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时至20世纪20年代，教会学校在中国境内取得了长足的发展。据统计，1921年中国接受初等教育、中等教育和高等教育的学生中，外国在华所办学校的学生数分别为本国所办学校的4%、11%和80%，其中，高等教育方面，中国所办高校学生约为1.5万人，外国在华所办高校学生约为1.2万人。“传教团体多至168种，教会出版书籍，多至4400余种”，“全国教徒人数近40万，正式教堂达6000余所，差会总堂尚以千计”。
与此同时，巴黎和会中国外交交涉失败，国内民族主义情绪不断高涨。五四新文化运动则促使国人进一步解放思想、打破桎梏。此时，西方也正在开展反宗教批判，美国学者杜威和英国学者罗素都对宗教持否定态度，这一时期他们在中国巡回演讲并在中国知识分子中产生了重要影响。于是，西方宗教逐渐成为国人批判的对象，并且在民族主义的发酵之下，这种批判日渐脱离了学术的范畴，开始往政治运动的方向发展，教会教育被视为“文化侵略阵营”。
“凭借不平等条约而在中国传播的基督教，便自然而然地被国人视为帝国主义侵略工具，并且成为民族抗争情绪宣泄的主要对象之一”，“反基督教运动遂成为反帝斗争洪流的组成部分之一”。
世界基督教学生同盟第11届大会计划于1922年4月在清华大学召开。此消息一经传出，就引起中国知识界强烈的愤怒和反对。1922年3月9日上海各校的爱国学生发起组织成立了“非基督教学生同盟”，公开发表《非基督教学生同盟宣言》，指出世界基督教学生同盟“为现代基督教及基督教会的产物”，“彼为污辱我国青年，欺骗我国人民，掠夺我国经济的强盗会议，故愤然组织这个同盟，决然与彼宣战”，并发表通电称：“北京不乏耶教会场，清华为国校，非教会所立，又焉能供一教之用”。
3月21日李石曾等79人撰写并发表了《非宗教大同盟宣言》，控诉宗教的罪恶和毒害，宣称“凡不迷信宗教或欲扫除宗教之毒害者，即为非宗教大同盟之同志”。
世界基督教学生同盟第11届大会的召开使中国人“酝酿已久的反教情绪终于有了一个宣泄的机会”
，对列强帝国主义行径的愤怒，以对“帝国主义的化身”基督教的敌对情绪高涨，中国由此开始了一场长达数年的非基督教运动。
1924年4月，广州圣三一学校开除学生领袖一事将非基督教运动推向高潮，湖南、湖北、河南、四川、广东等地相继成立了“非基督教同盟”组织，提出“收回教育权”的口号，广州、长沙、南京、青岛等地发起了反对基督教的大规模示威游行。
从这时起，非基督教运动进入了新的发展阶段，形成了明确的斗争目标：反对教会教育、收回教会教育权。1924年7月，中华教育改进会南京年会通过了“收回教育权案”。10月，全国教育联合会通过了“取缔外人在国内办理教育事业案”及“学校内不得传播宗教案”，使“收回教育权成为全国一致的舆论”。
与此同时，教会学校风潮迭起。据统计，1924年5月至五卅运动前，教会学校风潮共12起，遍及广东、江苏、福建、河南、四川、湖南各省。
1925年五卅惨案发生后，反帝爱国情绪在民族主义的影响下进一步高涨，从6月到9月，五卅惨案直接引发的教会学校风潮多达44起。
广州岭南大学副校长英国人白士德因反对学生参加示威游行，“校园中出现了要求中国人接办岭南大学，驱逐一切帝国主义份子，以及清除基督教的传单”，最终白士德被迫离校。
得知五卅惨案的消息，金大学生们立即发表通电：“闻报惊悉英捕惨杀工人学生，痛正义之无存，伤同胞之惨死，凡属人伦，孰不发指，祈沪人士，一致抗争，学生等誓联合南京各界为后盾，不达目的不止，南天在望，悲愤填膺，临电泪流。”6月3日，金大学生会组织成立沪案后援委员会，“即日大会议决罢课，校中顿呈严重忙迫之象”。6月4日至5日，“全体同学加入南京市民示威运动游行。沿途散发传单，露天演讲；虽天气酷热，精神不因之少懈。委员会鉴于群众运动之猛烈，不可无持重之主张，乃有‘攻击目标限于沪案之负责者，以不直接行动为根本原则。努力于实际上援助沪工，唤醒民众。不作其他无益之事。’之议决案”。
