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人民法院审理行政案件，对具体行政行为是否合法进行审查。
人民法院审理行政案件是对具体行政行为的合法性进行审查，并结合原告诉讼请求对被诉具体行政行为合法性作出裁判。
市公安交通管理局与市公安局公共交通分局于1999年1月15日联合作出《关于对本市出租汽车进行1999年集中年度检验工作的通知》，通知其下属有关部门和各出租汽车经营者对全市的出租汽车进行集中年度检验，时间为1999年1月20日至当月31日。为此，市公安交通管理局制定通知明确出租汽车与小公共汽车每年集中检验两次，上半年检验的车辆，计算机有效期一律录入到1999年8月，下半年检验的车辆一律录入到2000年3月。同时，还要求对尾气严重超标、车况特别差，虽经治理检测合格的车辆，可以决定在上半年年度内增加一次临时检验。
原告平和出租汽车公司按照规定于1999年1月24日、25日，接受市公安交通管理局车辆管理所市北分所的年度检验。市公安交通管理局车辆管理所市北分所对平和出租汽车公司送检的49辆红叶中巴出租汽车进行了检验。1999年1月25日，平和汽车出租公司在领取车检合格证及行驶证时，市公安交通管理局车辆管理所市北分所将该公司的49辆红叶中巴出租汽车的行驶证有效期限确定为1999年5月，并将前一日已经签发的行驶证有效期限改为1999年5月。平和汽车出租公司认为市公安交通管理局车辆管理所市北分所改变其出租汽车行驶证期限的行为违法，遂向法院提起诉讼，要求法院确认被上诉人1999年1月24日至25日对其49辆中巴出租汽车错定使用年限及行驶期限的行政行为违法。
一审法院经审理认为，对所辖地区的机动车进行年度检验是被告的法定职责，其应当依法进行。原告认为被告的工作人员告知其49辆红叶中巴出租汽车6年报废的主张事实证据不足。根据市公安交通管理局车辆管理所的文件，被告对尾气严重超标和车况特别差的机动车，有增加检验的权力。被告提交了认定原告的49辆出租汽车尾气超标和车况差的证据，可以证明增加一次检验的行政行为没有违反法律和行政法规的规定。同时，被告的工作人员通知原告增加一次检验没有书面记录，属于执法程序不严谨。一审法院依照《行政诉讼法解释》第27条第（4）项、第56条第（4）项之规定，判决驳回原告平和汽车出租公司的诉讼请求。
原告平和汽车出租公司不服，认为一审判决认定事实不清，适用法律不当，提起上诉。二审法院经审理后认为，一审判决不符合《行政诉讼法》第5条的规定，判决撤销了一审判决。
二审法院认为，案件争议的焦点问题是被上诉人市公安交通管理局车辆管理所市北分所对上诉人平和汽车出租公司的年度检验行为的合法性问题，其为平和汽车出租公司增加一次年检的行政行为是否违法，以及平和汽车出租公司提出的市公安交通管理局车辆管理所市北分所错误确定该49辆车行驶年限的诉讼主张是否成立。被上诉人作为公安部交通管理机关，在对机动车进行检验中，有权依据相关规定对机动车进行临时检验。市公安交通管理局与市公安局公共交通分局联合签发的《关于对本市出租汽车进行1999年集中年度检验工作的通知》是行政主管部门为行政管理工作的开展，统一、规范全市的执法标准而制定的，从社会环境综合治理角度出发，该内容不存在不合理或不合法的问题，该文件适用本案。出租汽车是高运营类车辆，被上诉人市公安交通管理局车辆管理所市北分所作为主管部门，为保障出租汽车的正常运营秩序，维护相关人的合法权益，必须对此类车辆加强管理。被上诉人根据平和汽车出租公司此次49辆出租汽车的检测结果，及车辆存在尾气严重超标、车况特别差等情况，为保障该批出租汽车的正常行驶，决定将该批出租汽车的有效行驶期限确定在1999年5月，并将已经核发的车辆行驶证上的有效行驶期限从1999年8月提前至当年5月，该具体行政行为没有违反国家法律、法规或规章的规定，是有效的行政管理行为。