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全面抗战时期，国民政府整修的西南国际公路主要有自长沙经衡阳至九龙的湘粤港公路、自衡阳经南宁至镇南关的湘桂公路，以及滇缅公路和中印公路。
此外，还包括河岳公路、滇越公路、垒畹公路等。
至于国际航线，在太平洋战争爆发前，开设有重庆至河内、重庆至仰光、昆明至香港等国际航线；太平洋战争爆发以后，新开辟了加尔各答至重庆、汀江至昆明的中印航线，1944年又增辟了汀江至叙府和汀江至泸州线。
在铁路建设方面，由于客观因素的制约，国民政府和社会各界普遍关注的滇缅铁路半途而废，仅完成了昆明至安宁段。总体而言，全面抗战时期西南国际交通建设发生于特定的时间和特定的地区，具有明显的战时特征。
在全面抗战时期的西南国际公路建设中，滇缅公路和中印公路是两条最重要的公路，工程十分艰巨，对中国抗战和经济产生了重要影响。
滇缅公路滇段自昆明至畹町，全长959公里，于1938年1月开始动工，到1938年8月31日建成通车。全程分6段，即关漾段（下关至漾濞）、漾云段（漾濞至云龙）、云保段（云龙至保山）、保龙段（保山至龙陵）、龙潞段（龙陵至潞西）和潞畹段（潞西至畹町）。由于经过的地段“沿途多高山峻岭，西段多风化石，土质松软，极易坍塌”，加上“云南西部气候特殊，每年五月至十月为雨季，素有瘴气，人烟稀少，招雇工人不易”，修筑极为困难。
为完成滇缅公路工程，云南地方政府动用了巨大的人力物力，每天参加6段工程工作的民工约14万人。由于工程艰巨，死亡民工不少于两三千人。
1938年1月至9月，施工队共计修建完成土方163万立方、石方110万立方，修建了永久式的18米洱河桥、半永久式的50米漾河桥、30米胜备桥、功果桥和惠通桥，还另外修建小桥418座，开凿大小涵洞522个。为修建滇缅公路，国民政府补助修路费320万元国币。
公路的修筑也引起了国际社会的关注。英国《泰晤士报》特派记者自汉口报道，“工人们被安置在简陋的草棚里，在许多路段日复一日地工作。他们或衣衫褴褛或整齐，或畸形或呆滞，或兴高采烈或面无表情。他们沿着红色的路堑，在山间修建他们很少见过的供车辆通行的公路”
。正是由于广大云南民众的艰苦工作，滇缅公路才得以竣工。
除滇缅公路外，全面抗战后期国民政府修建了中印公路。1941年12月太平洋战争爆发以后，中印公路的修建提上议事日程。1942年12月10日，中印公路破土动工，1945年1月建成通车，途经列多、密支那、畹町、保山和昆明，全长2300多公里。
中印公路虽在滇缅公路基础上延长至印度列多，但工程同样十分艰巨。1942年12月10日，中印公路在列多破土动工，参加筑路的是美国工程兵先头部队和中国工兵第十团。由于公路经过地区为原始森林，而且常有日军出没，工程进展缓慢。1943年，中美双方投入了更大的工程兵力量，美国工兵第四十五团、第三三〇二团和第四八九二二航空工程营，中国工兵第十团、第十二团等部队，印度、尼泊尔和中国西藏部分劳工都加入筑路队伍，总人数达7000多人，美国方面甚至调来了大批筑路机械。
经过艰苦施工，12月17日，中印公路越过艰险的巴塔基山，到达胡康河谷（Hukawng Valley）的重要集镇新平洋，完成了中印公路最困难的一段，随后向密支那推进。1944年中美联军胜利收复密支那，中印公路也胜利通车到此地。后来，为配合滇西国军反攻日军，国民政府决定首先抢修中印公路的保山至密支那段。滇缅公路工务局奉命于1944年7月10日在保山成立保密公路第一工程处，负责保密公路国内段的勘测和修筑。11月中旬，保密公路进入了全线施工的高潮，先后有2万人参与到抢修公路的战斗中，1945年1月中印公路终于通车。
