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金世元教授治学严谨，实事求是，一直倡导“医靠药治，药为医用，医药结合，形成合力”的学术思想。在“医药圆融”特色学术思想指导下，金世元教授在中药鉴别、中药炮制、中药调剂、中成药合理使用等领域，多有“医药有机融合”的独到见解，不仅对中药生产加工环节的每一个步骤了如指掌，更能站在临床治疗的角度，分析这些步骤有益于临证使用的实际意义。
中药材历史悠久，品种繁多，炮制复杂，来源广泛，产区分散，分为“道地药材”和“非道地药材”。随着中药材野生资源的匮乏，有些栽培药材在质量方面出现下降情况，也有少数药材相继出现伪冒品种，药材本身的种植缺乏“道地药材”意识，随意引种，不能遵循道地药材生长的规律和特点；而中药从业人员对药材真伪优劣的鉴别技术掌握欠佳。金世元教授强调要想了解“道地药材”的真实情况，并熟悉真、伪、优、劣药材的鉴别特点，就必须深入药材产区进行实地考察。金世元教授走遍了大江南北，先后深入川、粤、桂、云、陕、甘、宁、内蒙古等药材产地进行实地调研，几乎走遍了北京地区的最高山峰，走过全国各地的许多中药材种植基地，基本摸清了北京地区的药材资源品种，掌握了不同植物药材的喜生环境和分布情况，也熟悉了全国各地区“道地药材”及药材市场的情况，为药材和饮片的真、伪、优、劣鉴别积累了宝贵经验。
金世元教授极为重视性状鉴别经验的传承，认为中药材经验鉴别主要通过眼看、手摸、鼻闻、口尝、水试、火试等方法来区分真、伪、优、劣。性状鉴别的内容包括以下方面。
形状：每种药材的形状一般比较固定，均具有特异性的鉴别特征。
大小：药材的大小指长短、粗细、厚薄。
颜色：每种药材有其特有的颜色，色泽变化与药材质量直接相关。
表面特征：指药材表面的纹理，光滑还是粗糙，有无皮孔或毛茸等附属物。
质地：指药材的软硬、坚韧、疏松、致密、黏性或粉性等特征。
断面：指药材折断时断面的形态特征及折断时产生的现象，如易折断或不易折断，折断时有无粉尘散落等。
气：有些药材有特殊的香气或臭气，可作为该药材的鉴别点之一，对香气或臭气不明显的药材，可切碎后或用热水浸泡后再闻。
味：药材实际的口尝滋味，是药材中所含化学成分的直接反应。
水试：是利用药材在水中或遇水发生沉浮、溶解及颜色、透明度、膨胀性、旋转性、黏性、酸碱性变化等特殊现象鉴别药材的方法。此类特征与药材组织构造或所含化学成分有关。
火试：有些药材用火烧之，能产生特殊的气味、颜色、烟雾、闪光和响声等现象，可作为鉴别手段之一。
此方法具有简单、易行、迅速、准确的特点，是中药工作者必须具备的基本功，应当很好地继承和发扬。金世元教授主编的《金世元中药材传统鉴别经验》，凝结了金世元教授多年来进行本草考证和考察全国各地的实践经验。本书共收载常用中药材344种（包括附药），每个品种按别名、来源、历史、产地、生产概况、采收加工、性状鉴别、品质、规格等级、贮藏、性味与归经、功能与主治等进行介绍，重点在于中药材的性状鉴别，并保留了传统中药鉴别的专用术语。附注对伪品和类似品，以及北京地区习惯用药的情况详加叙述，以防伪劣药混入或错误使用。金世元教授将继承得到的传统经验鉴别知识结合自身的实践与教学汇总出一套完善的真、伪、优、劣性状鉴别体系，尤其对“道地药材”的性状特征有独到的鉴别技能，对假冒药材进行详细界定，以澄清混乱、正本清源，指导安全用药，并且对老产区与新产区的药材、野生药材和野生变家种的药材在性状特征上加以区别，以防止不同产区同种药材及近缘变种在使用中造成优劣、真伪辨别不清的情况。
中药由于成分复杂，常常是一药多效，其药性和作用无不有偏，但中医治病往往不是利用药物的所有作用，而是需根据病情有所选择，只有通过炮制对药物原有的性能予以取舍，权衡损益，使某些作用突出，某些作用减弱，才能有针对性地发挥药物的治疗作用，符合辨证论治的治疗原则，更好地契合实际治疗要求。中药炮制是各种药物入药之前必须经过的程序，对药材进行针对性的炮制可以去粗取精、去伪存真、降低毒性、缓和药性、增强疗效、转变药性、引药归经、便于煎出有效成分，从而提高临床的安全性和有效性。炮制质量的好坏直接影响临床治疗效果。
