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（一）创办汇文书院，办学理念初步形成
1888年，美国基督教会美以美会（Methodist Episcopal Mission）传教士傅罗（ C. H. Fowler），在南京北门桥干河沿创办了金陵大学的前身汇文书院（Nanking University）。清末民初，正是中国社会从传统走向近代的重要转型时期，汇文书院的创办在南京首开近代科学教育之风，其西式的教育理念、教学方式、教授内容和办学实践令人耳目一新。这一时期，也是西方教会在中国探索教育传教方式的重要阶段。汇文书院正是西方教会在南京高等教育领域的一次成功探索，前后三位外籍院长既是信仰虔诚的基督徒，同时也是热心教育事业的管理者和传道授业的专业教师。
汇文书院的第一任院长是福开森（John Calvin Ferguson），1866年3月1日出生于加拿大安大略省，1886年在美国波士顿大学获文学学士学位，1902年获哲学博士学位。福开森于1886年来华，先在镇江学习中文，次年到南京。1888年美国基督教会美以美会的传教士傅罗在南京创办汇文书院，请福开森担任院长。
福开森兴趣广泛，所涉事业较多，时人对其十分钦佩，“有尊之为教育家者，有尊之为政府官员者，有尊之为新闻家者，有尊之为外交家者，有尊之为著作家与中国美术收藏家者”。
福开森热爱中国文化，爱好收藏中国文物，1934年本着“得之于华，公之于华”
的想法，将其在华四十余年收藏的名贵文物悉数捐赠给金陵大学。福开森在中国文物研究方面颇有造诣，在晚清和民国旅华外籍人士中，是中国文物收藏第一人，也是故宫博物院文物鉴定委员会的唯一外国专家，同时还是最早研究中国艺术的西方学者之一，其撰写的中英文论著，如《中国历代著录画目》（金陵大学中国文化研究所出版，1934年3月）、《中国历代著录吉金目》（商务印书馆出版，1939年1月）、《陶斋旧藏古酒器考》（《学衡》1926年第51期）、《中国艺术大纲》（又译为“中国美术大纲”，Outlines of Chinese Art,1919,美国芝加哥大学出版社）等，至今仍是中国古物鉴赏研究的重要参考资料。
在院长福开森的领导下，汇文书院从创办之初就不断自我调适，积极适应清末复杂多变的社会环境，并努力将基督教传播与近代大学精神相结合，在学校创建的过程中逐步形成了独具风格的办学特点。
福开森强调汇文书院的创办是“在基督教的影响下建立一所好学校，而不是传教机构”。
这一理念奠定了汇文书院乃至后来金陵大学的基本发展思路，使汇文书院未局限于基督教传播的初衷，不仅以大学为传教载体，更是怀有建设一流大学的愿景。在福开森看来，基督教传播和科学教育是互促互进的，“学校需要教会，教会也需要学校”，“不仅教育对传教工作颇有益处，宗教教育对科学教育也有很大助益”，对耶稣基督和其教会最好的服务就是“忠实地做好我们所做的事”，“忠实地完成学校的工作”，侍奉上帝最好的方式就是“在教育事业上毫不懈怠、精神勤勉”。
因此，对于福开森来说，汇文书院的办学定位并不是一个专门的传教教育机构，而是要创办一所真正近代意义上的大学，帮助汇文书院发展教育事业就是他对教会最好的回报。在福开森的领导下，汇文书院逐步发展成为南京近代科学人才、科研成果的培育基地和民众教育的重要力量。同时，汇文书院也成为沟通中西文化交流的桥梁，学生们在这里学习到近代科学文化知识，外籍教员们则通过这里了解中国的国情与发展需求。
汇文书院早期开设有预科、神科（又称圣道馆）和文理科。在福开森看来，汇文书院是南京建立的“第一所综合性学校”，他强调“各个学科都应该对学生开放”，应当在所有人中“建立一个广泛的学校理想”，即“在这里，学生能够被训练，学者可以被聚集起来授课和研究”，他认为“在文理科应当教授实用科学，但除此之外，还规定学生要接受医学方面的训练，而其他人则被选为神职人员，以获得神学学科的良好训练”。并且，福开森强调务真求实、学以致用，认为“实用科学的教学是必要的”，但同时“必须有实际的实验工作”。
这种人才培养方式与近代中国社会对实用型人才的需求不谋而合，使得汇文书院的毕业生广受社会各界的欢迎。