中印公路的施工十分艰难，仅列多至密支那段共修建桥梁170座。桥梁长约3万英尺
，沟渠长约4万英尺，开辟出100英尺宽的道路便有150英里长，被砍伐的树木达到600万株。
整个中印公路途经10条大河、155条小溪，平均每1500米架一座桥，沿路的沟渠连接起来全长52.5公里，相当于全路长度的1/4。
中印公路工程浩大，花费了巨额资金，其中列多至密支那段每500米花费1600美元，保山至密支那段约合国币560万元，折合1万美元。全路共花费了国币25亿元，创造了国内各线公路筑路费的最高纪录。
史迪威（Joseph Stilwell）在修通中印公路之际发表广播演说称，中印公路的修建十分艰难，“过去或现在，仍在丛林恶劣气候昆虫疾疫及泥泞各种情况下工作人员，除非吾人亲历其境，其生活痛苦，实难令人置信。但渠等仍继续工作，并深知此一公路将运输必要之供应品至中国，俾能击溃日本。盟国对于中国、英国、南非、喀□那加缅甸、印度及美国参加此一艰苦工作之人员应有荣焉”
。
除了修建滇缅公路、中印公路，大后方还修建了其他国际公路，主要有河岳公路、滇越公路等。河岳公路自黔桂路之车河起，经高峰、三旺、东兰、三石、凤凰、万岗、田阳、祥州、平马、作登、足荣、天保、都安、靖西至岳墟止，全长487公里，为主要的中越国际路线。1938年10月广州沦陷后，从黄沙河至镇南关到越南的公路便成为中国对外联络的重要通道之一，但其中的南段（邕宁至镇南关）接近沿海，容易受到日军的攻击，为此国民政府决定增建中越国际运输的新线，以备急需，于是修建河岳公路被提上议事日程。河岳公路工程分平马至岳墟、车河至平马、高峰至田州3段修建。其中，平马至岳墟段长171公里，早在1927年和1928年间便由天保和平马两县集资施工，但因工程艰巨、资金困难而停工。1937年1月，该路段由广西省（今广西壮族自治区）政府拨款继续修建，于1937年12月完成，但路况很差。车河至平马段长316公里，其中除早已建成的车厂路共线14公里和邕色路共线30公里外，其余都需新建。高峰至田州段长272公里，全为新线。这段路线需要翻越香河坳等5座山岭，工程量较大。1939年初，国民政府拨款交广西省政府，征调民工108000余人，于1月加宽平岳段路基和铺筑路面。随后，高峰至田州段于1939年4月兴筑。1940年2月，平岳段竣工，高田段边通车边修建，于1939年11月竣工。但完成的路基纵坡有17%，桥面狭窄，有待改进。
滇越公路自昆明至河口，长502公里。由于滇越铁路超载运转，而且不断遭日机轰炸，为适应军运需要，1939年12月，云南公路局动工兴建蒙自至河口段，长约185公里。1940年4月，云南省公路局任命吴融清担任滇越公路工程处处长，工程处下设6个总段，26个分段。但蒙自至河口段由于经过地区气候炎热，疾病流行，工程进展缓慢。太平洋战争爆发后不久，由于筑路材料短缺，1942年7月工程停工，滇越公路的修建半途而废。