与其他教会大学不同的是，在学生运动期间，金大的美国教员对学生们予以深切的同情，中国教员还组织后援会配合学生们。
并且，为支持学生参加示威游行，金大重新调整了课程安排，在6月3日到6月23日期间停课，允许学生参加各种游行、集会等。包文校长说：“幸运的是，一群睿智的中国教师能够与高年级的、起领导作用的学生合作，并与其他公立、教会学校的中国教师和学生们一起，共同促使南京的运动保持在理性范围内。通过这次合作，金大及学生们的声望和名誉得到很大的提升。因此应当对我们的中国教职员进行嘉奖。”
此外，为抗议“上海圣约翰大学校长卜舫济侮辱国旗、解散学生团体，以压迫其爱国运动”，南洋大学提议取消圣约翰大学为华东八大学体育联合会会员的资格，金大首先同意，全校同学一致投票赞成。
正如杰西·格·卢茨所说，“1925年，多数教会大学的学生似乎踊跃响应爱国主义的号召，但他们并不准备在民族主义运动中起带头作用。要使他们从同情的支持者转变成积极的组织者还需要有某种额外的因素。”
金陵大学的学生尽管积极参与各种爱国运动，但大部分学生并不十分激进，他们在理性范围内表达着自己的爱国情绪。
在反基督教风潮影响下，1925年下半年，金大有28名学生转学至东南大学。1926年初，有传言称，金大约100余名学生要转学去东南大学，实际最终1926年上半年仅30名学生转学到东大。金大校方对学生运动持支持和包容态度，包文校长不认为学生转学与非基督教运动之间存在任何必然的因果联系，他说：“比起以往，也许有更多高年级学生离开了，但这很可能是因为资金的缺乏以及我们没有足够多的高级选修课程。我们感到幸运的是去年秋季的那三四个激进学生领袖本学期都不在了。”
这一时期，对基督教教育的敌对情绪与反帝国主义侵略的诉求逐渐融为一体，非基督教运动的目标更为具体：要求教会学校向教育部注册立案并遵守中国的各项规定。
非基督教运动具有非常重要的历史意义。日本学者山本条太郎指出：20世纪上半叶，“中国发生过两次大规模的反基督教运动：1900年义和团运动和1922—1927年非基督教运动。两次运动都引发了东西方冲突以及中国人民对外来文化的强烈反对”。
杨天宏教授进一步指出：“非基督教运动所达到的广度深度以及所产生的影响，都远远超过了义和团运动。义和团运动只是一次对外国列强侵略的郁愤情绪的爆发，多少带有盲目排外的色彩；而非基督教运动则是一次中国人对外来文化的理性思维和批判，它对中国近代政治思想、学术文化、宗教信仰、教育科技乃至中外关系都产生了不容忽视的影响。”
非基督教运动促使政府进一步加强了对基督教学校的管辖与治理。1925年11月，教育部布告第十六号明确指出：“外人捐资设立”的学校“不得以传布宗教为宗旨”，“不得以宗教科目列入必修科”，“私立学校不得以外国人为校长”。
1926年10月，大学院公布《私立学校规程》和《私立学校校董会设立规程》，指出：“私立学校一律不得以宗教科目为必修科，亦不得在课内作宗教宣传”，“如有宗教仪式，不得强迫学生参加”，“如校长原系外国人者，必须以中国人充任副校长，即为请求认可时之代表人”，“中国人应占董事名额之过半数”，“外国人不得为董事长或董事会主席”等。
尽管这些文件尚未能对中国教会大学产生实质性的约束力，它们的出台亦是非基督教运动的重要成果，推进了中国教育管理体系不断完善。
