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子午流注是基于古代针灸学与经络学说而发展出来一套养生规律。因太阳与地球位置的变化，其引力使人体的12条经脉在12个不同时辰有兴有衰。
就子午流注学说的发源来说，它的理论基础起源于《内经》，如在《灵枢·五输》中就提出了“井、荥、输、经、合”等五穴位并以“出、溜、注、行、入”等不同自然现象来解释其气血的运行及盛衰。其发展过程，由于历经战乱，书籍毁之所剩无几，况古人对此至学是以口口相传，所以其发展过程让人难以琢磨，正如雾里看花一样，只知其大体轮廓，而不知其大体轮廓之细微之变。
在这里，我逐字诠释一下。
子：指的是十二地支的第一个序数，若配一月份而言，为农历11月，若配24节气而言，为冬至节所在之时，若以昼夜长短变化规律而言，冬至阴至阳生，冬至节以后，逐渐夜短昼长，若配时辰而言，为23点～1点。
午：指的是十二地支的第七个序数，若配以月份而言，为农历的5月，若配以24节气而言，为夏至节所在之时，若以昼夜长短变化规律而言，夏至阳至阴生，夏至节以后逐渐夜长昼短，若配以时辰而言，为11点～13点。
流：流经、流入，恰到好处地形容了人体的气血运行从子时到午时，再从午时到子时的这种息息循环无端的规律性变化。
注：注入，即气血对组织的灌注。
子时（23点至1点），胆经最旺。这一时刻本是阳气发动万物滋生之时，而人为万物之灵，因此又称“人时”。中医理论认为：“肝之余气，泄于胆，聚而成精。胆为中正之官，五脏六腑取决于胆。气以壮胆，邪不能侵。胆气虚则怯，气短，谋虑而不能决断。”由此可见胆的重要性。人一般在夜里九、十点钟会有困倦的感觉，但熬到11点以后却又精神了，这就是胆经生发的缘故。但要注意，子时阳气的生发之力尚小。因此，应该通过睡眠保养这一线生机。在子时前1～2小时入睡的话，晨醒后头脑清晰、气色红润。反之，经常子时前不入睡者，则气色青白，特别是胆汁无法正常新陈代谢而变浓结晶，犹如海水中水分蒸发后盐分浓而晒成盐一般，易患胆结石一类的病症。有的女孩胆子很小，周围的声音稍微大一点，都会把她们惊得娇呼一声，其实这并不是她们在故作怜人状，而多半可能是因为胆气不足而造成的。
丑时（1点至3点），肝经最旺。“肝为将军之官……主血”，人的思维和行动要靠气血的支持，新旧气血的代谢通常在肝经最旺的丑时完成。中医理论认为：“人卧则血归于肝。”如果丑时前未入睡者，面色青黄，情志倦怠而躁，易生肝病。
寅时（3点至5点），肺经最旺。“肺朝百脉”，是全身气血通过经络运行的起点，是阳气的开端，也是人的开端。一日之中寅时也是人身体各部开始由静转动，各部分对血、气的需求量都开始增加，这时肺作为“相傅之官”就一定要担当起均衡天下的职责，一旦失职，就会造成严重的后果。健康的人这时正在通过深度睡眠来完成生命由静而动的转化。可是，身体虚弱的人或老人这时会出现失眠或醒来，这是因为身体各部位对血的需求量增加，相应的脑子得到的血减少了，生命自然就危险了。譬如身体各部对气血的需求量的猛增，会加重心脏的负担，这就是许多心脏病患者死于凌晨三四点的原因。
卯时（5点至7点），大肠经最旺。“肺与大肠相表里。”肺将充足的新鲜血液布满全身，紧接着促进大肠经进入兴奋状态，完成吸收食物中水分与营养、排出渣滓的过程。
辰时（7点至9点），胃经最旺。人在7点吃早饭最容易消化，如果胃火过盛，会出现嘴唇干裂或生疮。
巳时（9点至11点），脾经最旺。“脾主运化，脾统血。”脾是消化、吸收、排泄的总调度，又是人体血液的统领。“脾开窍于口，其华在唇。”脾的功能好，消化吸收好，血的质量好，嘴唇才是红润的。唇白标志血气不足，唇暗、唇紫标志寒入脾经。
