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行政诉讼法第六十三条规定了提起再审程序的条件。该条规定：“人民法院院长对本院已经发生法律效力的判决、裁定，发现违反法律、法规规定认为需要再审的，应当提交审判委员会决定是否再审。上级人民法院对下级人民法院已经发生法律效力的判决、裁定，发现违反法律、法规规定的，有权提审或者指令下级人民法院再审。”该条规定了本院院长或者上级法院认为已经发生法律效力的裁判违反法律、法规规定的，可以提起审判监督程序。
在行政审判实践中，经常遇到如何理解行政诉讼法该条中“违反法律、法规规定”的问题。对此《若干解释》第七十二条规定：“有下列情形之一的，属于行政诉讼法第六十三条规定的‘违反法律、法规规定’：（一）原判决、裁定认定的事实主要证据不足；（二）原判决、裁定适用法律、法规确有错误；（三）违反法定程序，可能影响案件正确裁判；（四）其他违反法律、法规的情形。”
该条第一项规定的“事实”，主要指法院在裁判中认定被告作出具体行政行为的事实，而不是指具体行政行为针对的相对人的行为事实。法院在审查被诉具体行政行为是否合法时关注的核心应当是，被告如何认定相对人的行为性质并作出相应的具体行政行为的事实。“主要证据不足”这一概念，源于行政诉讼法第五十四条的规定，只是两者指向的对象不一样。
该条第（二）项规定的“适用法律、法规错误”，同样指的是裁判中适用法律、法规错误，而不是被告作出具体行政行为适用法律、法规错误。这一点，似乎比较好理解。对此，有的学者提出这样的问题：法院或者行政机关事实上适用了某个法律条文，但在法律文书中没有引用，是否构成“适用法律、法规确有错误”。对此，有的学者认为，法院裁判和行政机关作出具体行政行为，若在法律文书中没有引用相关的法律规范，应当视为缺乏法律、法规依据，属于适用法律、法规错误。有的学者认为，只要法院裁判与行政具体行政机关作出的具体行政行为是正确的，不一定要求其必须在法律文书中引用法律规范。
笔者认为，对行政机关和法院的要求应当有所区别。由于目前法律对行政机关作出具体行政行为的载体（通常为行政法律文书）没有统一的要求，如果行政机关作出的具体行政行为，事实上适用了合法的法律规范，只是在法律文书中未予引用，则可以视为程序上的瑕疵，不认为是适用法律、法规错误。当然，这一观点仅仅是基于目前我国法治条件所作的判断，与严格的法治原则是相冲突的。对于法院裁判的要求则不同。法院作出的裁判不引用相关的法律规范，即使实体上是正确的，也应当视为适用法律、法规错误。
该条第（三）项规定争议比较大。有的学者认为，只要法院的审理与裁判行为违反法定程序，就应当视为违反法律、法规规定，不应以是否影响案件正确裁判为前提。况且，行政诉讼法规定，法院对违反法定程序的被诉具体行政行为应当撤销，为什么还要允许法院违反法定程序。我们认为，行政诉讼法第五十四条规定的“违反法定程序”，并不排斥行政机关对程序瑕疵可以补正。我们不能从字面上机械理解这个问题。我们认为，《若干解释》有关“可能影响案件正确裁判”的表述不严谨。这种表述带有很强的主观性，在很多情况下，法院审理案件违反法定程序，是否可能影响案件的正确裁判，是很难判断的。在此款中，还不如引入行政法的术语“程序上的瑕疵”更为合适。该项可以表述为：“违反法定程序，但存在程序上瑕疵的除外”。
再审程序的引起往往是基于当事人的申诉。行政诉讼法未对当事人申诉的期限作限制。在审判实践中，当事人的申诉一般不受时间限制。《若干解释》第七十三条对此作了限制。该条规定：“当事人申请再审，应当在判决、裁定发生法律效力后2年内提出。”“当事人对已经发生法律效力的行政赔偿调解书，提出证据证明调解违反自愿原则或者调解协议的内容违反法律规定的，可以在2年内申请再审。”该条第一款借鉴1991年民事诉讼法第一百八十二条的规定，两者内容完全相同。该条第二款是有关当事人对调解书申请再审的期限的规定。根据该款的规定，当事人对已经发生法律效力的行政赔偿调解书提出再审申请，应当具备两个条件：一是证明调解违反自愿原则；二是证明调解协议的内容违反法律规定。否则，即使在调解书发生法律效力的2年内，也不能申请再审。作此规定，主要是基于行政赔偿的调解是各方当事人自愿协商形成的，当事人提出再审，实际上相当于对自愿达成的协议的反悔。因此，原则上不允许当事人对行政赔偿调解书提出再审申请。在司法解释起草的过程中，曾有学者主张删去第二款，但这种主张没有被采纳。