金世元教授自14岁进入北京复有药庄当学徒便开始学习“炒药”，通过学徒期间的学习，金世元教授了解了中药制药的全过程。金世元教授认为，中药炮制是一门实践性很强的学科，学生应深入药厂进行实践，了解中药汤剂和中成药的炮制加工过程。按照目前常用的工艺与辅料相结合的分类方法，中药炮制工艺可分为净制、切制和炮炙。其中净制包括挑拣、筛选、风选、水选法等；切制包括软化、切制等；炮炙包括炒、炙、煅、蒸、煮、
、制霜、发芽、发酵及复制等，每类制法中又根据所用辅料再细分，如炙法可分为酒炙法、醋炙法、蜜炙法、盐炙法、姜炙法等。
多年来，金世元教授在中药炮制领域主编的专著有《中药饮片炮制研究与临床应用》、中等中医药学校全国统编教材《中药炮制学》，参与编写的著作有《中药炮制大全》《北京市炮制规范》等。中药炮制正逐渐被淡化，宝贵的传统炮制方法濒于失传，幸有金世元教授心怀中药发展，不辞辛劳培养了许多优秀人才，为中药炮制的传承做出自己的贡献。
中药调剂学是中药临床药学的重要组成部分，是在中医药理论指导下，研究临床用药的处方审核、调配、监督、管理、用法等相关知识与技术的一门学科。中药调剂基本操作规程一般可分为审方、计价、调配、复核和给药五个程序。中药调剂是一项复杂而又细致的工作。调剂工作者不仅应对调剂药品的品种是否正确、数量是否准确负责，而且对于药品的质量真伪、清洁卫生和炮制是否得当，以及医师处方是否正确，都有监督和检查的责任。因此，中药调剂人员，既要具有熟练的中药知识，又需具备中医基础理论知识，才能胜任中药调剂工作。
金世元教授强调中药调剂自古以来备受重视，历史上“医药一体”“前医馆后作坊”的发展模式强调中药调剂与中医处方同等重要。中药调剂与中医临床紧密联系，是确保用药安全有效的重要环节。中医处方能否发挥预期疗效，与中药临床调剂有着密切的关系。中药调剂是影响中药临床应用的核心技术环节之一，调剂质量直接关系中医临床疗效。
金世元教授认为目前中药从业人员对中药调剂的技能掌握不够，加强中药调剂学科的专业知识和技能培养具有重要的现实意义。继承传统的中药调剂人才培养经验，应该重视实践技能与理论知识的统一，鼓励调剂人员“在实践中学习”，必须注重“鉴定”“炮制”“给付”等环节锻炼，培养出能够学以致用的高素质中医临床药学人才，从而传承中医药传统的调剂技术，同时不断进行技术革新，全面促进中医药现代化发展。
中成药是中医药遗产的重要组成部分，历代医药典籍中记载的方剂经过历代医家不断应用、积累、补充筛选和演变发展，形成了今天丰富多彩的中成药。中成药以疗效显著、应用广泛、副作用小而著称，并广泛应用于临床。金世元教授告诫后人应很好地继承和发扬中成药。但中成药品种繁多、配方各异、剂型复杂、疗效不同，若使用得当，可迅速奏效；反之，轻则浪费药品和贻误病情，严重者可危及生命。因此，金世元教授认为所使用的中成药应明确其处方来源、组成、功效、适应证、方解、剂型规格、用法用量、使用注意、临床新用、鉴别用药等内容。其中，药物配伍关系是中成药的基础，而鉴别用药是中成药在临床使用中应特别注意的问题。两种名称相似的中成药，其功效可能截然不同，功效相似的中成药，其临床应用也各有不同侧重。但当前大多数临床医生主要是根据中成药的药品标签或说明书参照使用。这些标签和说明书一般非常简单，甚至有的药味不全，又不清楚各药用量，造成使用者对其性能、适应范围不能全面了解而误用乱用中成药。因此，中成药的合理使用显得尤为重要。
基于对中成药使用存在的问题的思考和自身的使命感和责任感，金世元教授编写了一本指导青年中医合理使用中成药的专著——《中成药的合理使用》。该书载药490种，分为内、妇、儿、外、五官各科。每种中成药分为处方来源、药物组成、剂型、用法用量、功用、适应证、方解、附注等。该书以方解为重点，根据适应证确定病因，再将所用的药物按君、臣、佐、使配伍原则叙述其疗效特点。该书对每种中成药条分缕析，通俗易懂，利于掌握。