福开森认为开办教会学校对中国教育发展意义重大，因为中国的科学教育正是从教会学校开始的。他回忆称：“当1888年我开办时，全城除兵工厂有一所小小的方言学校之外，没有一个现代的学校。把这些科目，如地理、通史和初步科学去唤起民众的兴趣，是不容易的”
；“这个学校在那时候大家不但是不赞成的，而且是反对的。这是因为那时候是所谓真正八股文流行的时代，人人并不知道科学这东西，也不知道应该要学的”；“这个学校的创办，可说是先在南京教科学的，这时候，连科学的名词也没有，一般人还不知道科学是些什么东西。我们所讲的科学，一般的人，因为未曾听见过，都觉得难懂”。
然而，正如福开森所说：“在那时，中国近代教育正在未知的海洋里前行。幸运的是，我们清楚地认识到我们从哪里开始航行，也知道我们的目的地。”
在清末时期，尽管八股文仍然盛行，科学教育尚未普及，但近代化之风已经悄然兴起，以星火燎原之势迅速传播。在这样的历史发展趋势之下，汇文书院的西式教育特性，事实上与中国近代化、国际化的发展需求不谋而合，成为南京近代化发展的重要推动力量。福开森曾自豪地说：“科学研究室，如化学室，动物室，植物室等，也都是先由汇文书院在南京创办的”；“南京第一个化学实验室，第一班植物和动物课，第一次教授宇宙间的物理，却是在我办过的这个学校”，“各课都是我自己教授”，尽管“所教授的程度，没有如我意想中那么高”，但“这确是现在专门研究的预备工作”。
福开森坚信教育才是真正解决中国困境的良方，中国应当从培养领袖人才入手，继而教育民众。他说：“盖记者素反对外力之干预中国，以中国之事，应由中国自理之也。然而中国如何而后能自治乎。曰是在教育，必先教育领袖人才，由领袖人才，转而教育民众，此实最善而最速之法也”，“处今日形势之下，当使知识阶级与民众联络而提携之，使其知识增高，而后中国可治”。并且，对于时人“近年中国纷乱，多有归罪于教育者，以为使今日一班青年，未受新式教育，则中国今日之乱将无由起”的错误观念，他极力反驳，认为新式教育不是导致时局混乱的因素，反而教育覆盖的范围还不够大，他说：“以记者之见，教育实为中国今日之急务；记者对此四十年来之教育，无论其为官办或私办者，皆无所非议，惟尚嫌其范围过小耳。”
福开森认为科学与宗教、中国经典与宗教都是相互促进的，可以同时存在与发展。一方面，“科学不怕宗教，宗教也不怕科学”，“科学不过是对于人类及自然力量的世界的知识和研究。宗教是对我们在神佑之下生活、行动和存在的知识和研究”，“科学研究与宗教研究是相互促进的”。另一方面“中国经典不需要惧怕圣经，圣经也不需要惧怕中国经典”，“与希腊语、拉丁语的经典在我们故乡的好学校里一样，中国经典文化被同等地放置在课程中。随着对中国的认识，学校推出了一套新的中文教学体系，并成为第一个摒弃千篇一律的文体、提倡现代文体的学校”。
福开森坚信基督教教育有利于学生的培养和发展。他说：“在我们学校受了教育的人，在中国外交、商界、银行、教育界、医界和律师、牧师，以及其他各种行业得了好位置。我调查他们的事业，敢说没有一个因为受了基督教的教训吃了亏，那时他们在学校，宗教是必修科，同时我又看出，越照基督教教训做的人，越在社会上有能力。那时学校以宗教为必修科，就如同英美的大学一般。”
福开森强调教育应当符合中国社会的发展需求。他认为，在中国办教育，就应当因地制宜、因材施教，而不应完全模仿英美等国，也不应全国统一教材。一方面，“学堂所用教科书，必须合于用书之人，不当以一种读本作通国之用”。
另一方面，教育的目的是为了培养适合于国家现阶段发展的栋梁之才，因此，无论是在中国何地办学，均应考虑是否适用于当地的社会发展需求。他强调“为中国子弟所开学堂，不当使其为英国式、美国式，而当为中国式”，“养成中国子弟，须为中国做人着想，其教育之道，必须使其能与中国他处学堂出身之人，一般立身为人”，“其所办学堂，既为中国子弟而设，不应异于中国他处之学堂，而当设法使之成为中国最好之学堂”。
清末时期，中国社会正处于除旧革新的时代，不仅国人对于传统文化展开审视，福开森等关心中国的外籍人士也有相应的思考。
福开森反对八股文，认为八股文“只是些虚文”，坚信教育一定要从实用出发。“平常读的书，都是要实用，要实用就要使它普通，才可以能够普遍的，只要学习几次，人人都是可以学会的”。
