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既然海军作为遂行非战争军事行动的主体在国际法上有法律渊源，那么接下来需要考虑的一个问题是，海军遂行非战争军事行动应当遵循哪些国际法的基本原则以确保实现“师出以律”的第一步，即严格遵守国际社会公认的基本法律原则。一般认为，现代国际法有七项基本原则：国家主权平等原则、禁止使用武力原则、和平解决国际争端原则、不干涉内政原则、善意履行国际义务原则、国际合作原则、民族自决原则。现代国际法的基本原则与海军遂行非战争军事行动关系密切，尤其是国家主权平等、禁止使用武力、不干涉内政、善意履行国际义务、国际合作这五项原则在海上非战争军事行动中能够发挥重要的指导和规范作用。
国家主权平等是联合国的基础。
国家在财富、权力和国际影响方面可能是不平等的，但在国际法上，国家在地位、权力、义务、责任方面都是平等的。国家主权平等原则是指国家不论大小、强弱和政治经济制度如何，都应当互相尊重、平等交往。根据《国际法原则宣言》
的规定，国家主权平等主要包括以下要素：一是各国法律地位平等；二是各国均享有充分主权之固有权利；三是国家领土完整及政治独立不得侵犯；四是各国均有义务尊重其他国家的法律人格；五是各国均有权自由选择并发展其政治、经济、文化及社会制度；六是各国均有责任充分并诚意履行国际义务，与其他国家和平相处。
海军遂行非战争军事行动，无论任务目标如何，在行动过程中都必须以尊重国家主权平等为前提，不得侵犯国家主权。例如，尊重他国对内水和领海的国家主权权利，不得在他国的内水或领海范围内布雷，否则构成对他国主权的侵犯。另外，征得受干预国家的同意是联合国安理会或联合国大会行动的必要性和充分性条件。
例如，联合国维持和平行动的开展须遵守国家主权平等原则，只不过在该行动中“主权原则”转化成为“同意原则”，从行动的计划到实施整个过程都离不开会员国、东道国、出兵国、过境国的同意，而有关国家做出同意接受或参加维持和平行动的表示即是行使国家主权的具体体现。
从国际法诞生之前，正义战争理论对武力使用的伦理规范，到《国际联盟盟约》对战争权的限制，再到《巴黎非战公约》中对战争的禁止，以及最后《联合国宪章》对使用武力的全面禁止，禁止使用武力原则的形成经历了漫长的发展历程。1945年《联合国宪章》生效，规定“各会员国在其国际关系上不得使用威胁或武力，或以与联合国宗旨不符之任何方法侵害任何会员国或国家之领土完整或政治独立”。
国际社会正式宣告：为了世界和平与安全“禁止使用武力”，标志着禁止使用武力原则在当代国际法中得到确认。之后，为了更好地履行该原则，联合国大会还通过了一系列决议，例如《和平纲领》（1949年）、
《国际法原则宣言》（1970年）、《加强在国际关系上不使用武力或进行武力威胁原则的效力的宣言》（1987年），
明确了各国遵守这一原则的具体义务，强调了不使用武力的一般法律原则。
以《联合国宪章》第2条第4款为基础的禁止使用武力原则是国际社会公认的国际法基本原则，也被联合国国际法院实践承认为国际习惯法，
学者们也公认该原则具有强行法的地位，
对所有会员国、非会员国和国际组织都具有法律约束力。“尊重《联合国宪章》在国际关系包括国际武力使用方面的至高规范地位是国际主体义不容辞的法律责任”。
因此，国际争端或国际冲突中的当事方应当尽量利用和平手段解决争端，避免以武力相威胁或使用武力。即使在面临只有通过使用武力才能实现国际和平与安全的特定情况下，该原则的合法例外也只能根据《联合国宪章》的相关条款确定。
