全书分为上下两卷。商朝在纣王的统治下,气数将尽。纣王荒淫无道,亵渎女娲娘娘圣像,女娲娘娘与元始天尊会商后,派仙童灵珠子下凡转世助周伐商,灵珠子唤作哪吒,投胎到陈塘关总兵李靖家,成了李靖三公子。哪吒母亲殷氏怀胎三年零六个月生下他,哪吒天生神力,刚出生就见风长,降服了祸害陈塘关的肥遗怪,赢得了民心。因残杀东海龙王三太子,得罪了东海,四海龙王水漫陈塘关,逼迫哪吒剃骨还父、削肉还母,最终化解龙王的仇恨。哪吒的魂魄被太乙真人收去,以金莲藕将其复活,并传授法力,赠法器,功成之后赶往西岐助姜子牙伐商。在赶往西岐的途中,用九龙神火罩烹杀了通天教主的弟子石矶,从而得罪了截教。于千军万马中解救武成王黄飞虎,辅佐姜子牙,与阐教众神一起对付九龙岛四圣。初次与玉帝外甥杨戬相识,两人惺惺相惜,相见如故,与杨戬结为挚友。在岐山上,哪吒和杨戬一起除了狼妖,救了千年雪兔精白灵。而后,哪吒与西方教圣人准提道人、接引道人一起苦战通天教主高徒赵公明和闻太师,李靖和哪吒父子在与商军将领的大战中,九死一生,父子之间的隔阂逐渐化解。元始天尊与道德天尊一起破了通天教主的诛仙阵,将通天教主封印在三界之外。截教弟子亡了大半,截教灭亡。纣王在摘星楼自杀,妖妃妲己引爆妖丹相随。阐教和截教以及伐商大战中,牺牲的将领,魂魄齐聚封神台,共封三百六十五位神仙。李靖、哪吒、杨戬等人肉身成圣,哪吒被元始天尊封为中坛元帅,又被玉帝封为三坛海会大神。在扩建天宫时,哪吒负责监工,无意中发现有神仙偷工减料,向玉帝告发,遭小人反水,怒火难平,大闹天宫,受到惩处。
哪吒当年在岐山上救下的那只千年雪兔精白灵,在岐山上苦苦修炼了百年,就是为了与哪吒相见,报答他的救命之恩。白灵苦苦等待了百年,才等到岐山上的仙果成熟,吞下仙果之后,脱去妖气,才上天见到了哪吒。白灵也因此受到了玉帝的处罚,哪吒知情后,代为求情,并替白灵挨过、受罚,从此加深了二人的感情,玉帝很同情雪兔精,才小惩大诫。在天上,白灵见到了哪吒的父母李天王和素知圣母天后,当哪吒护送白灵回岐山时,遭遇妖王漆幽灵抢婚,强行与白灵婚配,并将岐山上的生灵杀个精光,哪吒除了妖王,与白灵告别后,回到天上。
蜀王丛帝的女儿紫鸢公主爱上了宫中侍卫风厘子,蜀王想通过联姻的形式把公主嫁给庸国公子,无奈公主和风厘子私奔,遇蜀王追兵,摔下山崖,风厘子为保护公主摔死,紫鸢公主在蜀山上收养的金丝猴精流星附身在死去的风厘子的身上,与公主一起在山崖下生活了半年。半年后,公主和风厘子回到成都王宫,发现蜀王丛帝已经被西方妖邪控制,在蜀国大兴土木,被玉帝封为蜀山山神的望帝见蜀国国势衰微,变化作杜鹃鸟飞到天上,请来哪吒三太子才将西方妖邪降服,并解救了丛帝和紫鸢公主夫妇,将金丝猴带回天庭。
东海龙女敖盈为了给死去的兄长龙三太子敖丙报仇,三番五次陷害哪吒,并联合截教残余合力重伤哪吒,最后在哪吒的善念下,感化了龙女,龙女也随慈航道人去了珞珈山修行,做了善财龙女。哪吒在蔡国除妖道,又到曾国保好官,与死而复生的妲己娘娘化解了干戈,血战西方大鹏护法,拜西方教主乔达摩悉达多为义父。降服牛魔王,与归来的通天教主大战,被通天教主打下凡间,功力尽失。哪吒在下界狼狈不堪,人见人恨,如同过街老鼠,生不如死,从此一蹶不振。哪吒最终在千年雪兔精白灵的守护下,振作起来,练就三教功法,联合诸神打入天宫,最终消灭通天教主,迎回玉帝,白灵也因为功劳卓著,被玉帝封为“白灵护法元君”。