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【问题解析】
公司设立协议又称发起人协议，是在公司设立过程中，由发起人订立的关于公司设立事项的协议，性质上属于合伙协议。公司章程是指公司必须具备的由发起设立公司的投资者制定的，并对公司、股东、公司经营管理人员具有约束力的调整公司内部组织关系和经营行为的自治规则。在我国，学术界和实务界的通说认为公司章程是公司自治性质的根本规则。公司章程是发起设立公司的投资者就公司的重要事务及公司的组织和活动做出的具有规范性的长期安排，这种安排体现了很强的自治性。违反公司章程，表现为对内部自治规则的违反，当然应当承担相应的责任，甚至法律责任。
设立协议与公司章程之间存在着密切联系，两者的目标高度一致——都是为了设立公司；内容也有许多相同之处，例如，公司名称、注册资本、经营范围、股东构成、出资形式等事项，不仅是公司章程的绝对必要记载事项，而且也是设立协议的主要内容。有的设立协议不仅通过约定上述内容调整协议各方在设立过程中的权利义务、协调各发起人的设立行为，甚至还约定有诸如未来公司的组织机构、股份转让、增资、减资、合并、分立、终止等事项。而且，在实务中，在订立有设立协议的场合，往往是以设立协议为基础制定公司章程，设立协议的基本内容通常都为公司章程所吸收。
公司章程与公司设立协议尽管目标一致，关系密切，但是两者毕竟在性质和功能等方面不同，主要表现出以下几个方面差异：
1.在我国，除采取有限责任公司形态的外商投资企业之外，我国公司法并没有将公司的设立协议规定为有限责任公司设立环节必备的法律文件。因此，对于通常的有限责任公司，公司设立协议是任意性文件；而公司章程则是必备性文件，任何公司成立都必须以提交章程为法定要件。需要注意的是，新公司法规定股份有限公司发起人应当签订发起人协议，该规定具有强制性。
2.设立协议是不要式法律文件，作为当事人之间的合同，主要根据当事人的意思表示形成，其内容更多地体现了当事人的意志和要求，需要遵守合同法的一般规则；而公司章程则是要式法律文件，公司章程自治是以不违反法律、行政法规为前提的。公司章程必须依据公司法制定，是公司登记必须报送的文件之一，要经过有关政府部门必要的形式审查甚至实质审查，因此，公司章程的自治性是相对的。
3.公司设立协议与公司章程的效力也不同。从效力的范围来看，由合同或协议的相对性决定，设立协议由全体发起人订立，调整的是发起人之间的关系，因而只在发起人之间具有法律约束力；而公司章程调整的则是所有股东之间、股东与公司之间、公司的管理机构与公司之间的法律关系，其中包括制定章程时的原始股东和章程制定后加入公司的新股东，都受章程的约束。从效力的期间来看，设立协议调整的是公司设立过程的法律关系和法律行为，因而它的效力期间是从设立行为开始到设立过程终止，公司的成立即意味着协议的终止；而公司章程的效力则及于公司成立后整个的存续过程，直至公司终止。
正是因为设立协议与公司章程作用的范围与效力期间均不相同，故在不同的调整领域内，不可能发生冲突。当发起人协议于章程规定事项发生重合，并出现不一致时，效力又如何呢？发起人协议属于内部协议，其内容不为协议当事人以外的他人所知晓。章程则不同，其记载的所有内容都是可以为公众所知悉的。公司章程须经登记，这本来就是章程公开性的一种表现；在公司日常经营过程中，股东有权查阅公司章程，我国《公司法》第97条和第98条均做了相应规定；公司章程还是公司公开发行股票或者公司债券时必须披露的文件之一；而且，公司和公司登记机关应当采取措施，方便公司的股东及潜在的投资者、债权人及交易对象以不同的方式从不同的途径了解公司章程的内容。所以，章程与设立协议发生冲突时，应以章程规定为准。但如果相关内容，设立协议中有规定，公司章程未涉及但又属公司存续或解散之后可能会遇到的事项，相应的条款可继续有效，但效力只应限于签定协议的发起人或原始股东。
设立协议的使命在公司成立后已告结束，只有根据《公司法》第31条规定：“有限责任公司成立后，发现作为设立公司出资的非货币财产的实际价额显著低于公司章程所定价额的，应当由交付该出资的股东补足其差额；公司设立时的其他股东承担连带责任。”（资本充实责任），第95条（三）：“在公司设立过程中，由于发起人的过失致使公司利益受到损害的，应当对公司承担赔偿责任。”（损害赔偿责任），在需要确定发起人对公司责任的有无与大小时还有意义，除此之外不再有效。这种效力的终止是自觉失效的，无需额外提起中止与解除设立协议的变更之诉。实务中，当事人在公司成立后，以设立协议为依据提起诉讼请求，如追究股东出资义务、请求确认设立协议无效而解散公司等，均得不到法院支持。
【依据援引】
《中华人民共和国公司法》
第三十一条 有限责任公司成立后，发现作为设立公司出资的非货币财产的实际价额显著低于公司章程所定价额的，应当由交付该出资的股东补足其差额；公司设立时的其他股东承担连带责任。
第九十五条 股份有限公司的发起人应当承担下列责任：
（一）公司不能成立时，对设立行为所产生的债务和费用负连带责任；
（二）公司不能成立时，对认股人已缴纳的股款，负返还股款并加算银行同期存款利息的连带责任；
（三）在公司设立过程中，由于发起人的过失致使公司利益受到损害的，应当对公司承担赔偿责任。