非基督教运动有效推进了中国基督教学校的“本土化”进程。在非基督教运动的打击下，中国基督教人士意识到基督教育要想得到国人的认可，其在华发展方式必须做出改变，提出基督教教育“本土化”的主张。1925年程湘帆主办的《中华基督教教育季刊》在其创刊号上发表宣言，指出要“贯彻基督教教育之本土化，发挥基督化教育之真精神”。
1926年中国教会大学校长会议上，沪江大学校长魏馥兰提出：“基督教若欲在中国得以永远滋长，基督教教会必须完全变为中国的有机体；否则，万难得到华人的助力，而在中国土地上滋荣发达”，“基督教学校当完全为华人管理，照华人的策略进行，愈速愈妙”。
非基督教运动亦切实推动了金陵大学的“本土化”进程。金陵大学校长包文一直认为应将学校管理权交给中国人，然而其主张并未得到管理层的一致认同。随着非基督教运动愈演愈烈，关于中国教会大学管理权的讨论愈加深入。1926年3月18日，在金陵大学理事会上，包文校长再次提出这一问题，他说：目前学校经济问题很严重，但更严重的是“中国人领导权的问题”，“我们应当少插手一些，多与中国人合作，将管理权更多的交给中国人”。包文还在会上公布了3月17日他与副校长文怀恩（ J. E. Williams）、文理科科长夏伟师（Guy W. Sarvis）、农林科科长芮思娄（ J. H. Reisner）、图书馆馆长克乃文（Harry Clemons）、鼓楼医院院长赫济生（ A. C. Hutcheson）共同署名写给理事会执行与经济委员会的辞职报告。报告中称：“我们相信让更多中国人担任金大行政管理工作的时代已经到来，希望理事会认真考虑这一问题”，包文等人表示“希望辞去行政管理职务，按照理事会的需要去从事其他方面的工作”。
最终，理事会通过了三项决议：第一，“本校当局既自愿退让为华人办理本董事会，应致最深谢忱”；第二，“本董事会对于此后学校行政，当物色有充分能力华人补充之”；第三，“任命五人为委员，研究此事进行之步骤，至必要时，能召集本会讨论之”。会上成立了立案委员会（Committee on Registration），专门研究大学立案问题。大会任命中国教员过探先与芮思娄共同担任农林科科长，并从1926年下学期开始，聘任陈裕光为文理科科长、过探先为农林科科长、胡小石和陈钟凡为国文系主任、张信孚为体育系主任。
在非基督教运动的影响下，在包文校长的努力推进下，金陵大学院长层级的管理权逐渐让渡给了华人，此举为“南京事件”后金大的平稳过渡奠定了基础。
非基督教运动是一场关于如何应对在华基督教事业的思想讨论和政治运动，也是国内民族主义情绪的一次酝酿和宣泄。可以说，“基督教传入中国的时候，最大的不幸，就是与不平等条约发生了关系，因此，引起一般人的误会。要消除这种误会，非使基督教脱离不平等条约的关系不可！”
非基督教运动使反帝排外思想在民众中进一步传播，为“南京事件”排外情绪的爆发埋下了不安的种子。直至南京国民政府成立，改变了内外政策，逐步掌控了国内政局，才正式终止了这场持续了六年之久的非基督教运动。
1927年3月24日，随着北伐军进入南京城，南京城内出现多起外国人及其住所遭遇抢劫的事件，“外侨6人死亡（英国2人、美国、法国、意大利和日本各1人）、5人受伤（英国和日本各2人、美国1人）；受到抢劫的外国公私机构和外侨住宅共计151处：其中外国领事署3处、外国公司45处、私人住宅103处。外侨因财产物品遭受抢劫，财产损失比较严重”；而后英国军舰炮击南京城，造成城内多处人员伤亡、建筑毁坏，“中国军民有37人死亡（其中，军人24名、居民13人）、26人受伤（其中军人7名、军民19人）；37间房屋被轰毁”，且“有5处外侨住宅系被英美炮舰轰毁”。
此为“南京事件”（The Nanking Incident），亦称“宁案”。
“南京事件”是“北伐开始以来中国第一次大规模的排外事件，也是义和团之后最严重的排外事件”
