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气的运动变化及其随之发生的能量转化过程称为气化。气化运动是生命的基本特征，《伤寒论》的气化学说来源于《内经》的运气学说，在阴阳五行、天人相应、元气说的指导下，以《内经》的标本中气，开阖枢的理论为论理工具，阐述人体的六经六气，以反映六经为病的生理病理特点而指导临床实践。
仲景在《伤寒论》序中言撰用《阴阳大论》，按林亿新校正的说法，《阴阳大论》即是王冰补入的七篇大论。七篇大论确以运气学说为主，看来林亿的说法可信。《伤寒论》中直接提到的运气内容很少，但还是运用了运气学说的，如六经病的欲解时间、冬至后甲子夜半少阳起等。后世张志聪为首的《伤寒论》气化学派，用气化理论对伤寒六经大加阐发，认为《伤寒论》的太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴六经乃指人身经气，《伤寒论》的本旨期在阐明人体经气的变化，认为三阴三阳六经六气在天地之间有，在人身之中也有，无病则六气运行，上合于天；外感风寒则以邪伤正，始则气与气相感，继则从气而入经。
至于人体六气来源，来之六经，又是手足十二经的合称。而经脉内源脏腑，外络肢体，通贯表里上下，运行气血津液，并据此和三焦一起布散脏腑产生的体内元真，故《伤寒论》的六经乃是脏腑、经络、气血津液精功能变化的综合概括，是以五脏为核心，配属六腑，通过经脉连络布散而实现的物质和能量代谢过程。《素问·六微旨大论》云：“少阳之上，火气治之，中见厥阴；阳明之上，燥气治之，中见太阴；太阳之上，寒气治之，中见少阴；厥阴之上，风气治之，中见少阳；少阴之上，热气治之，中见太阳；太阴之上，湿气治之，中见阳明。所谓本也，本之下，中之见也，见之下，气之标也。”以上阴阳六气标本理论，为《伤寒论》六经气化学说提供了理论根据。六经分阴阳，阴阳为标；六经分六气，六气为本，标本之间维系阴阳表里关系的为“中气”。中气在六经标本气化中有重要意义，它能使阴阳配偶，以调节气化的盛衰，使生机不息，起枢机的作用。另外，还有《素问·至真要大论》的从化理论，“所从”即依据、随从的意思。论曰：“少阳、太阴从本，少阴、太阳从本从标，阳明、厥阴不从标本，从乎中也。”就人体而言，“本气”即六经所系之六气，是其功能所主的根本性质；“标气”即六经所系之阴阳，是其气化的相应表现；“中气”是阴阳相关之经，与该经互相包含、渗透、制约、生助，因而有所从之意。六经之气分为六大功能单位，内源于脏腑，外出经络，化生能量，遍布周身，各有所主。六经之气，一方面行于经脉，如日月之行有常道，另一方面循经布散，遍布通体，但受六经开阖枢的影响。开阖枢的理论来源于《素问·阴阳离合论》。人体的经脉合而言之是一个有机的整体，分而言之有阴经、阳经，而阳经有太阳、阳明、少阳，阴经有太阴、少阴、厥阴，三阴三阳各有表里相合的关系。它们在生理活动中有离有合，离是指各经各有自己的循行部位、脏腑络属关系和生理功能，合是指经气运行转输互相衔接，功能上互相为用，不可分割。故《素问·阴阳离合论》云：“阴阳
，积传为一周，气里形表而为相成也。”开阖枢说明了经脉生理作用的各自特点。就三阳来说，太阳主开，阳明主阖，少阳主枢；就三阴来说，太阴主开，厥阴主阖，少阴主枢。张景岳曰：“太阳为开，谓阳气发于外，为三阳之表也；阳明为阖，谓阳气蓄于内，为三阳之里也；少阳为枢，为阳气在表里之间，可出可入，如枢机也。”三阴经也如同理。开阖枢三者有机联系，处于一个统一体中。标本中气通过开阖枢的内向、外向、环转流行的升降出入，以此维护体内各部的动态平衡，能量所出又与天地六气阴阳相应，方能维持人体的正常代谢与生命活动。此即六经气化理论的核心。但其来源不出《内经》。另外，六经气血多少的理论也来自《素问·血气形志》，在具体分析伤寒六经气化之理时有重要作用。
以上举其大要，从几方面讨论了《内经》对张仲景《伤寒杂病论》的影响，其中学术思想、基本理论已成为中医学的基础内容，六经体系、气化学说仍有多方阐发的必要，以期更加有效地指导临床，并结合西医学和现代哲学等科学理论，以促进中医学有新的突破性的发展。