福开森务实的教育理念得到了当时知识分子的广泛认同，有时论称：“在这一般人提倡读经的潮流里，我们要体认‘学贵致用’的要义。我们抗议回复八股式的读经，我们更反对一切开倒车的文化政策。”
福开森认为中国古代知识分子低调内敛、秘而不宣的做法不利于中国社会的进步，强调受教育者应当有志于服务国家和社会。他指出：“华人有学问者，恒秘不以示人，此于社会国家有何利益，今之学生宜痛改之陋习，必将所欲者，用国文发表之，审求学非为一已求快乐也，安可不公之于众。”他勉励青年学生们：“努力求学，为国家社会谋福利，中国非欲多添徒穿西服之青年也，余谓凡在校怠惰畏考试而闹风潮者，学校应不待其生变，早已开除之，愿诸君多自励，各贡其所学于社会。”
福开森批评中国“学而优则仕”的传统教育观念。他说：“中国教育之缺点，在无教育人才，一班之教育家之脑中，尚不能去‘为学即所以求官’之印象，致多参入政治，并教育之主要目的而失之。其甚者，竟谓教育之唯一目的，为灌输政治思想，此论误谬，记者深非之。”在福开森看来，“夫教育之真义，在启发人之智力，培养人之道德”，“无论其主办者为谁何，或为有宗教关系者，或为有政治关系者，皆不得忽此。不然者，则其学校之所以为学校也亦仅矣”。
福开森热爱中国古典文化，强调教育中应注重中国传统文化的传承。在他看来，尽管有些传统观念需要有所改变、与时俱进，但传统文化中的精髓应当在教育实践中传承下去，即使是外国人创办的学校，也应使学生们注意对传统文化的继承与发扬。福开森指出：“中国现在虽然有许多的新学问传出来了，也必不能把中国的一切老学问丢掉。”
并且，他认为学习传统文化与学习近代科学知识同样重要，主张“温故而知新”“建新存故”。
福开森曾感慨道：“昔日学生英文程度皆佳，有能任意用英文作文谈话者，然若令其改用中文，则转病不能，是失其为中华民国之国民而不自觉其耻孰甚。望今日之学生毋陷此辙。”并且，他认为白话文比起古文相差甚远，“每多怪僻语调”
，“其难于使人明白，尤较文字通顺之旧文为甚”
，劝青年学生多学文言文，“欲作佳丽之白话文，须先多读文言文以为根底”。
福开森对传统文化的热爱和推崇得到时人的赞叹，有时论称：“这位老朋友对于中国文化的爱护，实在使得我们感佩！”
尽管汇文书院的课程以西学为主，但福开森这一办学理念使汇文书院的教育自初创时起就避免了与中国社会文化产生根本性的隔阂和断裂。
汇文书院初创时期正处于中国社会从传统迈向现代的转折阶段，传统教育模式已无法满足中国社会在转型期对新式人才的渴求，汇文书院求真务实的科学教育模式为南京培养了大量优秀新式人才，推进了南京地区的社会发展和教育革新。
（二） 汇文书院的发展与演变
在1896年福开森受聘担任南洋公学（即上海交通大学前身）监院之后，汇文书院迎来了第二任院长师图尔（George A. Stuart）。师图尔1859年12月31日出生于美国马里兰州，在美国辛普森学院获得文科硕士学位，并在爱荷华大学进修了内科和外科，1895年在哈佛大学以“优等成绩”获得医学博士学位。
师图尔于1886年来到中国，1888年前往芜湖，创办了弋矶山医院。1896年，汇文书院设立医科，师图尔担任医科总教习，而后不久，福开森因受邀担任南洋公学的监院而辞去汇文书院院长职务，师图尔接任院长。
师图尔是汇文书院发展时期的重要人物，不同于开拓时期的披荆斩棘、乘风破浪，这一时期更需要稳健发展、全面谋划。师图尔长院期间，在其认真、高效的管理下，学校教育水平稳步提高，办学规模和质量不断发展壮大。“改良功课，添置仪器，增聘教习，扩充校址，广建校舍，创筑青年会堂”，校园被扩大到原来的两倍，基督教青年会的楼几乎全是由师图尔特别资助建成的。据统计，汇文书院创设之初，“学生仅数十人”。
而时至1906年，汇文书院加上中小学共有学生约200人。
在师图尔及其同仁的积极努力下，汇文书院“匪特冠绝东南，实侨居中国人士所组织教育事业而首屈一指者也”。
而在这一时期，汇文书院的办学思想也得到了进一步的发展，师图尔结合医学专业实践，从“医疗布道”开始，逐步将教育、医疗和传教相结合，使基督教传播与大学教育进一步融合。