，给在宁外籍人士造成了严重的财产损失、人身伤害和心理冲击。包文校长称之为“发生在南京的前所未有、毫无预料的大灾难”。
金大化学系主任唐美森（ J. G. Thomson）的女儿在时隔半个多世纪之后说道：“我透过阳台门上唯一的窗户，看到大约10名士兵组成的一条灰色的队伍，正在从大学运动场往我家的方向走来。现在我已经90多岁了，我仍然记得当时那种浑身冰冷和极度恐惧的感觉”，革命军把汤美森和另一位金大教授梅赞文（Sam Mills）当成了英国人（比起美国人，革命军更厌恶英国人），就在唐美森、梅赞文和毕敬士（Claude Pickens）被士兵排成一排准备枪毙的时候，“幸好这时一位陆军中尉赶到，用一条大鞭子控制住士兵，他冲着士兵们大吼，将我们赶下楼，救了我们一命”。
除金陵女子大学之外，南京所有教会学校无一幸免于难。金陵大学在“南京事件”中受创尤重，副校长文怀恩遇难身亡，校园建筑受到不同程度的损毁，部分实验设备、植物标本等遭到破坏，宿舍和医院里的物品遭到抢劫，语言学校和纪念图书馆被洗劫一空，外籍教员家中及随身携带的财物几乎全被抢劫一空，更不用说那些未支付和无法收回的学费，外籍教师撤离过程中产生的费用等。
“南京事件”发生后，金陵大学外籍教员全部撤离，校长包文指派农林科科长过探先、文理科科长陈裕光、图书馆馆长刘国钧和附中校长刘靖夫4人组成临时管理委员会，随后根据需要又补充了5位成员，形成一个9人管理委员会，暂时代为管理金大的各项事务。1927年4月，金大理事会正式选举过探先、陈裕光、刘国钧等7人组成校务委员会，由过探先、陈裕光分别担任正副主席，暂时代为管理金陵大学各项日常工作。
然而，金大此时又面临一个新问题，如何防止更多的校舍被士兵占领，以及如何收回已经驻扎士兵的校内建筑。因为学校教室、小礼拜堂、体育馆、外籍员工的住宅等地均驻扎着士兵，学校医院变成了专门接收伤兵的部队医院，“所有外国人的房屋都被士兵占领了，房屋外到处都是马匹”。
此时，突然传来南京市政府向金陵大学提出要接管金大校产和建筑的消息，引起金陵大学教职员工的深切恐慌，他们明白“接管”的意思就是“没收充公”。幸而，不久接到江苏省政府的消息，称金陵大学可以在七人管理委员会的有效管理下继续开办。
然而，这一时期仍不断传出“大学可能会被国民党占领，或者至少会有几名国民党员进入学校管理委员会”，“金陵大学将要被关闭”，“金陵大学将要被接管”，“市党部以金陵大学现有教职员工均为反革命分子为由申请接管金陵大学校产，李将军接受了他们的请愿，但未签字同意”等令人不安的揣测和流言。
金大是否能够继续开办下去，一时间局势尚不明朗。
很快，南京国民政府宣告成立，国际关系日趋平稳，国内政局逐步走向正轨。随着政府对社会管控力不断增强，将中国教会大学纳入中国教育管理体系成为可能。而经历了非基督教运动和“南京事件”的冲击，中国教会大学也意识到必须有所改变，获得在华办学的合法性，获取政府和民众的支持，是其在华生存与发展的必要条件，“注册立案”成为中国教会大学必须考虑的首要问题。对于位于旋涡中心的金陵大学而言，对这一问题的推进似乎更为紧迫。
1927年6月16日，在金陵大学理事会上，学校管理委员会主席过探先指出：“国民政府即将施行新的教育制度体系，在每个省设立一所统管全局的大学，综理一切学术及教育行政事务。这无疑会影响到教会学校的地位，导致教会学校被国立大学所掌控。并且，南京的一位官员已经声明，如果基督教大学不在1927年9月1日前完成注册，将不允许继续在中国开办。面对这些紧急情况，当前最明智的做法就是尽快向国民政府注册，再拖下去只会更麻烦。”
