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由于阴阳表里两经在结构和功能上的特殊联系，其经气相互渗透融合，因此，二者常常作为一个整体，完成具体的功能活动。依据阴阳表里两经在结构和功能上的联系，可将六经分为三大系统。
1.元真系统 元真系统包括太阳、少阴两经，分主表里。少阴为太阳之基，太阳统营卫，司气立，为六经之蕃篱。少阴司神机，统水火，为一身阴阳之大主，造物成化之基元。五脏六腑、四肢百骸皆其所统，一身相火皆其所用。肾精、心血在少阴阳气的蒸化下统率小肠、膀胱气化。故此系统是主持人体表里内外的两大支柱，也为六经之核心。
2.胃气系统 胃气系统包括阳明、太阴两经。阳明重在受纳腐熟水谷，传导排泄糟粕；太阴重在运化水湿和水谷精微。此系统燥湿相济，燥从湿化，由阳化阴，功能变物质，重在水谷精气的生成敷布。其水谷精气包括阳气和阴液两个方面，其气液上升外出以助太阳之气化，下降内入以滋养元阴元阳。人禀先天之气以生，但受后天水谷精气以长、以成、以用。故人在禀生之后，以胃气为第一紧要关键，这也是李东垣《脾胃论》的立论根据。
3.相火系统 相火系统包括少阳、厥阴两经，风从火化，统血脉，司相火，阴中生阳，物质变功能，重在肝脏的疏泄调节功能，收蓄阴血，旺盛生机，从而推动机体的一切生化过程，实是一身相火的概括。所谓相火，是在君主神明的主持下，具体完成、促进人体生命活动和生长发育、组织更新等气化活动的阳热之气。
这三大系统分而为三，合而为一。元真系统源于先天父母之精气，为先天之本，肇物之始，水火之基，分主全身表里。故此系统为胃气、相火两大系统的基础，五脏之阴气非此不能滋，五脏之阳气非此不能发。且元真系统主司神机，为人体生命活动的主宰。胃气系统为水谷精气的补充来源，先天之精气非胃气不能滋之，先后两天之精气相合为一身气化的基础、经气的源泉。相火系统重在主持一身经气的潜蓄、升发致用过程及气机调摄作用。元阴元阳的升发致用，水谷精气的生成敷布均离不开此系统的作用。这三大系统在生理上各有偏重，协同作用，共同完成人体的生命活动。
由于阴阳表里两经在结构上、功能上的特殊联系，其经气互为一体，相互融合，其气化特性也多相一致，故太阳、少阴分主寒热，而又各有寒热；少阳、厥阴分主风火，而又各有风火；阳明、太阴分主燥湿，而又各有燥湿。但每经又往往代表其一个矛盾的侧面，有主有次，因此需要通过从化的方式解决其矛盾。太阳、少阴分主寒热，而少阴为太阳之基，是矛盾的主要方面，少阴阴阳的偏盛偏衰往往决定着太阳病的从化。阳明、太阴分主燥湿，而太阴往往是矛盾的主要方面，多燥从湿化，故阳明也多湿热为病，而太阴病发生燥化的则较少。少阳、厥阴分主风火，而少阳是矛盾的主要方面，多风从火化，故厥阴也多阳热病证。
总之，六经是一个有机的整体系统，其在不同的角度、不同层次上有着错综复杂的协同作用。六经理论将人体生命从结构到功能分为六个系统，又有标本中气、开阖枢的六经气化理论以说明每一经的气化特点、联系方式及经气转输规律等，即每一经均有自己的特定结构和功能。且表里两经相合成为三大系统，在生理上有其正常的从化规律，发病则有从化太过或不及等不同的表现形式。从三阳经看，则其经气有其特定的转输规律，重在三焦气液的表里出入之机，其中阳明胃气为其基础，胃气不衰，邪断不至入三阴。从三阴来看，以少阴的阴阳为其根本，太阴禀其气而能开，厥阴禀其气而能阖，也就是说阳明的胃气为三阳的基础，少阴的阴阳为三阴的根本，也为一身之根本，其较阳明的基础更深一层。
这里需要特别强调的是，人身经气是一个有机联系的整体，来源于先天父母之精气，滋养于后天脾胃水谷之精气和大自然的清气，根据其组成、结构、分布和功用的不同，从而形成了六经气化特性的区别。但其经气是作为一个有机的整体系统来发挥作用的。如太阳的营阴卫阳以阳明胃气（包括气、液二部分）和少阴阴精阳气为根基，通过三焦和经络气化联系为一个有机的整体，而且离不开五脏的激发、推动作用，从而完成其护表拒邪、维持内外环境间协调统一的作用。其他各经也同样是在六经整体协同作用的基础上完成其具体功用的。因此，我们决不可以丢弃这种整体有机联系去探讨人体六经的生理病理，这才是六经理论的关键。