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疫苗必须根据其性质妥善保存。灭活菌苗、弱毒菌苗、类毒素疫苗、免疫血清及诊断液要保存在低温干燥阴暗的地方，温度维持在2～8℃，防止冻结、高温和阳光直射。弱毒的病毒疫苗最好在-15℃或更低的温度下保存，才能更好地保持其效力。各种疫苗在规定温度下保存的期限，不得超过该制品的有效保存期。疫苗在使用之前，要逐瓶检查。发现玻璃瓶或安瓿破损、瓶塞松动、没有标签或标签不清、过期失效、制品的色泽和性状与该制品说明书不符或没有按规定的方法保存的，都不能使用。
疫苗运输时应注意瓶口朝上放置，用冰袋保存；选择发货速度快，确保客户当天能拿到的运输方式。每周还应至少检查1次冰箱是否正常运转、温度是否达标。发货时遵守先进先发原则，对库存的疫苗一定要关注每批疫苗的有效期，减少疫苗报废数量。
使用疫苗时应该于临用前再将疫苗由冰箱中取出，稀释后尽快使用。活疫苗，尤其是稀释后的活疫苗，于高温条件下容易死亡，时间越长死亡越多。一般来说，马立克氏病疫苗应于稀释后2小时内用完，其他疫苗也应于4小时内用完，当天未用完的疫苗应废弃，不能再用。
稀释疫苗时必须使用合乎要求的稀释剂。除个别疫苗要用特殊的稀释剂外，一般用于点眼、滴鼻及注射的疫苗稀释剂是灭菌生理盐水或灭菌的蒸馏水。放于饮水中的疫苗，稀释剂最好使用蒸馏水或去离子水，也可用洁净的深井水，但不能用含消毒剂的自来水，因为自来水中的消毒剂会影响免疫效果。稀释疫苗的一切用具，包括注射器、针头及容器，使用前必须洗涤干净并经高压灭菌或煮沸消毒。不干净的和未经灭菌的用具，会对免疫效果造成不利影响，或者造成疫苗的污染。
稀释疫苗时，应该用玻璃注射器先把少量的稀释剂加入疫苗瓶中，充分振摇使疫苗均匀溶解后，再加入其余的稀释剂。当疫苗瓶太小，不能装入全量的稀释剂，需要把疫苗吸出放入另一容器时，应该用稀释剂把原疫苗瓶冲洗几次，使全部的疫苗有效成分都被洗下来。
接种时，吸取疫苗的针头要固定，注射时做到1只1针，以避免通过针头传播病原体。按疫苗说明书规定的用法用量使用，使用前应充分摇匀。