午时（11点至13点），心经最旺。“心主神明，开窍于舌，其华在面。”心气推动血液运行，养神、养气、养筋。中医认为心为“君主之官，神明出焉”，午时正是阴气忤逆阳气之时，对练功者而言，正是练“子午”功的大好时机。而对无力主宰自己气血的人，只有睡眠最接近所谓的“心肾相交”了，所以子时一定要睡觉，午时一定要小憩，这是最能养精气神的时机。
未时（13点至15点），小肠经最旺。小肠分清浊，把水液归于膀胱，糟粕送入大肠，精华上输运于脾。小肠经在未时对人一天的营养进行调整。
申时（15点至17点），膀胱经最旺。膀胱贮藏水液和津液，水液排出体外，津液循环在体内。膀胱经为足太阳之脉，上额头而至巅顶，气虚、气实都容易引起头痛或两目外鼓等症，若是身体健康，这是则整是读书的好时光，所以古人主张“朝而受业，夕而习复”。这时由于气血容易上输于脑部，学习效率就会很高。申时可以多喝水和吃些水果，顺应膀胱经，对养生很有益处。
酉时（17点至19点），肾经最旺。肾为先天之本。人体经过申时泄火排毒，肾在酉时进入贮藏精华的阶段。自此时身体所表现出来的病变都是肾的收藏功能出现了问题。
戌时（19点至21点），心包经最旺。“心包为心之外膜，附有脉络，气血通行之道。邪不能容，容之心伤。”心包是心的保护组织，又是气血通道。心包经戌时兴旺，可以清除心脏周围外邪，使心脏处于完好状态。
亥时（21点至23点），三焦经是六腑中最大的腑，具有主持诸气、疏通水道的作用。亥时三焦通百脉。人如果在亥时睡觉，百脉可休养生息，对身体十分有益。这个时刻人们应该安眠，让整个身体（三焦）都得到休息和休整，并从这种彻底的休整中孕育新的生机。
现代人生活节奏快，压力大，再加上都市里灯红酒绿，因此普遍习惯过丰富的夜生活，殊不知，人是大自然的组成部分，生活习惯应该符合自然规律。植物白天吸收大自然的能量，夜里则“专心致志”地生长，所以人们每当夜晚在田间信步时，总能听到庄稼的拔节声。人体也是一样，不按子午流注的规律作息，就是逆天行事，自然就会过早地衰老或者患病。对女人而言，更是养颜的大忌。
甲日戌时胆窍阴，丙子时中前谷荥，
戊寅陷谷阳明俞，返本丘墟木在寅，
庚辰经注阳溪穴，壬午膀脐委中寻，
甲申时纳三焦水，荥合天干取液门。
乙日酉时肝大敦，丁亥时荣少府心，
已丑太白太冲穴，辛卯经渠是肺经，
癸巳肾宫阴谷合，乙未劳宫水穴荥。
丙日申时少泽当，戊戌内庭治胀康，
庚子时在三间俞，本原腕骨可祛黄，
壬寅经水昆仑上。甲辰阳陵泉合长，
丙午时受三焦木，中渚之中仔细洋。
丁日未时心少冲，已酉大都脾土逢，
辛亥太渊神门穴，癸丑复溜肾水通，
乙卯肝经曲泉合，丁巳包络大陵中。
戊日午时厉兑先，庚申荥穴二间迁，
壬戌膀胱寻束骨，冲阳土穴必还元，
甲子胆经阳辅是，丙寅小海穴安然，
戊辰气纳三焦脉，经火支沟刺必痊。
己日已时隐白始，辛未时中鱼际取，
癸酉太溪太白原，乙亥中封内踝比，
丁丑时合少海心，己卯间使包络止。
庚日辰时商阳居，壬午膀胱通谷之，
甲申临泣为俞木，合谷金原返本归，
丙戌小肠阳谷火，戊子时居三里直，
庚寅气纳三焦合，天井之中不用疑。
辛日卯时少商本，癸巳然谷何须忖，
乙未太冲原太渊，丁酉心经灵道引，
已亥脾合阴陵泉，辛丑曲泽包络准。
壬日寅时起至阴，甲辰胆脉侠溪荥，
丙午小肠后溪俞，返求京骨本原寻，
三焦寄有阳池穴，返本还原似的亲，
戊申时注解溪胃，大肠庚戌曲池真，
壬子气纳三焦寄，井穴关冲一片金，
关冲属金壬属水，子母相生恩义深。
癸日亥时井涌泉，乙丑行间穴必然，
丁卯俞穴神门是，本寻肾水太溪原，
包络大陵原并过，已巳商丘内踝边，
辛未肺经合尽泽，癸酉中冲包络连，
子午截时安定穴，留传后学莫忘言。