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事业单位人事争议的有关法律适用问题，一直以来都是司法实务中的难点问题。为统一裁判尺度，2003年，最高人民法院发布了《关于人民法院审理事业单位人事争议案件若干问题的规定》（法释［2003］13号），明确规定了事业单位与其工作人员之间因辞职、辞退及履行聘用合同所发生的争议，适用劳动法的规定，为人民法院依法妥善审理人事争议纠纷案件提供了法律依据。在总结以往司法实践经验的基础上，2007年通过的劳动争议调解仲裁法也规定了“事业单位实行聘用制的工作人员与本单位发生劳动争议的，依照本法执行；法律、行政法规或者国务院另有规定的，依照其规定”，进一步明确了人事争议案件的法律适用规则。此后，最高人民法院发布的《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（三）》（法释［2010］12号）、《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（四）》（法释［2013］4号）对于人事争议案件中的一些具体问题作了规定，但对于人事争议仲裁时效期间的计算问题并没有涉及，导致审判实务中对这一问题存有较大争议。
2012年，四川高院以川高法［2012］430号函，就事业单位人事争议仲裁时效如何计算问题请示最高人民法院。四川高院对这一问题形成两种意见：第一种意见认为，事业单位人事争议仲裁时效期间为一年，此为倾向性意见。理由大致为：第一，事业单位人事争议仲裁时效应当适用劳动法的相关规定。根据《最高人民法院关于事业单位人事争议案件适用法律等问题的答复》（法函［2004］30号）（以下简称《人事争议答复》），人民法院审理事业单位人事争议案件的程序，应当适用劳动法的相关规定；人民法院对事业单位人事争议案件的实体处理，应当适用人事方面的法律规定，但涉及事业单位工作人员劳动权利的内容在人事法律中没有规定的，适用劳动法的有关规定。因此，事业单位人事争议的仲裁时效属于程序问题，应当适用劳动法的相关规定，仲裁时效期间应确定为一年。第二，按照“上位法优于下位法”的原则，应当适用“一年”的规定。虽然《人事争议处理规定》第十六条对事业单位与其工作人员之间因解除人事关系、履行聘用合同发生争议的仲裁时效规定为六十日，但2008年5月1日施行的《劳动争议调解仲裁法》第二十七条规定：“劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。”依照立法法第七十九条的规定，“法律的效力高于行政法规、地方性法规、规章”。因此，按照“上位法优于下位法”的原则，人事争议仲裁时效应当适用“一年”的规定。
第二种意见认为，事业单位人事争议仲裁时效为六十日。理由大致为：第一，时效问题不是程序问题，而是实体问题。诉讼时效制度是规定在民法通则中，而非民事诉讼法中，表明时效问题属于实体方面的问题。而且，《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第三条规定，“当事人未提出诉讼时效抗辩，人民法院不应对诉讼时效问题进行释明及主动适用诉讼时效的规定进行裁判”，也表明时效应当是实体而非程序问题。仲裁时效与诉讼时效性质相同，也应当是实体问题。第二，人事争议仲裁时效在有明确规定的前提下，不应适用劳动争议调解仲裁法规定的一年时效。国家有关部门对于人事争议的仲裁时效规定是明确的，不仅2007年当时的规定是六十日，且2011年修正的《人事争议处理规定》，仍然规定“当事人从知道或应当知道其权利受到侵害之日其六十日内，以书面形式向有管辖权的人事争议仲裁委员会申请仲裁”，并未采用一年的仲裁时效期间。根据《人事争议答复》的规定，人民法院对事业单位人事争议案件的实体处理，应当适用人事方面的法律规定，只有在人事法律中没有规定的情况下，才适用劳动法的有关规定。因此，在国家有关部门对人事争议仲裁时效明确规定为“六十日”的前提下，不应适用劳动争议调解仲裁法规定的一年时效。
最高人民法院研究室经研究后认为，事业单位人事争议仲裁时效如何计算问题在审判实践中存有一定争议，有待进一步明确。鉴于这一问题在审判实践中具有一定普遍性，且与事业单位工作人员的合法权益维护息息相关，有必要通过制定司法解释予以规范，以统一裁判标准。经报最高人民法院院领导审批正式立项后，研究室开展了深入调研，并先后征求了全国人大常委会法工委、人力资源和社会保障部及最高人民法院有关部门意见，起草了《批复》，经最高人民法院审判委员会审议通过，予以发布施行。