1888年，师图尔在芜湖创办了弋矶山医院。在此期间，师图尔尝试开展了“医疗布道”实践。“在芜湖时，除了在患者中的常规福音工作之外，他每周有三个晚上都和助手们在圣经特别班。这项工作不仅在课堂上以讲课的方式开展，而且常常是个性化的沟通，特别是对那些似乎正在误入歧途的人。”
1896年师图尔到汇文书院之后，进一步将医疗、教学和传教工作相结合。“他曾经是芜湖区的长老，后来又是南京地区的长老”，几乎每个星期日都在布道。对他来说，“这项工作使他几乎和在学校授课一样愉快，因为这是另一种授课的机会”。
在师图尔看来，身体的健康与心灵的治愈同样重要。因此，他以精湛的医疗技术治疗病人的身体疾病，以科学教育充实人的心灵，再以宗教的精神抚慰帮助治愈受创的心灵，将医疗救助、培养人才与传教布道相结合，努力实现其生平的三大志愿——“救灵”、“浚智”和“医病”。正如同事威尔逊所说：“师图尔是一位虔诚的传教士，他将医疗工作的开展和传播基督福音结合在一起，他从不认为医疗工作本身就是目的，在他看来，随着身体的复原，人的思想、心灵和灵魂也应逐步康复。”
在虔诚的信仰之下，“他的所有服务都有基督精神的标志”，“即使当他肩负沉重的责任，他的活动也丝毫不限于教育工作”，“许多学生被他的宗教热情改变了”。
对于在华基督教学校的发展，师图尔曾于1909年在中国教育协会发表了题为《中国基督教学校与种族、民族运动关系》的演说，指出：“在道德和社会的限度内，个人自由是人类的最高特权”，“我们应该充分相信中华文明的勃勃生机和优秀之处，学习怎样更好地将中华文明注入基督教理想”，“基督教学校的工作就是发现和灌输真理”；为“使教会学校在中国保持自己的地位”，“应当有更好的设备，更大的力量，更优化的课程，最重要的是更好地适应中国的条件和发展目标”。
在师图尔看来，在中国传播基督教，就一定要适应和吸纳中华文明，在发展目标和定位上要与中国社会的需求相一致，这也正是汇文书院得以发展壮大的关键。
师图尔热爱教育事业，汇文书院给予他施展才华、实现“浚智”志愿的机会，他也将毕生精力倾注于汇文书院。师图尔长校期间，“以超出常人的努力”，“提高了办学声望，调整了课程体系，提升了教育水平，使汇文书院在南京教育机构中占据领先地位”。
其中，最突出的贡献就是有力推动了汇文书院的医学教育。
南京最早的西医出现于1893年马林创建的基督医院，而后1894年比必（Robert Case Beebe）创办了金陵医院。1896年师图尔进入汇文书院，担任医科总教习，将基督医院和金陵医院“集二君门子于一炉而铸之”，创建了医道馆，“直辖于美以美会董事部”，对汇文书院的医学发展起到了极大的推动作用。
1908年师图尔辞去院长职务，在上海继续翻译和研究医学著作，不仅花费大量时间为医学协会翻译、修改书籍和资料，并承担了美以美会教堂的图书和总编辑工作。
在其译著中，“最著者如柏雷克利之《圣经研究》《美以美会教会例文》《贫血病与组织学形态学及血液化学之特别关系》《解剖学名词表》《医科学生之习练法》，皆风行一时。尤以译《本草纲目》为英文，为世之所珍”。
（三）合并组建金陵大学
1908年，因并校观点分歧，师图尔辞去院长职务，由包文（Arthur John Bowen）继任院长。包文于1873年1月12日出生于美国伊利诺伊州，后在诺克斯学院（Knox Academy）文学系就读，1897年毕业于美国西北大学（Northwestern University），获法学博士学位。1897年8月来华，在南京从事教会教育工作。1908年接任汇文书院院长职务。
包文是一位虔诚的基督徒，也是一名出色的教育家和管理者，他将基督教理念进一步融入办学实践之中，在办学规模扩张、大学精神彰显的同时，基督教传播也得到了实质性的发展。
时至20世纪初期，随着中国教会大学的发展，以及中国本土新式学校雨后春笋般的发展势头，教会大学并校的呼声越来越高。部分教会教育人士认为分散办学不利于教会学校在华发展，应当改变分散局面，将办学资源集中起来，着力提升中国教会教育的办学质量和核心竞争力。卜舫济（Francis Lister Hawks Pott）、美在中（Frank. E. Meigs）等人为支持派，狄考文（Calvin Wilson Mateer）、师图尔等人为反对派。
