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当事人在行政诉讼中有权进行辩论。
当事人在行政诉讼中有权进行辩论，针对案件的争议焦点充分发表各自的诉讼意见。
1992年9月，刘燕文在获得北大的硕士学位和毕业证书后，继续留在北大无线电电子学系攻读博士学位，主攻方向为电子物理，其导师是以吴氏理论著称于世的光电阴极专家、中国科学院院士吴全德。由于实验仪器未能准时到位，刘燕文的论文推迟了半年才答辩。对刘燕文的博士论文——《超短脉冲激光驱动的大电流密度的光电阴极的研究》——的审查经过了三道程序：一是博士论文答辩委员会的审查（当时7位委员全票通过）；二是北大学位评定委员会电子学系分会的审查（当时13位委员中12票赞成，1票反对）；三是北大学位评定委员会的审查（北大学位评定委员会委员共计21位，对刘文进行审查时到场16位委员，6票赞成，7票反对，3票弃权）。根据1996年1月24日北大学位评定委员会的审查结果，决定不授予刘燕文博士学位，只授予其博士结业证书，而非毕业证书。并且这一决定结果未正式、书面通知刘燕文，他为此曾多次向系、校有关部门询问未获得学位的原因，也曾向国家教育部反映情况，均未得到答复。1997年他向法院起诉，法院以“尚无此法律条文”为由不予受理。1999年7月，他从报上看到“北京科技大学本科生田永诉学校拒发两证行政诉讼案，田永胜诉”一事的报道后，带着报纸再次到法院立案，案件被法院受理了。
案件第一次开庭时，刘燕文独自面对北大两位诉讼代理人——北大研究生院常务副院长周其凤和法学院行政法学副教授湛中乐，第二次开庭时何海波与何兵两位北大法学院行政法学博士生作为其代理人出庭，由此在法院展开了“学子告北大，学生辩先生”的别开生面的一幕。第二次庭审之始，原告将诉讼请求由：（1）请求法院责令北大撤销其拒绝颁发博士学位证书和毕业证书的决定；（2）请求法院责令北大颁发博士学位证书和毕业证书变更为：①请求法院责令撤销北大拒绝颁发其博士学位证书和毕业证书的决定；②请求法院判令北大颁发博士毕业证书并责令北大对刘燕文博士学位的授予予以重新审查。这一问题略经法庭辩论，被法庭认可。
综合两次开庭，主要对以下问题展开调查与辩论：
1.本案是否已过诉讼时效？对此被告辩称，校学位评定委员会的行政行为是1996年1月24日作出的，现在已经是1999年11月，因此已经过了诉讼时效。原告辩称，自1996年知道该行政行为后，多次找校方、法院寻求救济，直到1999年10月校方才给予了一个“研究结果”，因此，适用诉讼时效中断的规定，本案在诉讼时效之内。
2.校学位评定委员会对博士论文的审查应为程序性审查，还是实质审查？被告辩称，校学位评定委员会的行政行为经过了国务院教育部的授权，并且委员的组成、表决程序等方面都符合法律的规定，是合法的行政行为。又因校学位评定委员会对于各院系分会的提议，有权否决，有权通过，也有权要求其重新审查，因此这种审查属于实质性审查。原告认为，校学位评定委员会的人员组成及其人员的知识结构决定了其审查不可能是实质性审查，而应当是程序性审查。由此，在答辩委员会和学位委员会电子学系分会通过对刘燕文博士论文的评定并且建议校学位评定委员会颁发博士学位的情况下，校学位评定委员会只要通过对其的程序性审查，就应当颁发刘燕文的博士学位。
3.校学位评定委员会的行政行为是否违法，包括其行政行为的作出是否遵循了正当程序和决定是否有法律依据？被告辩称，校学位评定委员会在人员组成、无记名投票等过程中都遵守了有关法律的规定，符合法律的正当程序。原告认为，被告在拒绝给原告颁发博士学位证书之后，又拒绝给予原告申辩、申诉的机会，也未充分地告知原告拒绝给其颁发博士学位证书的理由，该行政行为违反了法律的正当程序原则。对于法律依据，被告辩称，校学位评定委员会的行政行为是有法律依据的，根据《学位条例》的有关规定，学位的授予必须经过校学位评定委员会委员的过半数同意，而原告刘燕文的博士论文未获得校学位评定委员会委员的半数通过，在16位投票委员中，只有6票赞成，未达到半数，因此作出对其拒绝授予博士学位的决定是于法有据的。原告认为，批准的决定与不批准的决定都应当以过半数的票数通过才属有效。校学位评定委员会共有21名委员，对刘燕文论文的反对票只有7票，远未达到全体成员（21位委员）的半数，甚至没有达到出席人员（16位）的半数，因此，不能作出不批准的决定。故作出对其拒绝授予博士学位的决定于法无据。
