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《伤寒论》六经是系统概念，是人体物质结构及其生命活动的概括，是将人体物质结构及其功能表现分为六大系统或单位，是一生理概念，每一系统以直接联系的脏腑为核心，经络为依据，联系气血津液、五体九窍，分成六大系统，用六经气血多少、阴阳盛微反映其每一系统物质基础和功能表现的相对定量关系，用六经标本中气及其从化理论概括六经中每经的主从关系和联系方式，用开阖枢理论概括六经经气的运转规律。《伤寒论》的六经也是器质性结构和气化结构的统一体。医学的目的，一是认识疾病，一是治疗疾病。辨因、辨病、辨证是认识疾病的手段，立法、遣方、用药是治疗疾病的过程。一部《伤寒论》，全以《内经》的生理六经为基础，进行分经辨因、辨病、辨证，然后治疗。以下简述之。
1.辨病
贯穿全过程的基本矛盾：中风、伤寒、温病、暑病、湿病、燥病、疠气。
某一阶段的基本矛盾：太阳病、阳明病、少阳病、太阴病、少阴病、厥阴病。
定六经病位及其标本从化：或从本化，或从标化，或标本两从而化。
2.辨证
定位：当根据六经主证以定病位，以脏腑经络及所属五体九窍、皮部、经气出入之路径定位。
定性：以体内六淫气化结合外邪而定性。
定向（发展趋势）：据六气所偏及传经特点、邪正虚实而定。
定量：生理上以阴阳盛微、气血多少定量，病理上亦当结合六经阴阳气血为邪所伤程度而定，邪气之量、体质之量、病因之量及症状之量等。
3.辨因
辨病邪：六淫疠气（邪气盛则实）相互作用致病。
辨体质：体内六气所偏（精气夺则虚），但以内因为根据。
《伤寒论》主要讨论风、寒二邪为病，虽在太阳篇有风湿、温病，在《金匮要略》中有痉病、湿病、暑病，但论之甚少，只有风、寒二邪贯穿六经，即六经皆有中风、伤寒，但风为阳邪，中于三阴，多发病较轻或从阳热化较多，故仲景也论之不详。此属仲景辨病邪之意也。关于“病发于阳，病发于阴”，是辨太阳表气之盛衰，“真气者，所受于天，与谷气并而充身也”“经气者，真气也”，可见先后两天是太阳经气之本。气盛则自能拒邪，交争剧烈而发热恶寒；表气虚则正不拒邪，邪气独留而无发热恶寒，然其病位皆在于表。由于外感病邪从表而入，故《伤寒论》重在辨表气之盛衰。至其传化，则随内在六经之气性质所偏而为。此属仲景辨体质要点，也就是六经气化可反映自然界六淫属性发病的特点。
仲景中风、伤寒、温病、湿、暍是辨病，但《伤寒论》主要是论中风、伤寒之病，这是贯穿疾病发展全过程的基本矛盾。太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴也是辨病，反映六淫外感病在某一阶段的基本矛盾。
六经的经证、腑证或脏证是辨证中的定位，腑证和脏证又分手足经脉和十二脏腑相连。经证因其气相通，故只有六经经证。太阳经证分中风、伤寒，腑证分膀胱蓄水和小肠蓄血。阳明经证在外，腑证则或在胃，或在大肠。少阳外证在腠理，腑证则在胆与三焦。太阴脏证则重点在脾，少阴则分心、肾，厥阴则分肝、心包，也会有外证。六经还各有自己的性质特点：如太阳的本寒标阳，标本两从；少阳的风火壅郁，从其本气而化；阳明因从其中气，故多燥热、湿热；太阴本湿标阴，从本而化，故多寒湿为患、肠胃虚寒；少阴本热标阴，标本两从，故也寒热两化；厥阴本风标阴，从其中气，阴中出阳，故多寒热错杂或从阳化热之证，但终属阴极，故亦多寒证，但总以肝、心包功能障碍为主。
六经为病，入脏入腑则多不传，经病则多传化。从太阳传入阳明、少阳或少阳传入阳明主要多循皮毛肌腠而传，或邪气内逆循胸膈上位而至中焦阳明、太阴之腑脏；阳明、太阴腑脏之病，则多随中气虚实而互相转化。由经脉入脏腑或由太阳至少阴之类的表里相传是循经络为主。由太阳至少阴是脾肺病及心肾，以阳衰为主。由少阴至厥阴主要指热化证的传变，应有阳亢风动、气逆昏仆之类肝和心包功能障碍的表现。六经传化特点如下。
（1）阳明中土，万物所归，无所复传，但可燥伤肾阴或热动肝风。
（2）阳明为三阴的屏障，胃气不衰则病难入三阴。
（3）太阳包罗六经，指其气化相通，但部位在表。
（4）太阳之气出入于胸中，邪气亦从其道，故太阳邪入多胸膈部位病变。
（5）三阴病可以脏病还腑，从里出表。
（6）少阴本热，为一身阳气之根，故柯琴言：“少阴病是生死关”，病为最重。
（7）厥阴热化证则多从少阳、阳明或少阴而来，或热极动风，或蒙闭心包，或阴虚风动，心中澹澹大动。寒化证则多为直中之邪。客寒至极，不能外达，内逆少阴则死。