而上诉人作为机动车的所有人，在合法、有效的范围内，应当按照车辆管理机关规定的期限接受检验。其在诉讼中认为被上诉人对其增加一次年检的行政行为违法的诉讼主张没有法律依据。一审判决虽然已经明确了市公安交通管理局车辆管理所市北分所“增加一次检验的行政行为没有违反法律和行政法规的规定”，但一审法院在判决主文中回避了上诉人请求法院确认被诉具体行政行为违法的诉讼请求，不符合《行政诉讼法》第5条的规定，依法予以纠正。二审法院依照《行政诉讼法》第5条及《行政诉讼法解释》第62条第1款、第57条第1款、第70条的规定，判决：一、撤销一审行政判决；二、确认市公安交通管理局车辆管理所市北分所于1999年1月24日、25日为上诉人北京市平和出租汽车公司所有的49辆红叶中巴出租汽车签注车辆行驶期限的具体行政行为有效。
《行政诉讼法》第5条的规定体现了行政诉讼的合法性审查原则。合法性审查原则是我国行政诉讼的基本原则，是行政法治原则在行政诉讼领域的体现。人民法院在受理行政争议时，对被诉具体行政行为是否合法进行审查并作出裁判。合法性审查的范围只限于被诉具体行政行为，而且只就合法性作出裁判，不涉及行政行为的合理性问题。
行政诉讼的合法性审查原则表明人民法院根据《行政诉讼法》的规定取得了对行政机关的行政行为进行受理、调查、审理和判决等各项审判权力。人民法院有权接受公民、法人或者其他组织对行政机关的具体行政行为效力所提出的异议，有权对被诉具体行政行为进行审查，并依法确认该行为是否合法，肯定或者否定具体行政行为原有的效力。合法性审查原则是我国《行政诉讼法》建立司法审查制度的明显标志。同时，司法权此种高于行政权的效力具有范围和程度的限制：（1）法院审查的对象仅限于具体行政行为，而不包括抽象行政行为；（2）法院对具体行政行为的审查原则上只限于合法性，而不包括合理性；（3）合法性审查原则决定人民法院的一审判决，主要采用维持、撤销或履行判决形式，人民法院只有权对显失公正的行政处罚判决变更。合法性审查既是法律对司法权监督和制约行政权的授权，也是对司法权监督和制约行政权的限制，人民法院可以也只有在合法性审查的前提下对行政权进行监督和制约，超越合法性审查的范围就是超越法律授权的范围。
我国行政诉讼法的合法性审查原则抓住了行政诉讼的本质属性和独特结构，行政诉讼中法院所要解决的虽然形式上是官民之间的争端，但本质上却是另一个国家机关——行政机关行使行政职权作出的行政行为的效力问题。合法性审查构成了行政诉讼的一条主线，成为我国行政诉讼的中心原则，它划定了司法权的基本界限，构筑了司法审查的基本方向，为行政机关行使职权确定了基本标准。
近年来，随着我国民主法治的逐步完善和行政诉讼制度的快速发展，学术界和实务界对合法性审查限定于具体行政行为提出了两种方式的异议：一种方式是变革式异议，另一种方式是解释性异议。前者着眼于修改和完善我国《行政诉讼法》，认为将我国受案范围限定于具体行政行为，既不利于对抽象行政行为的监督，也不利于保护公民的合法权益，同时也不符合法治发展潮流，从而力主修订法律将抽象行政行为也纳入合法性审查的范围之内。后者致力于在现存制度下扩大合法性审查的内涵，其根据是“受案范围与法院对案件的审查范围根据是不相同的，后者的外延大于前者，法律不允许人民法院受理对普遍性行政措施不服提起的诉讼，但法律并没有排斥人民法院在受理对具体行政行为不服提起的诉讼中，审查与之相关的普遍性行政措施的权力。”以上两种方式虽途径不同，但目标都旨在扩大合法性审查的内容。相比之下，旨在从根本上消除具体行政行为这一限制条件的建议，在近年来得到了越来越多的支持与回应。
