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【问题解析】
这个问题涉及到公司法规定中的一个较普遍的问题：即公司法允许股东之间自由转让出资，但是股东间转让出资后可能因大股东的反对又无法修改章程、无法变更工商登记，遇到这个问题该怎么处理？
首先我们来看，大股东能否否认股东间转让协议的效力。转让协议是股东间相互转让出资的合同，是股东权的应有内容。只要双方达成真实意思表示，内容不违反公司法的有关规定，并且章程没有作出相反规定，应确认为有效，该转让协议无需其他股东同意，其他股东不能以未修改公司股东名册与章程、未经股东大会决议及未经工商行政管理部门变更登记手续为由否认出资转让协议的效力。股东名册变更、公司章程的修改只是转让协议对公司生效的内部手续问题，即只有依法办理相关手续，股东才能与公司脱离关系。而对第三人而言，则是以工商行政管理部门登记为准，只有在工商行政管理部门变更股东登记后才产生公信力，转让方才不再是公司的股东。在公司被吊销营业执照停止经营时，第三人可以以工商行政管理部门的登记为准向已转让出资的股东主张权利，要求出资转让方承担清算责任，此时出资转让方不能以股东内部已经转让出资自己非公司股东为由拒绝承担清算责任。这是转让协议的对外效力问题。
正如我们前面分析的一样，公司章程规定了公司的目的、宗旨、业务范围、资本数额、公司机构及其职权、股东的姓名或者名称及其权利义务。制定公司章程既是公司内部管理的需要，也是便于与外界交往和受外界监督管理，它是公司的自治规则。章程一经订立，即制约公司、股东、董事、监事及高级管理层。但要使章程生效，必须经每一股东签字。根据《公司法》第33条规定，股东变动导致与原章程内容有所不符，应修改公司章程，后参加的公司股东亦应在公司章程或章程修正案上签名盖章。并且，股东变动属于公司变更登记事项，根据《中华人民共和国公司登记管理条例》第24条规定，公司变更登记事项涉及修改公司章程的，应当提交修改后公司章程或者公司章程修正案，自股东发生变动之日起30日内申请变更登记。
其次，公司虽由各股东投资组建而成，但又独立于股东，具有法人人格，其民事权利能力与民事行为能力不同于公司各股东，我们在处理公司内部事务时应当将股东行为与公司行为加以区别。股东通过召开股东大会形成股东会决议行使股东权，而公司则是通过其法定代表人的行为作为或不作为。《公司法》第38条规定修改章程应由其股东会作出决议，属股东权利的行使，没有股东会形成修改章程的决议，公司自己无法、也不能修改章程。股东会通过决议形式修改公司章程，绝不等于公司自己行使这项权利。新公司法第44条规定修改章程的决议必须经2/3以上表决权的股东通过，这充分说明公司修改章程的主体是各位股东，并不是公司本身。
最后，公司大股东依公司法规定在召开股东会议、决定是否修改公司章程时可投反对票，而法律又规定股东之间可以自由转让出资，这就产生股东权利的行使与法律规定之间的冲突。我们前面分析了公司章程修改与否不影响股东之间出资转让协议的效力。大股东不同意变更公司章程的请求，实质是不同意股东间转让出资，违反了公司法的规定，属滥用股东权利，不应得到法院支持。这一点在新《公司法》第74条中得到了明确：“依照本法第七十二条、第七十三条转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。”
综上所述，公司章程的修改，应由股东会作出决议，在未作出决议之前，公司不能擅自修改公司章程，由于公司与股东主体不同，法院不得直接判决公司修改章程。公司法为保护股东权利，允许股东间基于善意自由转让出资，特别是小股东自由转让出资的权利。故只要公司股东内部转让是依法进行，不存在恶意损害公司和其他股东利益的行为，其他股东，尤其是处于绝对控制地位的大股东，就应对章程中涉及转让出资变更股东的事项无条件作出修改的决议，不需再经股东会表决通过的形式进行认可。这是新公司法的一个突破。
【依据援引】
一、《中华人民共和国公司法》
第三十三条 有限责任公司应当置备股东名册，记载下列事项：
（一）股东的姓名或者名称及住所；
（二）股东的出资额；
（三）出资证明书编号。
记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利。
公司应当将股东的姓名或者名称及其出资额向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。
第三十八条 股东会行使下列职权：
（一）决定公司的经营方针和投资计划；
（二）选举和更换非由职工代表担任的董事、监事，决定有关董事、监事的报酬事项；
（三）审议批准董事会的报告；
（四）审议批准监事会或者监事的报告；
（五）审议批准公司的年度财务预算方案、决算方案；
（六）审议批准公司的利润分配方案和弥补亏损方案；
（七）对公司增加或者减少注册资本作出决议；
（八）对发行公司债券作出决议；
（九）对公司合并、分立、解散、清算或者变更公司形式作出决议；
（十）修改公司章程；
（十一）公司章程规定的其他职权。
对前款所列事项股东以书面形式一致表示同意的，可以不召开股东会会议，直接作出决定，并由全体股东在决定文件上签名、盖章。
第四十四条 股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。
股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。
第七十二条 有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。
经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
第七十三条 人民法院依照法律规定的强制执行程序转让股东的股权时，应当通知公司及全体股东，其他股东在同等条件下有优先购买权。其他股东自人民法院通知之日起满二十日不行使优先购买权的，视为放弃优先购买权。
第七十四条 依照本法第七十二条、第七十三条转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。
二、《中华人民共和国公司登记管理条例》
第二十四条 公司变更登记事项涉及修改公司章程的，应当提交修改后公司章程或者公司章程修正案，自股东发生变动之日起三十日内申请变更登记。