鉴于这一紧急情况，1927年6月29日金陵大学专门召开会议讨论新校长人选和注册立案事宜。会上有人指出：在政府机关、军队和党组织的影响下，中国基督教徒们目前压力很大。胡汉民已经要求宣传部门制作标语来瓦解金陵大学。低级官员、学生、宣传人员目前遇到了很多困难，而注册则可以解决所有这些问题。陈裕光也认为金大应尽快注册立案，因为已有相当多的中国人认为政府应当接管金陵大学。
时至1927年7月，距离“南京事件”发生已经近4个月，金陵大学的办学环境并未得到好转，注册立案的压力反而越来越大。教育当局认为基督教机构在故意拖延注册时间，期望获得更好的条件；甚至部分信仰基督的学校员工都觉得必须要离开学校，因为他们觉得作为一名忠诚的中国公民和基督徒，无法继续在一个未注册的机构里工作。
并且，南京城内民族主义情绪仍然非常强烈，收回教育权的呼声不断。
1927年7月12日，中华基督教教育会就收回教育权问题向国民政府教育行政委员会致函咨询。7月23日，蔡元培、张乃燕等回复称：“本会对于收回教育权无没收财产之意，至于接收私立学校亦须经教育行政机关体察情形核定认可，非团体或个人可以任便，接收方法程序亦当根据政府所颁规程办理。最近本会对于此事业经规定凡私立学校并其中之教会及外人设立学校准予照章立案继续维持，各界人士及私立学校学生不得藉口收回教育权任意破坏。”
然而，事实上，“南京事件”之后，南京城内的反帝情绪并未逐渐烟消云散，民族主义情绪仍在蔓延扩张，甚至变得更加强烈。正如1927年8月20日一位南京友人在给农林科科长芮思娄的信中所描述的：“南京城对外国人的敌意越来越严重，似乎成为了反对外国人的中心。”
这样的社会氛围使金陵大学的外国教职员工更加无法返校，动荡不安的政治局势令有家室的外国教员难以抉择，有些外籍教员甚至已经找了其他的工作。
面对这一前所未有的困境，金陵大学在办学策略上势必要尽快做出调整和应对。
“南京事件”后外籍教师的全体撤离，为管理权的转移提供了便利。校长包文一直“主张学校终当由中国人主持之”，他曾表示：“此汝等之学校，我辈权为管理，汝能自立，即以之付汝矣。”
“南京事件”后的局面正是移交管理权的最佳时机。1927年8月24日，包文正式向托事部提交了辞职报告，他指出：“目前不仅是中国政府规定私立学校的校长必须为中国人，而是基督教和非基督教的民众中普遍有一种要求更换为中国人领导的情绪。其实我、文怀恩副校长以及其他学校管理人士一直期望能够将大学的管理权交到中国人手中，如今正是移交的时机。”
继而，在1927年9月13日的理事会上，金陵大学管理委员会也表示希望尽快确定一位华人校长，因为在校长领导下的管理比委员会管理的方式更为有效，而且向教育部注册的前提也是要更换为华人校长。会议指出理事会已将注册事宜相关材料呈交给国立第四中山大学，但是目前还未得到回复。委员会认为注册事宜务必要尽快推进完成。
最终，1927年11月9—11日的金陵大学第26届理事会议上，大会主席宣布，经过认真考虑，理事会决定由出身金大、曾担任文理科科长的陈裕光接任金陵大学校长之职。推举陈裕光的提名得到了原校长包文在内的金陵大学全体中外教职员工、校友等一致的支持，大家认为陈裕光在“南京事件”发生后的几个月里充分体现出了优秀的行政能力，可以说，他是一个能够立即上任、能够得到校内外所有群体支持、能解决注册等亟须解决的各项事宜的最佳人选，并且“陈裕光出任校长一事将会让中国教育当局看到我们正在为注册事宜积极做准备”。
于是，在众望所归之下，陈裕光成功当选为金陵大学新任校长。1927年11月18日，金陵大学召开“沪宁各报新闻记者谈话会”，宣布：“金大原为教会学校，一切教育行政，皆操外人之手，经同仁努力奋斗，已将本校教育权收回，华人任校长，为本校创举。”
相对于华人校长一事，随后的注册立案过程显得颇为顺利。在1928年3月30—31日的董事会第二次会议上，校长陈裕光宣布正式的注册申请已经递交。
