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引起传染病的微小生物——病原微生物，包括病毒、细菌、支原体、真菌及衣原体。
病毒一般以病毒颗粒或病毒粒子的形式存在，其直径从十几纳米到几百纳米不等且形态多样，多为圆形。
病毒复制有别于其他微生物繁殖，只能在活细胞内进行，经过吸附、穿入、脱壳、生物合成、组装和释放等步骤完成。病毒在自然界无法繁殖，但可存活数天至数百天之久，当条件适宜，病毒侵入生物机体内，又可在细胞内繁殖，引发疾病。
病毒具有耐冷怕热的特点，低温下，病毒存活时间更长，高温环境中病毒存活时间很短。不同病毒对酸、碱、紫外线及各种消毒剂有不同的耐受力，大多数病毒不耐受碱和长时间日光直射。
细菌是一类单细胞微生物，需经过染色，才能在光学显微镜下观察到。细菌有球状、杆状、螺旋状3种基本形态，也有其他形态。细菌以简单的裂殖方式繁殖，不同细菌裂殖后其菌体排列方式不同。通常细菌20分钟就能繁殖一代，在适宜的环境下，在适合生长的培养基上可形成肉眼可见的具有一定形态的菌落或菌苔。
细菌有细胞壁、细胞膜、细胞质、拟核等基本结构，根据细胞壁的不同，可分为革兰阳性菌和革兰阴性菌。用革兰染色法可将两者区分开，革兰染色后呈蓝紫色的为革兰阳性菌，染色后呈红色的为革兰阴性菌。有的细菌除基本结构外还能形成荚膜、鞭毛、菌毛、芽孢等具有特殊功能的结构。这些特殊结构有些与细菌的致病力有关，也有助于细菌鉴定。例如，有些细菌在外界环境不利时能形成圆形或卵圆形的休眠体，称为芽孢，芽孢能大大提高细菌对不良环境、消毒剂的抵抗力。能否形成芽孢及芽孢呈现什么形态是菌种的特征之一，因而可据此鉴别细菌。
支原体是一类无细胞壁的原核微生物。支原体可在鸡胚的卵黄囊或绒毛尿囊膜上生长，有些菌株可致鸡胚死亡。禽支原体有很多种，如鸡毒支原体、鸡滑液支原体、火鸡支原体、惰性支原体、鸭支原体、鸽支原体等，均可经蛋传播。有明显致病性的鸡支原体有鸡毒支原体、鸡滑液支原体、火鸡支原体。
真菌是一类真核生物，包括酵母菌和霉菌。多数真菌在25～35℃、高湿条件、pH为5.5～6的环境下繁殖速度快。真菌中对禽类有致病性的主要是霉菌，如黄曲霉菌使饲料变质，饲喂后引起鸡中毒。霉菌的菌丝在形态结构上相互交错成团，形成菌落；在功能上有一定的分化，进行各项生命活动。
衣原体是一种介于病毒和细菌之间的微生物，严格且专性细胞内寄生，对抗生素不敏感。可导致多种炎症并影响生殖系统。