4.颁发毕业证书与颁发博士学位证书是否关联？被告辩称，根据北大的有关规定，只有在博士论文获得通过的情况下，始能获得博士毕业证书，也即“二者是同时的”。原告的博士论文未获通过，所以不予颁发毕业证书。原告认为，北京大学的规定既不符合国家把学历证书和学位证书分开的立法精神，更不符合《研究生学籍管理规定》第33条对颁发学历证书的条件的具体规定，而《北京大学研究生学籍管理实施细则》在行政法上属于规章以下的规范性文件，其违反了法律和规章，法院不应适用。
最后，第二次开庭经过三个多小时的庭审和简短的休庭评议，法院当庭作出最终结论。
法院经审理认定，高等学校作为公共教育机构虽然不是法律意义上的行政机关，但是，其对受教育者颁发学业证书与学位证书等的权力是国家法律所授予的。北京大学作为国家批准成立的高等院校，在法律、法规授权的情况下，享有代表国家对受教育者颁发相应的学位证书的权力。北京大学根据《中华人民共和国学位条例》第9条的规定，设立北京大学学位评定委员会，北京大学学位评定委员会依据《中华人民共和国学位条例》第10条第2款的规定，依法行使对论文答辩委员会报请授予博士学位的决议作出是否批准的决定权，这一权力专由该学位评定委员会享有，故该学位评定委员会是法律授权的组织，具有行政诉讼的被告主体资格。校学位委员会作出的是否授予博士学位的决定，将直接影响到刘燕文能否获得北京大学的博士学位证书，故北京大学学位评定委员会应当确定为本案的适格被告。
被告作出不批准决定后，刘燕文曾向其反映不同意见，被告提出让刘燕文等候答复，但直到刘燕文起诉时止，被告一直未向刘燕文作出明确的答复，故原告刘燕文的起诉未超出法定的诉讼时效。学位证书是国家授权的教育机构授予个人的一种终身的学术称号，表明学位获得者所达到的学术或专业学历水平，学位授予单位应当按照《中华人民共和国学位条例》第9条的规定作出。原告刘燕文于1992年9月取得北京大学攻读博士学位研究生学籍，其按照北京大学制订的培养方案和要求，学习了规定的课程，完成了学校制订的教学计划，考试合格后，进入论文答辩阶段，其论文经过评阅和同行评议，被认为达到博士论文水平，同意进行答辩。之后，刘燕文通过了论文答辩和系学位分委员会的审查，系学位分委员会在作出表决“建议授予博士学位”后提交校学位委员会讨论。北京大学学位评定委员会经投票，作出了不批准学位论文答辩委员会报请授予刘燕文博士学位的决议的决定，但该决定未经校学位委员会全体成员过半数通过，违反了《中华人民共和国学位条例》第10条第2款的规定的法定程序。本案被告校学位委员会在作出不批准授予刘燕文博士学位前，未听取刘燕文的申辩意见；在作出决定之后，也未将决定向刘燕文实际送达，影响了刘燕文向有关部门提出申诉或提起诉讼权利的行使，该决定应予撤销。北京大学学位评定委员会应当对是否批准授予刘燕文博士学位的决议，依法定程序审查后重新作出决定。一审法院判决撤销被告北京大学学位评定委员会作出的不授予原告刘燕文博士学位的决定；并责令被告北京大学学位评定委员会于判决生效后3个月内对是否批准授予刘燕文博士学位的决议审查后重新作出决定。
一审判决后，北京大学学位评定委员会提出了上诉。二审法院经过审理，以原审法院未能查清诉讼时效问题为由，作出了撤销原判、发回重审的裁定。一审法院经过重审，最终以刘燕文的起诉超过了法定的诉讼时效而裁定驳回了其起诉。