基督书院院长美在中倡导基督、益智和汇文三书院合并办学，认为“孤往则精力分而收效浅，共作则菁华聚而成功多，且祖国教会醵金委办教育事业，当化畛域而屈群策，以最少经费谋最大功效”。在其积极努力之下，1906年，基督书院和益智书院合并成立了宏育书院（The Union Christian College）。而后，美在中进一步致力于宏育和汇文两书院的合并事宜，“屡言于美以美会诸要人，得其同意”。然而师图尔坚决反对，认为并校思想不够成熟，不适合当前中国社会的发展需求。因此，合并之事一拖再拖，对于合并办法“彼此初甚龃龉”。
1908年，师图尔辞职前往上海，由包文继任院长。包文是并校观点的支持派，认为并校政策既有利于基督教学校的生存和发展，也符合教育的发展规律和南京当地的社会需求。他说：“中国之困亟矣，非以教育新民智不足以自振救，而教育之宗旨宜纯正，规模宜远大，组织设备宜健全完美，然后始可以言得人才为社会用，今南京一隅设三校，其政不相谋，课程多重复，且为经费限不得备其设施，势必至于因循苟且，徒劳而无功，吾不知其何益于中国，其亦大背吾人办学之旨矣。”
在包文、美在中等人的积极努力下，1910年宏育书院并入汇文书院，成立了金陵大学堂（后于1915年更名为金陵大学校），包文为校长，文怀恩（ J. E. Williams,原益智书院院长）为副校长，美在中为大学圣经部主任兼附设中学校长。大学部设在原汇文书院校址，中学部设在原宏育书院校址，小学部设在原益智书院校址。并于鼓楼西坡，建筑大规模校舍。1916年秋季落成一部分，即将大学迁入，干河沿旧址为附属中学校舍。1921年“大学校舍，始告竣工，计基地面积2340亩，高楼峥嵘，气象洪阔，与鼓楼巍然并峙城中，为南京最大之建筑”。
时人赞曰：“当时总有人谈论在中国联合办学的设想，而包文则在他人谈论的时候已经将之付诸实践。”
并校给金大带来了新的发展机遇，也带来了挑战与困境。合并成立的金陵大学，起初面临的是一个经济窘困、人员匮乏的局面，“课室宿舍仪器图书简陋缺乏不可用，制度规章皆无有，教授少不能备课程，而经济窘困，人或以为忧”。幸而包文校长对金陵大学的发展有着清晰完备的规划，做出以下几项重要举措：
首先，注重学校基础建设。考虑学校的长远发展，包文大力兴建校舍、充实课程、购置图书仪器，提倡“研究之风气”。
校方的悉心规划和倾力建设使金大的发展极为迅速，巨资建设的化学、物理、生物等试验室及完善的科学设备“就是较之国内各大学，与普通之美国大学，有过之无不及”。
第二，募集充足的办学资金。包文曾亲自回国募捐3次，派员募捐5次。在其任期内，金大资产总额大幅增长。1912年金大全部产业“计有银币二十五万元”，时至1922年“已足增至一百二十万元”，除此之外“还有特别允诺捐助的和另有两部所供给的十四万美金”，校产“几乎每年增加十余万”。
第三，重视师资力量建设。包文校长上任后，针对“教会派遣教授，其学术程度高下至不齐”的问题，“请于托事部，组织聘任委员会，以审查教授之资历，由是文理农医专家之来者日多，学生之程度亦益进”。
并且，包文将马林医院发展成为大学医院（即鼓楼医院），便于医学的学生实习，培养了茅拔、杜毓峰、张维新等多名知名医师，进一步充实了南京的西医力量。鼓楼医院的建筑及设备都是“当时最新式而颇完善的”，所聘教授均是著名医学人士，如：寄生虫学专家 Dr. H. S. Houghton、心脏病专家 Dr. Brown、腹部外科专家 Dr. Hiltner、眼科专家 Dr. Butehert、黑热病专家 Dr. S. Cochran、外科专家 Dr. P. S. Evans、儿科专家 Dr. Beebe、药理学专家 Dr. W. E. Macklin等，“一时人才之盛，国内任何医学校都比拟不上，程度之高，也超乎当时一切的医学校”。
高水平的师资力量为金大的教育发展和科研进步奠定了重要基础。
第四，办学水平获得国际认可。金大成立时，“中国教育行政机关尚未有大学授予学位的规定，而私立大学之立案尤无明文可遵”。