战时中缅国际交通线，除了建成滇缅公路，国民政府还积极筹建自昆明至缅甸滚弄的滇缅铁路。如前所述，早在清末，英国政府就试图修建从缅甸到达中国云南的铁路，但由于清政府的抵制及绅商的强硬立场，英国未能获得滇缅铁路的修筑权。1937年前，滇缅铁路的修建并未付诸实施。1937年全面抗战爆发以后，随着中国东部沿海地区的沦陷，加强西南大后方的对外联系更加重要，修建滇缅铁路便提上议事日程。日本也意识到中国修建滇缅铁路的重要性，他们认为滇缅铁路的运费比滇缅公路的运费低，若建成，将大大降低欧洲货物运往中国的运费，缩短路程。
从1938年冬季开始至次年春季，国民政府进行了路线勘测工作，完全采用1898年英国人台维斯（M.R. Davis）提出的路线，将全线分两段。第一段自昆明经安宁、禄丰、一平浪、广通、楚雄、镇南、姚安、云南驿到达清华洞，长244英里，与滇缅公路并行。另一段从清华洞起折南经弥渡、南涧、鸡笼、公郎抵达澜沧江，再向西经云县、头道水、孟赖、孟涧至滚弄，全长248英里。1938年12月25日起，施工队分段兴工，修建轨距为1米的狭轨铁路，以便与越南、缅甸之轨道衔接。东段工程中昆明至禄丰间土方已大致完成，到1940年年底完工。西段工程进行缓慢，材料经费及人工十分缺乏。由于筑路经费紧张，东段经费每月由400万元减低至250万元，工程依旧进行；西段则每月发给30万元，仅维持少数员工生活。1940年6月，由于滇越铁路国际运输中断，滇缅铁路停工待命。1941年3月，国民政府决定继续赶修。
1941年5月，美国政府同意根据《租借法案》，给予中国1500万美元的滇缅铁路材料借款。为解决修建滇缅铁路的路轨问题，1941年5月，蒋介石饬令云南省政府主席龙云，要求“将滇越线芷村至西洱一段，铁路移装于滇缅线长坡至一平浪之间”，“同时将石屏至个旧与碧色寨之个碧石铁路全部拆装于滇越线芷村至西洱一段，补足原来铁路线”。
1941年美国顾问贝克（John E. Baker）就移用滇越铁路一段路轨铺设滇缅铁路以及拆除个碧石铁路问题提出了三点具体的建议：第一，个碧石铁路临安至石屏段40公里，应于6月拆除，铺于滇越铁路芷村至大庄段，并将芷村至大庄之钢轨移铺于滇缅线长坡至六裱段；第二，鸡街至个旧段33公里，于7月内拆除，移铺于大庄至开远，并将拆下之钢轨向滇缅路展筑；第三，9月将碧色寨至临安钢轨移铺开远至西洱，并将拆下钢轨展筑滇缅至一平浪及叙昆线曲靖至沾益段。
在修建滇缅铁路的过程中，需要拆除个碧石铁轨，为得到个碧石铁路公司的支持，1941年6月9日，云南省建设厅密电个碧石铁路公司，令其速派负责代表到昆明商办，并电饬个旧县长董广布就近催促。6月20日，该公司派代表周启斋、沈松亭、何茂源、杜遐龄及工程师吴澄远5人赴省建设厅报到。省建设厅于6月20日上午9时及下午3时，先后举办咨询会议。各位代表人等对拆除个碧石全路路轨，并移铺滇越线芷村至西洱段一事均表示接受。不过，代表们也担心拆除个碧石铁路以后，个旧锡业发展将大受影响，且个碧石铁路路轨陈旧，恐难以如数使用，因此他们提出两点顾虑：一是个碧石铁路所用铁轨配件和枕木使用多年，拆除以后用途有限；二是拆除铁路后，个旧锡业将受严重影响。为减少拆除个碧石铁路给个旧锡业带来的不利影响，代表们又提出四项建议：一是个碧石铁路建筑情形极为复杂，最好不拆；二是若政府认为必须拆除全部铁路，为国家及军事前途着想，代表等绝不敢妄有异议；三是在决定拆除全路前，政府应指派特别经验专家，权衡利弊；四是若确定拆卸全路，涉及地方及公司权益问题，再由公司及地方民众陈述意见。