《行政诉讼法》第9条规定了行政诉讼中的辩论原则。辩论原则是指在人民法院主持下，当事人有权就案件的事实和争议问题，各自陈述自己的主张和根据，互相进行反驳和答辩。辩论原则不应当与法庭辩论相混淆和等同，除法庭辩论外还有起诉和答辩，陈述和反陈述，都是实行辩论原则的具体表现。辩论的形式有口头和书面两种。例如，法庭辩论主要是采用口头形式；原告提起诉状，被告和第三人提出答辩状，就是采用书面形式。辩论的内容，主要是围绕实质性问题，即围绕本案争议的标的进行辩论，包括事实和适用法律问题。同时，对程序性方面的问题也可以进行辩论，例如，原告刘燕文诉被告北京大学学位评定委员会一案中，庭审中双方当事人首先就原告起诉是否已过诉讼时效的程序性问题进行了辩论。辩论在人民法院主持下进行，一方面，人民法院应当充分保障双方当事人行使辩论权利；另一方面，人民法院对违反辩论程序、妨害诉讼的，依法有权采取必要的措施。
我国行政诉讼辩论原则的规定借鉴了民事诉讼对于辩论原则的规定。辩论原则不同于辩论主义，辩论原则的具体含义包括以下几个方面的内容：（1）辩论权是当事人的一项重要的诉讼权利。即原告、被告和第三人对诉讼请求均有陈述事实和理由的权利，并有针对对方当事人的陈述和诉讼请求进行反驳和答辩的权利，以维护自己的合法权益。（2）辩论原则贯穿于行政诉讼的全过程，包括一审、二审和再审程序。（3）辩论的表现形式可以是口头形式，也可以是书面形式。口头辩论又称“言辞辩论”，主要集中在法庭审理阶段。（4）辩论的内容既可以是实体方面的问题，也可以是程序方面的问题。（5）人民法院在诉讼过程中应当保障当事人充分行使辩论权。
辩论原则对裁判的形式和法官的行为具有很强的约束力。裁判必须以当事人在辩论中提出的事实和证据为基础，法官必须尊重当事人对审理对象所作的选择，不得在当事人主张的事实和提出证据之外主动提出事实和证据，使其成为约束性的辩论原则。辩论的直接效果是使作为整个行政诉讼核心的辩论程序真正得以实化，有效控制庭审前的隐性诉讼活动和审判过程中裁判者的“黑箱操作”，以维护行政诉讼原告的合法权益。同时，通过辩论使得各方当事人对自己实体权利和诉讼权利的处分能够得到完整和充分的体现。
法庭辩论不等同于辩论原则，但法庭辩论是辩论原则的集中表现。例如原告刘燕文诉被告北京大学学位评定委员会不服不批准授予博士学位决定案中，虽然法院最终以时效问题裁定驳回了原告的起诉，但一审法院在第二次开庭审理中就案件是否已过诉讼时效、校学位评定委员会对博士论文的审查应为程序性审查还是实质审查、校学位评定委员会的行政行为是否遵循了正当程序和决定是否有法律依据、颁发毕业证书与颁发博士学位证书是否关联等有关程序性和实体性的四个方面争议焦点展开充分庭审辩论，对行政诉讼辩论原则的理解与贯彻具有典型的示范意义。
《行政诉讼法》虽然规定了辩论原则，但却缺乏具体制度的设计，尤其对于法庭辩论方式和顺序没有相应的规定。在现行的司法审判实践中，庭审程序一般分为法庭调查、法庭辩论和最后陈述三个阶段，而庭审的大部分时间是用在法庭调查阶段。针对我国现行的法庭调查和法庭辩论分立的庭审构造，有学者认为这种庭审构造过于僵化，割裂了行政案件审理中事实的调查与事实问题、法律问题辩论的关联性。关于法庭调查和法庭辩论的关系，在大陆法系和英美法系国家中，都没有在庭审中将案件的法庭调查和法庭辩论相分立的做法。在大陆法系国家中，在公开的法庭上，采用言词的方式进行言词辩论原则；在英美法系国家中，庭审的过程就是证据调查和法庭辩论混合的过程。在我国的现行诉讼体制下，行政诉讼法庭审中推行交叉询问尚不可行，询问主要是法官职权询问，辅以当事人询问。法官在审理过程中可以随时向当事人、证人等进行询问，经法官同意，当事人可以询问证人和对方当事人。在行政诉讼的庭审构造中，应当强化法庭辩论阶段，法庭辩论实行言词辩论的方式，法庭辩论采取原告及其诉讼代理人发言、被告诉讼代理人发言或答辩、第三人及其诉讼代理人发言或答辩、相互辩论的顺序进行，在辩论终结后，审判长按照原告、被告、第三人的先后顺序征询各方当事人的最后辩论意见。