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在50年的临床诊疗中，我始终坚持践行外祖父施今墨先生中西医融会贯通的主张及父亲祝谌予先生中西医结合的思想，中西医理论体系虽有不同，但在立足中医整体观念和辨证论治的基础上，可借鉴西医现代仪器诊断和检查结果，扩大中医望诊范围、辨证依据，同时为判定中医疗效提供客观指标。在诊疗中注重“望闻问切查”五诊合参，将中医四诊方法结合西医检查手段，通过中西医结合参同互证、辨病辨证相融合，既可提供定位、定性的信息，又可提供定量依据。
施门祝氏临床中注重气血辨证，认为气血是构成人体和维持人体生命活动的基本元素。气血辨证是家父于1962年向我外公提出的建议，施今墨先生同意，会同八纲辨证统称为“十纲辨证”。我在临床中应用脏腑辨证与八纲辨证互参，视气血为统领，辨气血之虚盈，追本求源，疗效颇佳。
我继承家学，同时有所发展，在儿科、耳诊等领域创出有自己鲜明特色的学术思想和经验，为中医药学术传承做出贡献。
1.开创“耳型诊病”体系
我根据张颖清的生物全息论，结合自己的临床观察，开创了“祝氏耳型诊病”体系，为中医临床增加了更多的诊疗依据。
2.开创祝氏儿科
我于中医儿科疾病治疗方面颇有心得，开创了颇具特色的祝氏儿科。我认为儿童具有“稚阴未充、稚阳未长”的体质特点，其发育过程中神经系统及脏器发育并不完善。也正是如此，儿童才具有旺盛的生机和良好的自愈能力。所以，祝氏儿科临床用药仿效桂枝汤理论，注意保护、调节儿童的“阴”“阳”，使儿童的生长发育顺应自然，平衡发展。用药力求口味以甘、酸为主，被患儿家长誉为“儿童中药可乐”。
3.糖尿病治疗创新发展
“降糖对药”为施今墨学派治疗糖尿病之常用方，初始对药为“苍术配玄参、黄芪配山药”。家父根据糖尿病患者多有血瘀症状，而增加对药“葛根配丹参”。我经过多年临床实践认识到，糖尿病患者多有阴虚内热，故提出创新对药“枸杞子配乌梅”，取酸甘化阴之意，丰富了施氏降糖对药，使其应用更加广泛。
4.践行扶正祛邪、带病延年的治癌理念
当前治疗癌症的手段，常用的是放疗、化疗。我赞同如果有合适的手术指征，可以通过手术将已变异的较大的癌瘤切除，使其不能分泌毒素，危害机体。如果有合适的放疗、化疗指征，在少伤正气的原则下，适当的放疗、化疗是可以的。因为手术、放疗、化疗后，有一段时间是癌症与人体正气相对平衡的阶段，也就是带癌生存阶段。这时经过中医治疗，用中药扶植正气，给细胞创造一个顺畅的、平静的、和谐的生存环境，使患者逐步向好，带病延年。而临床实践也说明了这一点。如果一味地用放疗、化疗消除癌瘤，把人体正气损伤到不可恢复的底线（再生线），不能维持正常生理，此时癌瘤仍然不能完全消除，人体正气再也不能恢复，前途就悲观了。这里要说明的是，掌握手术指征及放化疗的分寸是关键。
我主张选用中药扶正是调摄气血，使之通畅，而不是一味补养。根据研究报道，癌细胞吸收营养的能力是正常细胞的40倍，有的患者在癌症后期服用补汤、补养药品，反而使癌瘤迅速增长。