1928年6月金陵大学董事会就向教育部注册事宜再次进行了讨论，会议决定成立一个委员会，专门负责注册及其相关的章程修订事宜，以便能够尽早完成在教育部注册的相关程序。
9月20日，国民政府大学院发布第668号训令，批准金陵大学立案，金陵大学成为第一个向南京国民政府申请立案并获批准的教会大学。而后沪江大学、燕京大学、东吴大学、岭南大学、金陵女子文理学院等教会大学亦相继更换为华人校长并向国民政府立案。
立案之后，根据国民政府规定，校长陈裕光将“理事会改为校董会，增加了中国籍校董的比例，使中国人占总数的三分之二，美国人占三分之一，又将各院院长、系主任及各级领导逐步改由中国人担任”，使华人在学校管理中开始拥有一定的话语权。
金陵大学率先开启中国教会大学华人掌校、注册立案之风，既是中国时局的推动，也是金陵大学领导层为金大发展考量后做出的历史选择。这些举措看似只是从制度上将金陵大学纳入中国教育体系之中，实际却有更为深远的意义。
首先，由西人长校更换为华人长校，反映了西方基督教会的让步和中国国家实力的增强，从心理上给爱国知识分子巨大鼓舞。陈裕光出任校长后，金陵大学的学生们认为这是收回中国教育主权的重要一步，是中国国际地位提升的重要标志和国民革命成功的征兆。学生会撰文曰：“今日所庆祝之事实，固不仅由外人操纵之教育权，改归华人。本校外国事业转移到中国事业之本身，与产生华人为校长之纪元，同时亦即庆祝教育权运动收回之先声，外人表同情于国民革命之表现，与贵族式迁移至平民式教育之开端，亦即本校采取外人科学精神，以革命精神为基础，教授同学开始在学术上社会事业上奋斗之经程，为全国教育界发扬之基点，国民革命成功之征兆。”
第二，华人校长有利于金陵大学在民族主义情绪高涨的环境下生存与发展。正如包文所评价的，陈裕光是“一个各方面都非常杰出的人，考虑问题极为周到”，“难以找到比他更能胜任这一职位的人了”。
陈裕光对时局看得很清楚，明白金大在中国发展的难点和重点，他曾明确指出：“尽管金陵大学仍将是基督教大学，但需要注意的是金陵大学地处南京——国民政府的首都，由于与政府和一些国民党组织之间的联系而处在令人瞩目的位置，因此，要处理许多由于这个地理位置造成的特殊问题和经济问题。”
在陈裕光的领导下，金陵大学不断发展壮大，与国家社会关系越来越紧密，逐渐成为中国教育体系不可或缺的重要组成部分。
第三，这是中国教会大学“本土化”转变过程中的重要一步，从形式转变逐步推进质的转变。正如华中大学校长韦卓民所说：“立案酝酿几年之后，基督教大学大都逐渐地变成中国人办理的学校，形式和内容都渐渐与我国国情结合。”
司徒雷登亦明确指出：“向政府注册立案和其他一些微妙的力量使基督教大学结束了原先那种自我管控、相对平静且隔离于中国社会波动之外的传教状态，真正被卷入了中国社会生活之中。”
通过立案，在华教会大学被正式纳入了中国教育体系。尽管决策权和财政权仍在西方差会手中，中国教会大学至少在形式上已被纳入了中国教育体系之内，也体现了中国政府对教会大学教育的认可。正如有学者研究指出的：“注册对国民政府来说是要建立一个统一的在政府控制下的教育体系。对教会大学来说，则是要在制度上从教会教育机构转变为国家教育体系的一个组成部分。无论如何，它们从此结束了清末以来的独立地位，至少在理论上必须接受国民政府指定的教育计划。尽管实际上许多方面双方做得怎样大可商榷。”
20世纪20年代的中国正处于民族主义觉醒并不断高涨的时代，“民族主义的核心是反对帝国主义，基督教作为西方殖民主义和帝国主义的同位语，不可避免地受到民族爱国运动的强烈冲击”。
在“南京事件”的直接影响下，迫于生存压力，金陵大学迅速转变了办学思路，通过更换为华人校长、向国民政府立案等方式，成功化解了这场危机，客观上亦加速了自身的“本土化”进程。