关于法院在接到当事人的再审申请后，应当如何进行审查和处理的问题。《若干解释》第七十四条规定：“人民法院接到当事人的再审申请后，经审查，符合再审条件的，应当立案并及时通知各方当事人；不符合再审条件的，予以驳回。”审判实践中，法院驳回当事人再审申请往往采用通知的形式。
总的来说，笔者对目前的申诉制度存在的必要性表示怀疑。我国司法体制的基本框架是四级法院、二审终审。当事人向上级法院无限制地提出申诉与二审终审制是相冲突的。大量的申诉案件使高级法院和最高人民法院疲于奔命，严重影响了高级法院和最高人民法院审理案件的效率，而且无限制的申诉制度也使审级的设置失去了原有的意义。目前申诉制度不但没有被削弱，反而加强了。但笔者认为，申诉制度不是解决问题的根本。
关于检察机关提出抗诉的问题，《若干解释》第七十五条规定：“对人民检察院按照审判监督程序提出抗诉的案件，人民法院应当再审。”“人民法院开庭审理抗诉案件时，应当通知人民检察院派员出庭。”
《若干解释》对检察院提起抗诉作上述规定，主要依据有两个：一是行政诉讼法第十条规定，“人民检察院有权对行政诉讼实行法律监督”；二是行政诉讼法第六十四条规定，“人民检察院对人民法院已经发生法律效力的判决、裁定，发现违反法律、法规规定的，有权按照审判监督程序提出抗诉。”
从理论上讲，笔者反对检察院在行政诉讼中拥有抗诉权，检察院行使抗诉权与行政诉讼的基本理论是相冲突的。但基于行政诉讼法已经规定了检察机关的抗诉权，我们还是有必要讨论一下，检察机关如何行使抗诉权的问题。根据《若干解释》的规定，只要检察院提出抗诉，法院就应当进行再审，这一规定与民事诉讼法的规定基本相同。《若干解释》第七十五条第二款的规定与1991年民事诉讼法第一百八十八条的规定在文字表述上略有不同。民事诉讼法是这样规定的，“人民检察院提出抗诉的案件，人民法院再审时，应当通知人民检察院派员出席法庭”。而《若干解释》规定的是“派员出庭”。“出庭”与“出席法庭”文字上的含义不同。“出庭”往往指的是当事人到法庭参加诉讼，而“出席法庭”可以作两种的理解：一种理解是，检察院派员作为当事人之一参加诉讼；一种理解是，检察院派员在法庭旁听席上就座。在行政审判实践中，检察院参加诉讼会带来很多问题。一是检察院是否可以收集证据，检察机关参与收集证据是否可能免除行政机关的举证责任。例如，在庭审的过程中，行政机关不能对其作出的具体行政行为举证，法院应当判决行政机关败诉，而检察机关却可能举出证明行政机关具体行政行为合法的证据。二是检察机关提出抗诉往往是基于当事人的申诉，检察机关在诉讼过程中一般站在一方当事人的角度发表诉讼意见，这对于对方当事人而言显然是不公平的。三是检察机关发表抗诉词后，其他当事人可能会发表反驳意见。法庭若不允许检察机关答辩，将可能使检察机关的抗诉失去意义；允许检察机关答辩，将导致诉讼当事人关系的混乱。因此，总的来说，检察机关参加诉讼是一件非常尴尬的事情。有的法院反映，连检察员在法庭上的位置摆设都成问题。之所以出现这些问题，主要是因为检察院的抗诉行为与其职责自相矛盾。检察院是国家的公诉机关。在刑事诉讼中，检察院代表国家行使对罪犯的追诉权。而在行政诉讼中，法院对被诉具体行政行为的合法性进行审查，由认为自身合法权益被行政机关的具体行政行为侵害的公民、法人或者其他组织提起行政诉讼，并参加诉讼。法律没有必要赋予检察机关提出抗诉的权力。因此，我们认为，在行政诉讼法已经赋予检察机关抗诉权的情况下，应当尽量限制检察机关在行政诉讼过程中的活动范围。一般情况下，在检察机关发表抗诉词之后，法庭应当让其退出审判区，不宜让其参加法庭的调查和辩论。