“为求毕业生留学方便，需要国际通行之证书起见”，在包文校长的努力下，“毕业生留学成绩极佳”的金大得到了美国纽约州立大学的认可，“颁赠毕业学位之永久认可（Absolute chartct）公文一件，此后无需介绍手续，即可由本校直接授予国际认可之证书或学位，按美邦哥伦比亚及康乃尔两大学，亦曾取得该大学院区此项永久认可公文”。
此举使金陵大学进一步提升了国际办学声誉。
包文校长“终身以服务教育为职志”
，性格“稳健、诚笃和优容”，“笃实纯粹持重有毅力”，“勇于任事，尤其卓识远见，凡事先立大计于胸中，规定其步骤，计虑周详，巨细无所遗，及计划定，即施行，无犹豫顾忌，虽遇挫阻不沮丧，终奋勉尽力以底于成功而后已”。
在包文校长及其同仁的共同努力之下，通过募集资金、发展学科、增聘师资、提升国际声誉、购买图书仪器等，金陵大学很快成为当时在全国首屈一指的近代化基督教大学，“文理农林诸科系，次第设立，校产设备，随时建置，毕业校友，服务社会或游学欧美，皆能斐然有成”。
据统计，1912年至1922年，金大在校学生数从56人发展为300人，华人教员从20人发展为64人，美籍教员从17人发展为30人，校园占地从15亩增至140亩，房产亦大幅增加，藏书从2000本增至17430本（另有小册13450册），财产总额增数为380%，年度支出从37300元银币涨至378390元银币，学科从原来只有文科，演变成为文理农林医并进的综合性大学，并设有预科、官话学堂、医院等，“其设备之完善，实为中国有数的”。
包文校长是一位能干、务实的领导者，也是一名虔诚的基督徒。在其任期内，包文将基督教理念进一步落到实处，将基督教服务与奉献的精神融入学校教育和社会实践之中。通过开展社会服务的方式，不仅在学生和社会民众中广泛传播了基督教思想，同时也扩大了金陵大学的社会影响力。
在包文看来，教会大学的创办目的就是“对中国年轻人的教育和启迪”，使学生们“知道什么是真正的研究”，并且“以后有可能探索到更深层次、更好的东西”，同时学会感恩、服务与奉献。
他指出，学生在走入社会之前，“一直在接受、接纳”，“一直受到保护、庇护和帮助”，“一直为自己而活”，而毕业进入社会之后，就应当“保护、庇护和帮助他人”，“要开始为他人而活”，而这才是“真实生活的开始”，这就是学生多年学习的目的以及“为之准备的一切”。
包文强调：“工作重点是要把我们自己更进一步地同大众的生活联系在一起，例如我们所见到的农林科实验活动的大规模发展，如果我们能遵照我们工作的座右铭去做，我们对社会的贡献将是无穷的。如果我们能向社会和全体民众提供真诚的服务，我们的未来是光明的。我们关心的问题永远是：我们怎样以积极的服务方式去接触民众的生活。作为教员个人，在这个问题上，应当奉献，而非索取；作为教义的原则，我们生存着应当给予，而非得到；在个人的生活工作及大学的合作中，我们越是将这种精神贯彻到我们的实践之中，我们也就越彻底地为这个时代服务着，也就愈加深入地在人们中间宣扬了天国。”
与福开森、师图尔一样，包文也十分推崇中国传统文化，重视学生的传统文化教育。汇文书院及后来金陵大学的毕业生“服务于全国，皆得令誉，政府长史缙绅先生莫不交口称道”，尤其“著于英文”。包文认为英语只是工具，金大的毕业生不能只擅长英文，国学同样要加以研习，因此特设立国文必修课，鼓励学生们阅读国学文献。他说：“金陵之所造就者专门人才也，英语不过其工具耳，后数稔当知之，然不可不一新国人耳目，使知非偏重英文也，乃筹设国文系，继又成立国文专修科，益增国文必修课，大购国学典籍。”
他曾在1916届金陵大学毕业典礼上，对学生们强调称：“时下，中国的年轻人倾向于轻视对中国历史、文学的学习，而更加过分强调对英语和西方科学的学习。我们重视这个礼物（毕业生赠送给学校的一套二十四史），不仅是因为书籍的本身价值，更是要强调学习中国文化的重要性。”
包文一直认为“中国是中国人的”，其志向在于“为中国兴教育”。自金陵大学成立之初，包文就开始聘任中国学者任教职。正是在包文校长这一办学理念的推动下，时至1925年，金陵大学文理科与农林科的科长均为中国人，中国籍校董数量居其半，其余教职员工亦过半。
