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黑格尔的逻辑学的三部分“存在论”、“本质论”、“概念论”，不仅是《逻辑学》这一著作的目录区分，同时也表示了逻辑学的研究对象——“具体概念”自我发展和自我认识过程中的三个阶段或环节。黑格尔关于对立面的同一和矛盾的思想，虽然主要是在第二部分“本质论”中专门论述的，但实际上贯穿于三个部分，它是黑格尔逻辑学的整个指导思想。
“具体概念”是按照由抽象到具体、由简单到复杂和由肯定（正）到否定（反）以至否定之否定（合）的途径而发展着的，因此，逻辑学的三部分也是按照这个途径而顺序排列起来的。
“存在论”是逻辑学的第一部分。“存在”是“具体概念”自我发展和自我认识过程中的“正”的阶段，其中的范畴在整个逻辑学的三部分中是最抽象、最简单的。“存在”的阶段相当于我们现实的人对于客观事物的表面的、直接的认识阶段，在这个阶段里，认识尚未进入事物的背后和深处。不过，黑格尔所讲的认识过程，不是指现实的人对客观物质世界的认识过程，而是指的“纯概念”或“具体概念”自我认识的过程。
“本质论”是逻辑学的第二部分。“本质”是“具体概念”自我发展和自我认识过程中的“反”的阶段，“本质论”中的范畴比较具体而复杂。“本质论”的阶段相当于我们现实的人对于客观事物的内部的、间接的认识阶段，在这个阶段里，认识达到了事物的背后和深处。关于“存在”和“本质”两阶段的这种关系和区别，黑格尔在《大逻辑》中曾经说了一段很透彻的话：“存在的真理是本质。存在是直接的东西。由于知识要认识存在之自在自为的真理，它就不停滞于直接的东西及其规定上，而是带着这样一个预见，透过到它里面，即预见在存在的背后还有某种异于存在本身的东西，预见这个背后的根据构成存在的真理。这种认识是一种经过中介的［间接的］知识，因为这个认识不是直接地处于本质那边和处于本质之中，而是从一个他物即从存在开始，并且，这个认识有一条先行的道路，即超出存在之外或者毋宁说进入存在之内的道路。只因知识从直接的存在中出来回想自己，它才通过这种中介发现本质。”
这段话很清楚地表明，“存在”是直接的、表面的认识阶段，“本质”则是间接的、内部的认识阶段。在后一阶段里，认识不只是一个表层，而是由表层深入到里层，所以这种认识也可以说是“双层的”。黑格尔说：“在存在里，一切都是直接的，在本质里，一切都是相对的。”
这里的“相对”，有成双、成对的意思。“存在论”中的范畴，“质”、“量”、“度”等等，在黑格尔看来，都是直接的范畴，它们好像彼此独立自在而不互相依赖。例如，“质”和“量”就是如此，表面上彼此各自独立、互不相干，说到某物是水（质），表面上不必涉及它的温度（量）。而“本质论”中的范畴，如“本质”和“现象”、“同一”和“差别”、“内”和“外”、“原因”和“结果”，等等，则都是相对的，它们即使在表面上看来，也是彼此不可分离地结合在一起的。说到“本质”，立刻就要涉及“现象”，说到“内”，立刻就要涉及“外”，如此等等。它们就像配偶似的总是成双成对地出现。因此，黑格尔说，在“存在论”中的范畴是“过渡的”（übergehende），“在‘存在’的范围里，当某物成为别物时，则某物便消逝了”
。而在“本质”的范围里，“我们没有真正的别物，但只有殊异，一个范畴与它的对方的联系”
。“在本质的阶段里的各范畴已不复过渡，而只是相互联系。”
意思就是说，在“存在论”中，从一个范畴到另一个范畴，表面上是从一个东西“过渡”到另一个东西，因为另一范畴同自己是不相干的“别物”；在“本质论”中，从一个范畴到另一个范畴，则是更进一步说明自己，而不是“过渡”到另一个东西，因为对立面是同自己紧密联系的。
但是，对“存在论”中的范畴的这种看法只是表面的，实际上，“存在论”中的一切范畴和其他部分的范畴一样，都是互相联系的，其中一个必然因内在矛盾而转化为另一个。所不同者，只是“在‘存在’的范围里，各范畴间的联系只是潜伏的”
，其间的矛盾亦是“潜伏着的”
；在“本质”的范围里，范畴间的联系和矛盾，则不再是“潜在的”，而是“便明白地建立起来了”
。例如，没有“本质”则很“明白地”无所谓“现象”；没有“外”，则很“明白地”无所谓“内”；没有“结果”则很“明白地”无所谓“原因”；如此等等。反之亦然。所以，“本质论”里的范畴，要了解其一，很“明白地”必然要涉及其对方。
逻辑学的第三部分，亦即最后一部分，是“概念论”。“概念”亦即“具体概念”；至此，“具体概念”发展到了自己的最高阶段——“否定之否定”（合）。“概念”是前两个阶段“存在”和“本质”的对立统一。在“本质”的阶段里，此一范畴必然转化为其对方；在“概念”的阶段里，对方即是自身，对方与自身同一；换言之，在“概念”的阶段里，对立面的同一达到了最后完成的地步。
恩格斯说：“对立的相互渗透的规律”“占据了他的《逻辑学》的整个第二部分”
。这并不是说，第一部分“存在论”与第三部分“概念论”没有运用这一规律。在第一部分中，范畴间的对立、矛盾和联系虽然是“潜在的”，但无论如何是实际存在着的：“存在”和“无”、“质”和“量”等等范畴，实际上是互相对立的，其中一个和另一个内在地联系着，也必然地由于内在矛盾而向另一个转化。在第三部分“概念论”中，一方面，对方即是自身，另一方面，对方和自身并非没有区别和矛盾。所以，从“存在”经“本质”到“概念”的整个过程，就是一个对立面矛盾同一的过程；亦即由范畴间表面上缺乏内在联系和内在矛盾到对立面的内在联系和内在矛盾之“明白建立”，又到对立面之绝对同一的过程；同时，“存在”、“本质”、“概念”各阶段，又各自成为一对立面矛盾同一的过程。正因为如此，我们在这一章中所讲的内容，就不可能只限于逻辑学的第二部分，它实际上涉及逻辑学的整体。
资产阶级学者如开尔德（E.Caird）、瓦莱士、斯退士等人认为“存在论”是关于素朴意识之研究，“本质论”是关于科学思想之研究，“概念论”是关于哲学思想之研究。例如开尔德说：“存在”的阶段“相当于我们对事物之最简单的和最素朴的意识”，“本质”的阶段“一般相当于科学的或反省的意识”，“概念”的阶段“相当于哲学”
。瓦莱士说：“第一阶段讨论呈现于感官活动之前的素朴思想”，“第二阶段——本质的存在的阶段——讨论科学的、反省的、或间接的思想”，第三阶段相当于“哲学的或玄思的科学”
。斯退士也说：“存在的范畴粗略地说，是常识和不反省的意识运用来认识世界的概念，本质的范畴是科学所运用的概念，概念的范畴是哲学所运用的概念。”
他们的这些看法是很不确切的。难道“存在”阶段的范畴如质、量、度等等，以及“本质”阶段的范畴如本质和现象、原因和结果等等，不是哲学概念吗？他们不加分析地把常识、科学和哲学作了形而上学的割裂，他们既没有说明从“存在”到“本质”又到“概念”的整个过程是一个对立面矛盾同一的过程，也不了解这三个阶段中的每一阶段又都各自成为一个对立面矛盾同一的过程，更不懂得对立面矛盾同一的规律贯穿于全部认识过程之中。