法院通过审判监督程序所作的裁判的效力依再审案件的性质不同而有所区别。《若干解释》第七十六条规定：“人民法院按照审判监督程序再审的案件，发生法律效力的判决、裁定是由第一审人民法院作出的，按照第一审程序审理，所作的判决、裁定，当事人可以上诉；发生法律效力的判决、裁定是由第二审人民法院作出的，按照第二审程序审理，所作的判决、裁定是发生法律效力的判决、裁定；上级人民法院按照审判监督程序提审的，按照第二审程序审理，所作的判决、裁定是发生法律效力的判决、裁定。”“人民法院审理再审案件，应当另行组成合议庭。”该条的规定源于1991年民事诉讼法第一百八十四条的规定。该条第一款规定包含三个方面的内容：第一，法院按照审判监督程序再审案件，是针对第一审法院作出的生效裁判的，再审时，应当按照第一审程序审理，当事人对法院通过再审程序所作的裁判不服，可以提出上诉。第二，法院按照审判监督程序再审案件，是针对第二审法院作出的生效的裁判的，再审时，应当按照第二审程序审理，作出的裁判为生效裁判，当事人不服，不得提出上诉。第三，上级法院认为下级法院的生效裁判错误，按照审判监督程序提审的，应当按照第二审程序进行审理，无论针对的是第一审法院还是第二审法院作出的生效裁判，上级法院通过再审作出的裁判为生效裁判，当事人不服，不得提出上诉。
《若干解释》还对审判监督的其他相关程序性问题作了规定。《若干解释》第七十七条规定：“按照审判监督程序决定再审的案件，应当裁定中止原判决的执行；裁定由院长署名，加盖人民法院印章。”“上级人民法院决定提审或者指令下级人民法院再审的，应当作出裁定，裁定应当写明中止原判决的执行；情况紧急的，可以将中止执行的裁定口头通知负责执行的人民法院或者作出生效判决、裁定的人民法院，但应当在口头通知后10日内发出裁定书。”该条第一款规定，主要是为了解决法院决定再审时，应当裁定中止原判决的执行的问题。该条第二款规定主要为了解决上级法院决定提审或者指令下级法院再审时，应当作出裁定，并且裁定中应当明确中止原判决执行的问题。另外第二款还规定了法院在紧急的情况下，可以以口头的方式通知负责执行的法院或者作出原裁判的法院停止执行。该款规定为法院因情况紧急需要停止执行，而又无法及时作出裁定，以口头形式通知停止执行提供了法律依据。该款同时规定，该法院应当在口头通知后10天内发出裁定书。我们认为，这一期限的规定，似乎太宽松了。法院既然要提起再审程序，而且发出了停止执行的通知，应当尽快发出裁定书。
关于法院再审中如何对原错误裁判作出处理的问题，《若干解释》第七十八条作了规定：“人民法院审理再审案件，认为原生效判决、裁定确有错误，在撤销原生效判决或者裁定的同时，可以对生效判决、裁定的内容作出相应裁判，也可以裁定撤销生效判决或者裁定，发回作出生效判决、裁定的人民法院重新审判。”该条规定了法院在审理再审案件时，认为原生效判决、裁定确有错误的情况下，应当撤销原生效判决或者裁定。同时，法院可以作出两种处理：一是直接对原生效裁判的裁判对象作出相应的裁判。例如，对原审被诉具体行政行为的合法性作出判决，对原审原告提起的行政诉讼裁定予以受理等。二是法院认为案件事实不清，可以发回作生效裁判的法院重新审理和裁判。对于该条规定，学者们的分歧不大。《若干解释》的规定为再审法院提供了两种处理方式，符合行政审判实践的基本状况。但《若干解释》没有规定何种情况下法院可以直接作出裁判，何种情况下法院应当发回重审。我们认为，对此不宜规定一个具体的标准，而应当视情况而定。通常情况下，若原审裁判的错误只是法律问题的，再审法院可以直接作出裁判。在原审裁判的错误涉及事实问题，再审法院难以对相关的事实问题进行明确的认定，以及原审存在程序性的问题可能影响案件正确裁判的情况下，再审法院应当将案件发回作出生效判决、裁定的法院重审。
关于法院在二审或者再审程序中，认为原审法案受理、不予受理或者驳回起诉错误，应当如何处理的问题，《若干解释》第七十九条规定：“人民法院审理二审案件和再审案件，对原审法院受理、不予受理或者驳回起诉错误的，应当分别情况作如下处理：（一）第一审人民法院作出实体判决后，第二审人民法院认为不应当受理的，在撤销第一审人民法院判决的同时，可以发回重审，也可以迳行驳回起诉；（二）第二审人民法院维持第一审人民法院不予受理裁定错误的，再审法院应当撤销第一审、第二审人民法院裁定，指令第一审人民法院受理；（三）第二审人民法院维持第一审人民法院驳回起诉裁定错误的，再审法院应当撤销第一审、第二审人民法院裁定，指令第一审人民法院审理。”