云南省建设厅召集个碧石铁路公司代表开会商讨拆除个碧石铁路路轨的具体事宜，得到了代表们的支持，这配合了滇缅铁路的修建。
修建滇缅铁路除了筑路材料问题短缺，还面临种种问题，如前所述，还包括路线如何选择。最终，国民政府决定先赶修南段祥云至滚弄段470公里工程，将这段分为3个施工段，征用20万民工，同时动工修建。1941年12月太平洋战争爆发后，铁路材料来源受阻，尤其是1942年3月日军攻陷仰光，中国存放在仰光的130多公里轨料被日军夺走，筑路材料供应切断。同年4月，铁路停修。因此，滇缅铁路仅完成昆明至安宁段，仅有36公里路程。1944年，因修建沾益机场需要，拆除了石嘴至安宁段路轨，并用其铺设了曲靖至沾益段铁路。最后，滇缅铁路只有昆明至石嘴段建成通车，长度仅为14公里。
除了筹划修建滇缅铁路，国民政府在抗战初期还计划修建新的中越铁路，即筹划修建南宁到镇南关的南镇铁路。据兵工署研究专门委员陈修和回忆，全面抗战爆发后，军政部兵工署长俞大维急电陈修和回南京，并要求他前往越南视察中越交通情形，1个月后汇报情况。于是陈修和飞赴越南河内，调查海防港口和越北铁路、公路的设备情况及运输能力，随后到南宁与广西当局商谈运输问题和改善水陆交通办法。通过这次短期的调查，陈修和建议从同登修建一条约50公里的铁路支线到龙州，再将龙州以下的各河流加以整理，使小轮和木船能终年通航，大件器材可以经越桂铁路运入，再通过水运转到内地；同时需改善现有公路，加强水陆交通联系，扩大运输能力。陈的建议被批准后，国民政府限令交通部于6个月内建成龙州到同登铁路，同时赶工广西的公路和航路。1938年4月，中法建筑公司成立，在谅山设立工程处，但工程进展缓慢，直到1939年11月才筑成通到左江岸边崇善约100公里的窄轨路基。但铺轨尚未完成，日军已从钦州登陆，侵入南宁，因而铁路又不得不被拆除。这条铁路从批准到兴建，前后经历2年多的时间，但最终未能用于军事运输。
中美联合开辟的驼峰航线是全面抗战后期大后方最重要的对外空中通道，对中国抗战和大后方经济社会产生了重要影响。驼峰航线是指在1942年4月，为运送美国援华物资，由中国航空公司和美国空军第十航空队（后为美国空运印中联队）开辟的一条从印度阿萨姆邦的汀江到中国云南昆明和四川叙府以及泸县之间的航空线。驼峰航线飞越喜马拉雅山脉和横断山脉之间绵延起伏的高山深谷，因其酷似骆驼的肉峰，故名驼峰航线。驼峰航线主要有两条，一条由汀江到叙府，另一条由汀江到昆明。汀江到昆明是主要航线，又有北线和南线之分。北线从汀江经葡萄、丽江、云南驿到昆明，航程长816公里，最低安全飞行高度4.6公里至6公里；南线从汀江经新平洋、密支那、保山、楚雄到昆明，航程约880公里，最低安全飞行高度约4.2公里。
全面抗战爆发后，日军陆续占领了中国的华北、华东、华南地区，但中国仍然有四条对外交通线与外界沟通，即香港与内地线、西北与苏联之间的西北路线、越南海防与中国昆明之间的印支通道和连接缅甸仰光、腊戍、中国昆明的滇缅路线。1941年12月，太平洋战争爆发后，日军迅速占领了香港、东南亚地区，中国与外界沟通的印支通道、滇缅公路以及香港与内地路线相继被日军封锁，中国与外界的沟通几乎被隔绝，这给中国的抗战带来了巨大的困难。这时美国正式对日宣战，中国成为美国的盟友，美国总统罗斯福发表了著名的“炉边谈话”，明确表示支持中国的抗日战争，但如何帮助困境中的中国运入援华物资成为中美两国关心的头等大事。