国家海上力量在域外海域遂行非战争军事行动时应当做到以下方面：一是应当在国际关系处理中避免以武力相威胁或使用武力；二是应当区分因海上自卫使用武力和为实施海上执法措施使用武力的不同情况，以确定使用武力的种类和强度；三是在需要使用武力的情况下，应当遵守国家和军队关于平时使用武力的报告批准制度和程序；四是在使用武力的过程中，应当遵守一般公认的“必要和适当”原则，有理、有利、有节地完成自卫行动和强制执法行动；五是在执行联合国授权的有关海上军事行动中使用武力时，必须依照联合国的有关授权行事，按照国家有关法律和部队的有关条令开展。
最早在国际法学说上提出不干涉原则的是德国国际法学家马丁·沃尔夫（Martin Wolff），其有关国家基本权利的思想中蕴含着不干涉原则。
直到20世纪“不干涉”才成为国际关系和国际法中的基本原则，该原则的国际法律地位主要体现在《联合国宪章》第2条第7款中，虽然该条款被国际社会理解为“仅适用于国际组织与会员国之间的关系而未包括会员国之间互不干涉的内容”。
直到1965年联合国大会通过《关于各国内政不容干涉及其独立与主权之保护宣言》，该文件首次详细阐明了国际法上的不干涉原则，明确了其具体规则，并推动了1970年《国际法原则宣言》中有关“不干涉原则”部分的起草，至此，不干涉原则被提至国际法基本原则的高度。
不干涉原则是指国家在相互交往中不得以任何理由或方式直接或间接地干涉他国主权管辖范围内的一切事务。该原则涉及每一个主权国家不受外来势力干预处理其事务的权利。该原则所禁止的“干涉”必须是各国根据国家主权原则有权自由决定的事项，例如政治、经济、文化、社会制度的选择以及本国对外政策的决定等；干涉所使用的手段是指强制性手段，尤其是使用武力，包括军事行动的直接干涉形式以及支持另一国家颠覆破坏活动的间接干涉。对于不干涉原则中禁止干涉的对象是什么或干涉主体所指出的什么问题在国际社会中会存在分歧，并不影响国际社会对该原则的普遍认可和支持。将该原则适用到海上非战争军事行动中必须以“不干涉”他国内政为前提，不得从事任何可能涉及干涉他国内部事务的行为。
“国际法的有效性并不依赖于制裁而是依赖于各国对法律的尊重，国际社会的发展需要以各国的善意为基础，如果没有这种善意的基础，国际的和平交往将不复存在”。
全部的国际来往都建立在彼此诚实和信用的基础上，如果无视国际善意，那么国际法所依赖的共同价值将崩塌，因此，善意对国际法的重要性不言而喻。在传统国际法上“条约必须遵守”是一项重要原则，现代国际法也继承了该原则。《联合国宪章》中指出，会员国负有“尊重由条约与国际法其他渊源而起之义务”，
且“各会员国应一秉善意，履行其依本宪章所担负之义务”。
一些重要的条约和国际组织决议也强调了这一国际法基本原则，并被一系列国际判例所认可。
将该原则适用到海上非战争军事行动中即表现为国家海上力量应遵守国际法相关规则，严格履行安理会决议、国家间协定、遵守和尊重东道国的法律及风俗习惯、在授权范围内行使职权及促进行动目标的实现。
第二次世界大战之后，国际合作成为一项具有广泛意义的国际法基本原则。《联合国宪章》“序言”指出，为维护国际和平与安全，促进人类经济与社会进步和发展，各会员国“务当同心协力”，并将“促进国际合作，以解决属于经济、文化、社会及人类福祉性质的国际问题”作为其服务宗旨之一。此处所指的“合作”包括会员国与联合国的合作、各会员国之间的合作、东道国与联合国的合作、冲突各方与联合国的合作等。除《联合国宪章》外，其他国际法律文件中也设有有关国际合作的条款，例如《国际法原则宣言》。现代国家所面临的非传统安全威胁并非仅凭借一国一己之力就可以完全应对，需要借助与国际社会开展广泛合作的方式来共同应对与日俱增的安全威胁。例如，各国为应对非传统安全威胁广泛开展的海上联合军事演习、军事互访、联合护航、灾难救援行动，这是对该原则的践行，不仅促进了各国在军事装备、技术、资源方面的交流合作，而且还提升了海上实战能力及应对海上非传统安全威胁的效率。