1927年3月24日“南京事件”发生后，外籍教员纷纷撤离南京，校长包文指定了一个由过探先、陈裕光、刘国钧、刘靖夫等中国籍教员组成的临时管理委员会，帮助金陵大学度过了一段艰难时期。而后，1927年8月24日，包文校长正式向金陵大学议事部提交了辞职报告，进一步推进了金陵大学华人长校的历史进程。包文在辞职报告中指出：“目前不仅是中国政府规定私立学校的校长必须为中国人，而是基督教和非基督教的民众中普遍有一种要求更换为中国人领导的情绪。其实我、文怀恩副校长以及其他学校管理人士一直期望能够将大学的管理权交到中国人手中，如今正是移交的时机。”
最终，在1927年11月9日至11日的金陵大学第26届理事会议上，决议由出身金大、曾担任文理科科长的陈裕光接任金陵大学校长之职。推举陈裕光的提名得到了原校长包文在内的金陵大学全体中外籍教职员工、校友、教会等一致的支持。
正如司徒雷登所说，包文“一再竭力主张中国教育应由中国人办，宁案发生，夙愿得偿”。
19世纪末20世纪初，中国社会处于急剧变革时期，“在社会风俗、政治结构、文化价值、教育体制以及经济组织等方面都发生了深刻的变化”。
其中，金陵大学的前身汇文书院等中国教会大学也参与并推动了这一历史进程，在打破传统、社会转型等方面起到了一定的作用。与此同时，各教会大学也经历了自身本土化的调适过程，其近代化的教育内容既迎合了中国社会转型期对新式大学教育的渴求，也在教育发展过程中，逐步形成了基督教传播与近代大学精神相融合的办学理念。
在汇文书院初创时期，福开森秉持“建设一所基督教影响下的好大学，而不是宗教机构”的思想，为汇文书院的发展奠定了基础。继任院长师图尔则结合自身丰富的医学知识和教学实践，探索出了“医疗布道”的方式，逐步将传教、教育、救病结合起来，以实现其“救灵”“浚智”“医病”三大志愿。第三任院长包文则通过合并成立金陵大学，使学校的教育规模与质量达到了新的高度，在凸显大学精神的同时，将基督教理念与大学教育实践相结合，使基督教理念进一步融入大学教育之中，形成了金陵大学独特的办学传统和校园文化氛围。
然而，西方教会的财政支持是与组织管理权相对应的，金陵大学及其前身汇文书院与其他教会大学一样，在大学精神的独立性方面具有一定的局限性。但值得注意的是，尽管西方基督教与中国传统文化是两种完全异质的文化，但汇文书院的三任外籍院长均表现出对中国传统文化的欣赏和推崇。福开森耗费大量资金和精力收藏中国文物，进行深入研究并著书立作；师图尔热衷于翻译《本草纲目》等中国医学书籍，有力推进了中西医学文化交流；包文不仅推崇中国传统文化，更主张华人治校，为管理权向华人转移做好了准备。蔡元培先生曾说：“思想自由之通则，而大学之所以为大也。”
汇文书院这种对中国传统文化的包容、不排斥的态度，正是其基督教传播工作能够在中国大地上得以发展并与大学教育相融合的重要前提条件，也在一定程度上体现了汇文书院校园内包容并蓄、自由开放的大学精神，为金陵大学进一步发展壮大奠定了基础。
19世纪末20世纪初，伴随着坚船利炮和不平等条约，西方传教群体陆续进入中国，凭借外国特权身份，在中国创办各类教会学校。这一时期，中国政府尚未有对外国人所办学校进行管理的规划，教会大学亦普遍没有向中国政府报备的自觉。有些西方人士甚至认为：“要牺牲任何我们所拥有的自由则是愚蠢的。我们可以让政府对这些学校施以积极控制的时代还远未到来。”
金陵大学在办学之初仅在美国纽约州立案，校长及学校主要管理人员均为外国人，办学活动不受中国政府的管辖。
对于外国人在华办学，起初清政府持既不鼓励也不反对的模糊态度。1906年清政府学部称：“一国有一国之国民，即一国有一国之教育；匪惟民情国俗各有不同，即教育宗旨亦实有不能强同之处。……至外国人在内地设立学堂，奏定章程并无允许之文；除已设各学堂暂听设立，无庸立案外，嗣后如有外国人呈请在内地开设学堂者，亦均无庸立案，所有学生，概不给予奖励。”清末时期，随着国门被打开，西学东渐之风渐入，中国逐步认识到“教育为富强之基”，应“振兴学务，各省地方筹建学堂”，于是各地开始陆续兴办学堂。
此时，清政府尚未有对教会学校进行管理的举措。
北京政府时期，国家对私立大学逐步开展了规范性管理。1912年10月24日，教育部颁布《大学令》，其中第21条规定“私人或私法人亦得设立大学”，正式认可了创办私立大学的合法性。