1942年2月，日本封锁仰光海上物资通道之后，国民政府开始寻找另一条替代滇缅公路的运输线。珍珠港事件后不久，日军击沉了英国的“反击号”巡洋舰和“威尔士亲王号”战列舰，但日本海军因为忙于西南太平洋的其他任务，并没有进一步向西深入阿拉伯海，这就意味着援华物资可以在巴基斯坦的卡拉奇上岸，再由火车运至印度东北角的萨地亚，再装上军用DC-3双引擎运输机飞越起伏的群山，运送到缅甸北部密支那机场。援华物资在密支那卸下飞机，再装上驳船，沿河而下100英里至八莫，其后卸下来又装上卡车，最后沿滇缅公路运至昆明。1942年5月，日军先头部队攻占密支那后，这个设想也就被彻底抛弃了。然而，也正是在这个方案中，采用航空运输方式向中国运送物资的设想首次被正式提出，且来自罗斯福总统的一道命令。1941年12月23日，盟国联合参谋长团第一次会议在白宫召开。在这次会议上，罗斯福重申必须向中国人提供援助，以“使其继续抗战”。时任美国陆军航空兵司令的亨利·哈里·阿诺德（Henry Harley Arnold）后来在记录中写道：“总统同意我的意见，我们必须在中国建立（对日本实施打击的）轰炸机和运输机空军基地，并且我们必须立即把更多的物资运送到那里。他也意识到，对中国的物资援助将不得不采用空运的方式。这就是‘驼峰空运’行动真正的起点。”从1941年冬天至1942年春天，罗斯福就一直不断地向其陆军航空兵司令重申：中缅印战区的主要任务就是开辟并维持一条通向中国的空中航线。
在中美两国的共同努力下，中美双方决定共同营运驼峰航线。1942年4月8日，阿萨姆邦的汀江和密支那之间的航班通航，驼峰航线正式开辟。1943年10月和1945年7月中航公司又先后开辟了汀江至叙府、汀江至泸县两条航线。驼峰航线主要使用DC-3型客机和C-46及C-47型运输机，它也成为二战期间最重要的一条国际航线。
作为二战时期最重要的空中航线，驼峰航线以危险闻名于世，因为它需要飞越喜马拉雅山脉的高山深谷，天气复杂多变。美国著名新闻记者白修德（Theodore Harold White）和贾安娜（Annalee Jacoby）曾对这条航线作了描述：“这的确是世界上最危险、最可怕和最野蛮的空中运输线。不论日本空军力量、热带雨季气候以及西藏的冰雪是怎样，没有武装的运输机都要在二万英尺高度上飞过五百英里没有航空标志的山区。有几个月，驼峰指挥部损失的飞机和人员比直接参加战斗的第十四航空队还要多。”
因此，造成驼峰航线飞行危险的首要原因是该航线途经地区恶劣的天气。
中国航空公司经理邦德（William L.Bond）在写给总经理的一封信中，也提到恶劣的天气是造成驼峰航线飞行事故多的主要原因：
有些原因当然是我们从事的工作所固有的。它们是：第一，天气，天气几乎一直是坏的，有时很坏；第二，我们飞越的地势极高；第三，我们工作的紧迫性。我们没有办法改变这些条件。我们只好接受它们，尽可能忍受。
驼峰飞行要越过海拔3500米至4000米以上的克钦山脉、高黎贡山脉和怒山山脉，大山之间有恩梅开江、怒江和澜沧江，高山峡谷，地形险峻。这些地方飞行天气极为恶劣，经常遭遇强颠簸、严重结冰、强雷暴、高空强风等。大风在冬春两季最为强劲，有时每小时可达160公里，往往会带来两个问题：一是使飞行员的导航解算变得十分复杂；二是在群山中会产生严重的上升气流和下降气流，形成强烈的湍流，不仅对飞机的结构完整性会造成严重破坏，同时也会使机舱内的货物移动。