根据该条第（一）项的规定，第二审法院认为第一审法院不应当受理行政案件的，应当撤销第一审法院的判决，同时可以将案件发回第一审法院重审，也可以直接作出驳回起诉的裁定。笔者认为，有关一审法院是否存在受理错误的问题，二审法院一般能够作出正确的判断，在二审法院有充分的理由认为一审法院受理案件错误的情况下，二审法院应当直接裁定驳回原告的起诉。若二审法院认为有必要让第一审法院继续通过审查确定是否应当受理，则应当发回一审法院重审。但我们认为，基于诉讼经济的考虑，更多的情况下，二审法院应当直接作出驳回起诉的裁定。
根据该条第（二）项的规定，再审法院认为第一审、第二审法院作出的不予受理的裁定错误，应当撤销这两审的裁定，指令第一审法院受理。此项之所以规定再审法院应当指令第一审法院受理，是为了保护当事人的上诉权。我们认为，该项的规定存在一个问题，即第一审法院根据再审法院的指令，受理当事人的起诉后，可能作出驳回起诉的裁定，而当事人为了寻求司法救济，可能再次上诉，并且有可能因为上诉失败，而第二次寻求审判监督程序的救济。因此，在一般情况下，再审法院应当指令第一审法院审理。只有在极个别的情况下，也就是说，只有当事人的诉权还存在疑点，而且第一审、第二审法院不予受理的裁定又是错误的情况下，再审法院才应当指令第一审法院重新审理。
根据该条第（三）项的规定，再审法院认为第一审、第二审法院驳回起诉的裁定错误，应当撤销第一审、第二审裁定，并指令第一审法院审理。此款规定“指令第一审法院审理”，是因为在这种情况下不存在是否应当受理的问题。我们认为，在审判实践中，该项的内容与第（二）项的内容基本相同。
关于原审法院违反法定程序，再审法院应当裁定发回作出生效裁判的法院重审的情形，《若干解释》第八十条规定：“人民法院审理再审案件，发现生效裁判有下列情形之一的，应当裁定发回作出生效判决、裁定的人民法院重新审理：（一）审理本案的审判人员、书记员应当回避而未回避的；（二）依法应当开庭审理而未经开庭即作出判决的；（三）未经合法传唤当事人而缺席判决的；（四）遗漏必须参加诉讼的当事人的；（五）对与本案有关的诉讼请求未予裁判的；（六）其他违反法定程序可能影响案件正确裁判的。”
该条第（一）项的规定包括两种应当回避而没有回避的情形：一是当事人提出回避申请，相关人员应当而没有回避；二是当事人没有提出回避申请，相关人员应当回避而没有回避。《若干解释》有关回避问题的严格规定，与最高人民法院一再强调的维护司法公正的指导思想是相统一的。
该条第（二）项规定适用于一审和二审。一审案件在没有涉及国家机密以及个人隐私的情况下，一般均应当开庭审理。根据《若干解释》第六十七条第二款的规定，当事人对原审人民法院认定事实有争议的，或者第二审人民法院认为原审人民法院认定事实不清楚的，第二审人民法院应当开庭审理。
该条第（三）项、第（四）项、第（五）项规定的情形均构成违反行政诉讼的重要法定程序。法院审理案件违反这些重要的法定程序，再审法院应当裁定发回重审。该条第（六）项的规定是一个兜底条款，该项规定有两个层次的含义：一是原审法院违反法定程序，二是对案件的正确裁判可能产生不利影响。需要说明的是，第（六）项的规定不影响第（一）项至第（五）项规定的规范作用，也就是说，法院违反了该条第（一）项至第（五）项的规定，即使不影响案件的正确裁判，再审法院同样应当发回重审。
关于再审案件应当如何遵循审限的问题，《若干解释》第八十一条规定：“再审案件按照第一审程序审理的，适用行政诉讼法第五十七条规定的审理期限。再审案件按照第二审程序审理的，适用行政诉讼法第六十条规定的审理期限。”这是一条提示性的规定。
关于延长审限的问题，《若干解释》第八十二条规定：“基层人民法院申请延长审理期限，应当直接报请高级人民法院批准，同时报中级人民法院备案。”行政诉讼法第五十七条和第六十条仅规定基层法院审理行政案件，有特殊情况需要延长审限的，由高级人民法院批准，但未规定是先报中级法院再由中级法院报高级法院批准，还是直接报高级法院批准等具体程序。《若干解释》第八十二条规定明确了这个问题，基层法院申请延长审限应当直接报高级法院批准，同时还需报中级法院备案。