公之外尚有几人？当访之。公髦而好学，我辈愧耳。仆若得溜（疑误）之，当尝往来求教，公以为孺子可教否？
［森］唯命是奉，若昆山白玉与日本青玉，相磨而锵锵有声，则不复一大美观乎？
对谈中的确给我们留下许多意外的记载。与杨守敬在书法上的俨然宗师不同，在古书籍研究中，他却出人意料的谦虚。但他终于成功了。作为书志学者的杨守敬，有《日本访书志》十六卷（光绪二十三年刊），并《留真谱》初、二编出版。此外，他为黎庶昌刻《古逸丛书》，亦是一件大事。据说当他回国时，他购买的古书被运回黄州的即有数十万卷。
杨守敬归国时是明治十七年（1883）。此后两年间，他在湖北黄州起筑“邻苏园”，收藏这些古书。其后十余年，辛亥革命事起，他的好友端方任督办大臣，在往四川途中被杀。武昌一带正是战火接近之处，为不使这些得来不易的藏书毁于战火，他委托日本朋友寺田秀武向当时新军政府都督黎元洪提出要求保护，而自己则避难上海。黎元洪曾为杨守敬的藏书专门发布告示，文如下：
照得文明各国，凡于本国之典章国籍，罔不极意保存，以为国家光荣。兹查有杨绅守敬藏古书数十万卷，凡我同胞均应竭力保护，如敢有意图损毁及盗窃者，一经查觉，立即拿问治罪。杨绅悉笃学老成之士，同胞咸当爱敬，共尽保护之责，以存古籍而重乡贤。
这篇告示，因被《杨惺吾年谱》收录，故我们今天还能得窥全豹。
袁世凯任民国大总统，黎元洪为副总统，曾一度想倡文化复兴之义，以为政府方针。作为具体条件，重用著名学者如严复等。此时亦曾聘杨守敬任政府文艺顾问，并征为参政院参政。但杨守敬时已老迈，又不善政治，故力辞之。未果，遂就任。翌年他就病故，当时的国务卿徐世昌还专门呈文请给恤杨守敬家人。世人皆以为此是杨氏晚节有玷，这实在是书生之见。袁世凯为大总统，连孙中山都未有异议；杨守敬为一老学究，又能有什么卓越出众的见解呢？他并非夤缘之人，被黎庶昌推荐为参政，也都是被动的。他不像严复和杨度等，是袁世凯帝政运动的策划参与者，在历史上留下过污点；他是个老学究，并无什么政治能力，所谓参议，也不过是粉饰摆样子罢了，是当不得真的。