1913年1月16日，教育部颁布《私立大学规程》，指出私人或私法人设立大学应将办学目的、名称、位置、学则、学生定额、地基房舍之所有者及其平面图、经费及维持之方法、开校年月等“呈请教育总长认可”，对私立大学的内部管理结构、学科设置等均未作特别要求。
1913年1月23日，教育部颁布《私立大学立案办法》，指出：“大学令、大学规程、私立大学规程业经公布施行，所有私立大学前经呈请到部准予暂行立案者，亟应遵照新颁部令规程，切实办理，自布告之日起，限三个月以内遵照私立大学规程，另行报部备查，俟呈报到部届满一年，由部派员视察，如果成绩良好，准予正式立案，以昭慎重。”
尽管出台了一系列管理规定，但此时政府对私立大学的实际管制和约束力仍然很弱。并且，严格说来，教会大学也不能算是“私立大学”，当时在各类教育统计中，教会大学往往属于单列的“外人设立学校”类别。
1917年5月12日，教育部第8号布告首次对外国人创办学校予以认可，指出：对于“京师及各省区中外人士创设私立各种学校往往有学科程度较中学为高，而学校之名称及科目与大学校令第三条或专门学校令第二条未能尽符，然其实力经营亦有未便湮没者”，“此项学校办理确有成绩者，经本部派员视察后得认为大学同等学校或专门学校同等学校”，且“经本部认定后，该校毕业生得视其成绩，予以相当之待遇”。
但教会学校的宗教属性终究不可回避，对宗教的不同认识很快成为政府与教会学校之间难以调和的矛盾。1919年3月26日教育部布告指出：“查外国人在内地所设立之专门以上学校，虽学科编制不无歧异，本部为广育人才起见，深翼其毕业学生得与公私立各校毕业生受同等之待遇，兹特订定办法。凡外国人在内地所设之专门以上学校，不以传布宗教为目的，且不列宗教科目者，准其援照私立专门学校规程或私立大学规程及专门以上同等学校待遇法，呈请本部查核办理。”
然而，作为传教事业的重要载体，教会学校无法“不以传布宗教为目的”。此项政策颁布后，教会学校被纳入中国教育管理体系的步伐再次停滞。
随着北京政府对社会管控力的逐步增强，对外国人所办学校进行管理之事再次被推上日程。1920年11月16日，教育部第11号布告指出：“查近年以来，外国人士在各地设立专门以上之学校者，所在多有，其热心教育，殊堪嘉许。惟是等学校，大半未经报部认可，程度既形参差，编制时复歧异，以致毕业学生，不得与各公立私立专门学校毕业学生受同等之待遇，滋足惜焉。兹为整理教育，奖励人才起见，特定外国人之在国内设立高等以上学校者，许其援照大学令、专门学校令，以及大学专门学校各项规程办法，呈请本部查核办理，以泯畛域，而期一致。”
而此时，教会方面处于一种矛盾的状态，既希望将教会教育融入中国教育体制之中，“使其毕业生享有完全之国民权利，从而顺利地进入仕途，扩大教会的影响”，但又坚持必须发展宗教教育、维持学校的宗教特性，“不愿轻易放弃不平等条约所赋予的特权”，因而很多传教士虽然在理论上支持教会学校向政府立案注册，但在实际操作层面却顾虑重重、止步不前，甚至“相当部分差会是消极等待或反对注册”。
对于金陵大学而言，并校之后经历了十年稳定的发展期，已然成为一所颇具规模的近代化大学。此时，若想获得更多的发展资源和支持力量，就必须寻求政府与社会更广泛的认同。因此，在该布告颁布之后，金陵大学即向教育部申请注册立案。
1921年2月，教育部派员视察金陵大学，认为农科“成绩既有可观，办法亦属得宜，应许暂准备案”，而文科和林科“内容既未充实，办法亦欠妥善，应由该校添聘硕学为各科教员，于组织、功课两方面皆力加整顿，至科目完备，符合大学程度时，再行呈部核办”，并且“预科本科有必修之宗教科目，亦应改为选科，以符部议”。
1921年8月，金大农科正式得到教育部核准立案。
对于此次申请立案的结果，金大方面不甚满意，10月13日，校长包文在理事会上通报此事，并表示当初申请立案时并不知晓宗教科目须改为选修，既然教育部提出此等要求，金大今后将不再考虑注册立案。
于是，此后很长一段时间里金大都处于这种“部分立案”的特殊状态，教育部对金大也未有实质性的管辖。可以说，此次立案对金大办学发展并未有实质上的影响。但这一事件反映了金陵大学对其基督教办学特性的坚持，体现了该时期宗教教育发展与中国社会认同之间难以调和的矛盾，在此后的发展历程中，宗教性质的问题始终深刻影响着金陵大学的办学之路。