自《行政诉讼法》颁布以来，《行政诉讼法》第54条关于人民法院有权对显失公正的行政处罚予以变更的规定，究竟属合法性审查还是合理性审查，一直是争论的焦点之一。从我国行政诉讼判决类型分析，维持判决和撤销判决是主导的判决形式，属典型的合法性审查；而变更判决所产生的后果是司法替代行政作出判断，与简单的肯定或否定行政行为效力判决形式不同，属特殊的例外判决形态。公正本身就是一个合理性问题，但《行政诉讼法》第5条只规定了合法性审查，就其规定而言，没有为合理性审查留下余地。与合法性审查相对应，合理性审查是合法性审查的例外和补充，指法院对形式上不违法，但实质上违反法律公正合理原则要求的具体行政行为作出变更判决。因此，变更判决是一种涉及自由裁量权的判决，是对形式上并不违法，但实质上违反法律公正合理原则要求的具体行政行为的司法审查的结果。就其实质上分析，仍属于合法性审查的范畴。同时，司法审查实质是在处理法院与行政机关在法律观点方面的关系。
法官对被诉具体行政行为进行合法性审查时，应当充分尊重行政机关在其行政管理专业范围内所作的判断，而不应轻易地以自己的判断代替行政机关的判断。法院要尊重行政机关对事实的判断，原因在于行政机关工作人员是某一行政领域的专家，尊重行政机关对事实的判断，就是尊重专长和知识。在法院和行政机关具有不同的专业和技能优势的情况下，对于带较强专业技能事项的审查，法院应采取尊重态度；而对法院法律适用方面的优势事项，法院可以享有更大程度的审查权。例如赵某等23名业主诉被告某区消防处不服消防审核意见一案，某区消防监督处依据金源鸿大公司的申请，对远大路居住区1—5号楼燃气锅炉房工程作出《建筑工程消防设计审核意见书》（以下简称“审核意见”），同意申请中所涉及工程设计的消防设施。赵某等23名业主入住金源鸿大公司开发的5号楼后，发现一层设有锅炉房，对自己的生活存在安全隐患。经向消防部门查询，得知该锅炉房的设计经过了某区消防处的审核。赵某等23名业主认为，某区消防处作出的“审核意见”违反国家标准《高层民用建筑设计防火规范》的规定，请求法院判令撤销某区消防处作出的“审核意见”中关于5号楼锅炉房的审核部分。法院经审理认为，《标准化法》规定，对需要在全国范围内统一的技术要求，应当制定国家标准。国家标准分为强制性标准和推荐性标准。《高层民用建筑设计防火规范》是国家技术监督局和中华人民共和国建设部联合发布、实施的强制性国家标准，必须执行。《高层民用建筑设计防火规范》对于“受条件限制”的规定，显然具有不确定性。被告作为消防行政主管部门，在其职权范围内对于不确定因素享有判断余地，其根据经验法则作出的判断、推论，系行政合理性问题。依据《行政诉讼法》第5条规定，人民法院审理行政案件，对具体行政行为是否合法进行审查，因此，行政合理性问题不属于人民法院对于行政行为合法性进行审查的范围。被告作出的“审核意见”，按照《高层民用建筑设计防火规范》的强制性规定，对第三人金源鸿大公司提交的申请及设计方案进行了审核，并提出具体技术要求，履行了《消防法》及公安部《建筑工程消防监督审核管理规定》所确定的职责及程序，其行为合法，故判决驳回原告赵某等23人的诉讼请求。在本案中，对“受条件限制”的专业技术判断即为判断余地中的高度专业性判断，公安机关消防部门的技术力量比较雄厚，而行政审判的法官缺乏相应的专业知识，因此，在对公安机关消防部门的专业技术判断进行司法审查时，法院应当尊重公安机关消防部门的判断余地。
由于行政事务的广泛性和复杂性，立法机关不可能制定出详尽周密的法律来满足行政管理各个方面的需要。即使有相应的法律规范存在，也不可能对行政活动的每一个环节甚至所遇到的突发情况，作出事无巨细、详尽无遗的全面规范。因此，判断余地的出现不可避免。对于行政机关对判断余地的理解，司法审查既是必要的，也是有限的。