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在学术风气方面，龚自珍同样起着继往开来的作用。他有关学术问题的全部主张，都是为着发扬前代进步思想家“经世致用”的传统，把学术从脱离实际的歧路转移到注重现实问题的方向上来。
针对嘉道时代脱离实际、烦琐空疏的学风，龚自珍提出“一代之治，即一代之学”的论点。他认为学术问题与治理国家紧密相联系，王者统治天下，“不可以口耳喻也。载之文字，谓之法，即谓之书，谓之礼，其事谓之史”，而后代的知识分子却严重脱离社会政治实践，“重于其君，君所以使民者则不知也；重于其民，民所以事君者则不知也”，“王治不下究，民隐不上达”，这种与现实生活完全脱节的知识分子，到头来必定使国家遭受祸害。
这些话确实道出了当时学者的致命弱点。
当时考据学仍然风靡于世，学者趋之若鹜。龚自珍却不随波逐流，他采取有分析的批判态度。一方面，他肯定了考据学的成绩，“黜空谈之聪明，守钝朴之迂回，物物而名名，不使有遁。……于是二千载将坠之法，虽不尽复，十存三四。愚瘁之士，寻之有门径，绎之有端绪，盖整齐而比之之力，至苦劳矣”
。另一方面，他又尖锐地指出烦琐考据的严重弊病：“近有一类人，以名物训诂为尽圣人之道，经师收之，人师摈之。”
这种“琐碎饾饤”之学，根本不合做学问的目的。他认为，目的应是“闻性道与治天下”，否则“六艺为无用”。他在给魏源的信中说，做学问要“能言其大本大原，而究其所终极；综百氏之所谭，而知其义例，遍入其门径，我从而管钥之，百物为我所隶用”
。他恳切地劝魏源不要被烦琐的考据所牵累，要做个能综合众说，掌握关键，为我所用的“通人”。
龚自珍是著名古文字学家段玉裁的外孙，十二岁就跟着段学《说文》，可是他并没有按照外祖父的希望，成为一个古文字学家。后来他向刘逢禄学《公羊春秋》，也并没有成为像宋翔风那样附会谶纬迷信或专讲“微言大义”的今文经学家。而且他反对今文、古文，汉学、宋学的门户之见。这一切都决不是偶然的。他用自己的实践贯彻了“经世致用”的主张。当“友朋之贤者”陈奂、江藩等人问他“曷不写定《易》、《书》、《诗》、《春秋》”，他回答说“方读百家，好杂家之言，未暇也”。又有“内阁先正姚先生”问他“曷不写定《易》、《书》、《诗》、《春秋》”，他回答说：“又有事天地东西南北之学，未暇也。”
龚自珍于经史、诸子、文字音韵、金石等等都有著述，但他一生所瞩目的中心，始终是“东西南北之学”，即社会现实政治问题。他这样形容他的文章与时代的关系：“外境迭至，如风吹水，万态皆有，皆成文章，水何容拒之哉！”
魏源在《定庵文录叙》中评论说，龚自珍“于经通《公羊春秋》，于史长西北舆地。其文以六书小学为入门，以周、秦诸子吉金乐石为崖郭，以朝章国故世情民隐为质干”
。这便是深交好友对他的确评。
对于史学，龚自珍发表过不少看法。首先，他针对乾隆以来“号为治经则道尊，号为治史则道诎”的流行观点，强调史学的极端重要性。认为史学关系到国家的存亡；史与百官都有联系。“灭人之国，必先去其史；隳人之枋，败人之纲纪，必先去其史；绝人之材，湮塞人之教，必先去其史；夷人之祖宗，必先去其史。”其次，继承和发扬章学诚“六经皆史”的主张，提出“五经者，周史之大宗”，“诸子也者，周史之小宗”的论点。
既然六经是史的一部分，那当然就不再是顶礼膜拜的对象、万古不变的教条，而是研究的材料。这对传统思想是一种冲击，而提高了史学的地位。再次，他认为史学的作用是“忧天下”，“探世变”。他说：“智者受三千年史氏之书，则能以良史之忧忧天下，……探世变也，圣之至也。”
“史之材，识其大掌故，主其记载，……以教训其王公大人。”如果没有史籍保留下来作为鉴戒，“则弊何以救？废何以修？穷何以革？”
史学要探究历史的发展变化，要用历史事实来教训那些统治者，并作为今天革除弊政、挽救危机的依据。
他在《尊史》一文中提出：史学所以受到尊重，不在于它负责历史记载、掌握褒贬大权，而在于史官应该具有的识见精神。这就要做到“善入”和“善出”。“善入”，是要求史家熟悉社会生活各个领域，“天下山川形势，人心风气，土所宜，姓所贵，皆知之；国之祖宗之令，下逮吏胥之所□守，皆知之。其于言礼、言兵、言政、言狱、言掌故、言文体、言人贤否，如其言家事，可谓入矣”。否则，写出来的就不是“实录”。“善出”，是指对上述社会生活各个领域及其相互联系，史家要把它明白生动地表现出来，使人如观演剧一样心领神会。否则，你写的史书就没有“高情至论”。与这两个要求不合的史书。就是“余呓”“余喘”，白日说梦。他还说，记载史实必须与治乱兴衰之“道”结合起来，“入乎道，出乎史，欲知大道，必先知史”，这样的史书才是真正的史学著作，这样的史家才是独具特色的“史之别子”。
龚自珍对于史学的见解，中心是史必须反映广泛的社会现实，史必须与“道”相统一。这些主张，丰富了中国传统的史学理论。
对于古代史家，龚自珍赞扬司马迁的《货殖列传》，说可以“配《禹贡》，续《周礼》，与《天官书》同功”，斥责“不学小夫”说它是抒发个人感慨的游戏文章的看法，是颠倒是非。
他严肃批评刘向、班固宣扬迷信。说：“刘向有大功，有大罪，功在《七略》，罪在《五行传》。”批评刘向用灾异附会人事，是制造混乱，笨拙至极。
他主张“摧烧汉朝天士之谬说”，“班氏之《五行志》不作可也”。
统治者惯用宣传迷信来欺骗人民，嘉庆在诏书中也重弹“天人感应”的老调，因此龚自珍反对迷信在当时确有其现实意义。
龚自珍强调学术经世致用，反对烦琐空疏的学风，是具有进步意义的。而他讲的“一代之治”和“道”，则是以地主阶级的政治和道理为其阶级内容的。他批评别人脱离实际，自己又用大量精力去写《春秋决事比》《发大心文》一类无有意义甚至宣扬佛教唯心论的文章，这又是其严重的局限性。