中国航空公司飞行员陈汉斋也回忆道，驼峰航线上的大风对飞行安全造成的威胁主要是两方面：一是造成飞机偏离航线，从而造成飞机迷航而失踪；二是造成飞机过于颠簸，飞机容易受损，严重者造成机毁人亡。
除了风和湍流，降雨对驼峰飞行的安全也有非常大的影响，尤其是在夏季的雨季。阿诺德在向中国外交部部长宋子文和美国陆军航空兵领导人联席会议提交的一份驼峰情况介绍中说，印度部分地区的年降雨量曾经高达500英寸
。在位于阿萨姆邦贾哈特机场西南180英里处的乞拉朋齐镇，每年平均降雨量达到641英寸，而仅仅7月份1个月的降雨量就高达355英寸，是当之无愧的“地球上最潮湿的地方”。虽然乞拉朋齐是一个非常极端的例子，但是驼峰航线位于印度境内大多数机场的降雨量也都相当大，其中提兹普尔机场的年均降雨量达到73英寸，而5月至8月的月均降雨量都达到了12英寸。1943年，季风雨曾连降数月，大大降低了驼峰空运的总吨位，地面作战也受到影响，机场修建工作几乎陷于停顿。季风雨甚至迫使日军将其战斗机调往太平洋战区的其他地方，以使它们发挥出更加有效的作用。
此外，飞机结冰给驼峰飞行安全也带来了极大威胁。冬季和春季是积冰较为严重的季节，当积冰的海拔高度降低时，飞行员如果要在低空飞行就无法飞越驼峰航线上众多的高山。参加过驼峰飞行的中国航空公司飞行员陈汉斋回忆了飞机结冰的危险：
1944年，我有一次从昆明夜航印度加尔各答。在昆明起飞前就已得知，在我们前面已有3架中航飞机因遇到飞机结冰而失踪。为了保证“空中生命线”的畅通，当局早有命令规定，“驼峰飞行，没有天气限制”。因此我们毫不犹豫地按时起飞。从昆明起飞后不久，一直在云中飞行，气温降低，机翼上渐渐结起冰来，越结越厚。不仅破坏了机翼的流线型，而且增加了飞机的重量，致使飞机渐渐下沉，不能保持高度，眼看就要撞山。因为这架是满载乘客的客机，规定不带降落伞，只能想法迫降。但下面都是高山，云中盲目下降，必然要撞山。我们采取了一切紧急措施，使飞机幸运地飞离了危险的结冰区，真是惊险万分，安全地到达目的地。
具体而言，飞机积冰带来的问题有三个：一是给已经满载的飞机增加了重量，使其难以保持在应有的飞行高度上。在一些极端情况下，当飞机上的除冰设备无法及时除去飞机上的积冰时，机组人员就不得不靠抛弃飞机上的货物来减轻重量，以此确保飞越驼峰所需要的高度。二是当机翼上结冰的时候，飞机的航空动力学效能降低，致使飞机丧失应有的高度。三是一旦飞机的汽化器结冰，就会造成引擎阻塞、失去动力或者完全熄火。柯蒂斯C-46运输机装有除冰设备，如加温螺旋桨、风挡玻璃除冰液和机翼除冰带，但是在十分严峻的环境条件下，这些除冰设备往往并不可靠。由于没有专业的天气预报，情况就变得更加糟糕，直到1944年驼峰航线有了专业气象学家提供的定时天气预报之后，这一状况才有所改善。在此之前，即将起飞的飞行员们通常只能向刚刚降落的同伴们打听航线上的天气状况。但是，降落和起飞的飞机之间的时间差可能多达几个小时，驼峰航线上的天气状况很可能早已经发生了变化，因此这种口口相传的天气报告方式极易出现问题。
驼峰航线的天气极为恶劣，给过往飞机造成了极大威胁。其中，在驼峰飞行历史上最恶劣和破坏性最大的风暴发生在1945年1月6日傍晚与7日凌晨之间。由于西伯利亚寒流与孟加拉的暖湿气流相汇，风暴形成巨大威力，这一天晚上航空运输司令部就损失了7架飞机，31名机组人员和乘客遇难；中国航空公司损失了3架飞机，9名机组人员遇难；其他飞行单位损失4架飞机。这个夜晚被称为“黑色星期五”。根据事故研究者奇克·马斯·奎恩（Chick Mars Quinn）的研究，在这场大风暴中实际损失了18架飞机，42名机组人员和乘客遇难。
全面抗战时期，康印线是西南大后方重要的国际驿运线。它自康定经拉萨至印度噶伦堡，为康藏至印度之间的贸易通道，于1944年2月开始营运。由印度噶伦堡经拉萨进入国内的驿运要道，可分为由噶伦堡至康定及由噶伦堡至丽江两路：第一，由噶伦堡经拉萨、昌都、甘孜，至康定，全程约长2000英里。由噶伦堡至拉萨走22天至30天，由拉萨至昌都约走45天，由昌都至甘孜约走35天，由甘孜至康定约走18天。夏季需时四五个月，冬季因粮草缺乏，加以泥雪载道，需走8个月以上。货抵康定后，可经雅安直达成都。第二，由噶伦堡经拉萨而至昌都，再由昌都至丽江，途程约为由昌都至康定的1/3，故由昌都至丽江约走20天即可到达。由噶伦堡启运至丽江，全程约1500英里，夏季需时三四个月，冬季需时六七个月。货抵丽江后，可驮运至下关，7天至8天可以到达，由下关可用汽车直运昆明。至于运费，因藏银与卢比汇兑时有涨落，加之商人因走私，不惜高抬运费。1944年2月，由噶伦堡至康定或至丽江，全程每驮为卢比350盾。至于噶伦堡至康定或至丽江的运输力量，噶伦堡约有牲口1500匹，由噶伦堡至拉萨段，终年虽可通行，但自拉萨以上，困难实多，尤其是在冬季10月至次年2月间，运输力量大为锐减，每月运量至多100吨。
康印线取道印度，经过西藏，因政治关系改为康藏驮运公司，资本400万元，由交通部驿运管理总处与康藏贸易公司组织交通部各投资半数，公司设于康定，并在拉萨、噶伦堡两地各分设分公司，在其他有关地区设置办事处、运输站或照料员。
康印线以运输布匹为主。康藏驮运公司于1944年上半年向交通部呈送了运输进出口物资的基本办法，规定康藏驮运公司的运输路线由印度噶伦堡至康定，运输时间自噶伦堡至康定单程4个月至8个月，其间分为四段：噶伦堡至拉萨30天至60天；拉萨至类乌齐46天至92天；类乌齐至甘孜25天至50天；甘孜至康定19天至38天。运输数量每批暂定100驮至300驮，合6吨至18吨。运输费用一律交付印币，暂定每驮600盾，在交货时，在印度一次付清。
康藏驮运公司成立后，开始经营藏印驿运线。由于路途遥远、途经地区复杂、物价上涨等，公司营运成本上涨，这条路线的营运效果并不理想。康藏驿运线途经西康、藏族聚居区和印度，由于不同地区使用的货币不同，导致运输手续繁杂。康藏驮运公司划分了康藏印三总站管辖区域，凡通行法币区域，统归康定总站管辖，计有道孚、甘孜、德格（柯洛多、卡松渡）3站；凡通行藏币区域，统归西藏总站管辖，计有帕里、江孜、黑水、色擦、所宗、类乌齐（孜桑桥、东桑渡）、昌都、玉树8站；凡用卢比之区域，归印度总站管辖，仅有噶伦堡1站。
1944年11月14日，公司总经理格桑悦希上呈驿总管理处董事长谭炳训，称公司1944年上半年预算已结束，下半年职工待遇，仍照上半年规定支给。康定米价已涨至每康斗2500元上下，公司仍照1000元支给职工。准备自11月份起，公司职工膳食津贴及生活津贴共计食米4康斗，均按现时康定市价每康斗2400元支给，并供给宿舍。
到1945年1月份，随着滇西地区相继收复以及中印公路通车，康藏驿运基本停止。康藏驿运线从1944年2月开始运营到结束，时间不到1年，对中国抗战大业的支持作用十分有限。