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公司被普遍认为是拟制的法人，具有独立的民事主体资格和独立的财产，能够独立从事民事活动。股东向公司缴纳出资后即丧失对出资的控制，公司获得了股东出资的所有权，股东则按照出资比例或约定的其他比例从公司分配股息和红利。股东获取投资收益这一目标的实现，需要以公司的经营稳定为基础。因此，作为公司的决策机关，股东会、股东大会或董事会的决议一般应得到遵守。
但公司作为一个法律实体而存在，并不意味着公司可以完全摆脱股东的控制，股东权利保护的理论基础在于“公司在本质上公司是股东投资的工具，股东是公司的所有者权益享有者”。
强化股东权保护有利于激发广大民事主体投资热情，能够有效拉动投资需求，刺激国民经济平稳、快速、可持续发展，也有利于完善公司治理，促进公司活动走向法治，还有利于推动国有企业公司制改革。
因此，赋予股东对公司决议提出异议的权利，也是合乎法治精神的。这就意味着保护股东尤其是中小股东权利与维持公司经营稳定之间存在难以避免的冲突，也正因为公司法律关系中利益冲突的无处不在，有学者将公司法的核心使命界定为“如何平衡公司法律关系中的强者与弱者、被代理人（本人）与代理人之间的利益关系”。
公司决议存在内容或程序瑕疵时，在救济股东权利与维持公司经营稳定之间必须作出取舍。
股东权利的实现需要以公司经营稳定为基础，而对公司决议效力的尊重是维持公司经营稳定的前提。且公司决议一旦形成，“公司就以该决议有效为前提形成后续法律关系，产生诸多利害关系人，决议的撤销可能破坏多方面的法律关系，尤其会对信赖决议的善意第三人利益造成损害，破坏第三人对公司决议效力的合理信赖，危害交易安全和法律秩序的稳定”。
正是基于对公司决议效力的尊重，多个国家在公司法修订过程中引入了裁量驳回制度，对股东请求撤销公司决议的条件进行限制。该制度最早于1938年《日本商法》修订时确立，
2005年修订的《日本公司法》第831条第2款作了规定。一般认为，该制度允许法院在公司决议瑕疵确实存在时仍裁决驳回股东撤销公司决议的请求，但须满足以下条件：一是决议的瑕疵为股东大会召集程序或决议方法违反法令或章程，二是该瑕疵不重大，三是该瑕疵对决议结果不构成影响。
英国议会2006年通过的《公司法》也在第313条第1款规定：“如果公司发出成员大会或意图在会议上被提出决议的通知，在确定会议或决议通知是否被适时发出时，任何偶然未能向一人或数人发出的通知应当不予考虑。”
我国台湾地区在2001年修订“公司法”时也将裁量驳回制度增补为第189条之一。韩国公司法则将裁量驳回制度进一步扩大适用于股东请求确认公司决议无效的情形，“关于设立无效、撤销之诉以及决议撤销、无效之诉等一部分诉讼，即使原告的主张有理由，法院考虑各种情况，可以裁量驳回起诉，按原告的请求判决和尊重已经形成的法律关系的利益衡量中，可以将团体法律关系的稳定优先”。
我国公司法第二十二条第三款规定，公司有权要求提起撤销公司决议之诉的股东提供担保，也是出于维持公司经营稳定的考虑。有学者甚至认为，应将尽量维持公司决议效力作为公司决议效力裁判的审判原则之一，裁判者不能仅以公司决议存在形式瑕疵就废除决议的效力，还要在实质上审查公司决议的形式瑕疵是否导致了实质上的不公平。
在提起决议撤销之诉的情形中，如果召集程序或者决议方法虽然违反法令或者公司章程，但是如果违反的事实并不严重，且不影响决议的公正时，法院可以驳回起诉。
表决权比例意味着股东对公司的控制程度，大股东或控制股东持有的表决权比例较高，在公司决议作出过程中能够行使较大的控制权。因此，平衡控制股东与中小股东权利的法律制度通常也围绕表决权展开，如中小股东通过累积投票、表决权征集等方式，能尽量避免对其不利的公司决议的作出。但资本市场的基本原则就是股权平等、同股同权，持有表决权比例较高的股东通常出资额较大，应在公司决议作出过程中拥有与其持股比例相当的表决权比例，除非其自愿放弃。而少数股东的表决权对表决结果是微不足道、可有可无的，他应当“合理”忍受这种多数决的事实，程序公正对他而言确实没有太多的实际价值，除非他是具有超强劝说能力的天才或采取诸如表决权征集之类的行为。
在司法实践中，股东所持表决权比例也是法院是否支持其撤销或确认公司决议无效请求的一个重要事由。我国台湾地区“最高法院”在2009年台上字第311号判决中驳回了股东撤销股东会决议的请求，认为“公司召开系争股东临时会，股东出席率为86.75%，经出席股东83.63%之同意通过讨论事项，股东之表决权显不足以影响系争股东临时会之决议，该股东临时会纵有违反召集程序或决议方法，其违反之事实非属重大且于决议无影响”。
依照我国公司法第四条的规定，股东享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。股东享有的权利包括自益权和共益权，自益权指对所持股份进行处分、分配股息和红利的权利，共益权则指股东因参与公司经营管理而享有的知情权、表决权等。股东共益权的实现仰赖于公司决议的作出，而自益权一般由股东自行处分即可。
一般来说，如果瑕疵公司决议侵犯了异议股东的自益权，或者以公司决议的形式取消了异议股东或其代表担任公司某种职务（如法定代表人）的资格，异议股东获得救济的可能性较大，如果瑕疵公司决议侵犯的仅是异议股东出席股东会、股东大会或董事会会议的权利，或者表决权等共益权，应当尽可能作出有利于维持公司经营稳定的价值判断。
异议股东权利因瑕疵公司决议而受损的程度通常也是瑕疵公司决议是否被撤销或确认无效的重要事由。如某股东或其代表原任公司法定代表人，后股东会决议变更法定代表人，但在决议作出前并未通知该股东，该股东亦未行使表决权，此种瑕疵公司决议即是从根本上损害了股东的权利，这种情况下应当优先保护股东权利。又如公司作出了增加注册资本的决议，但在股东会召开时并未通知全体股东，侵犯的仅是未获通知股东的或有权利，公司原股东即使有权优先认购增资，是否认购亦不确定，瑕疵公司决议并未损害其已经持有的股权，且公司增资后经营已发生变化，应以维持公司经营稳定为重。
为督促当事人及时行使权利，保障交易安全和交易秩序的稳定，各国民事诉讼法律制度都设定了当事人寻求权利救济的诉讼时效。诉讼时效的基本价值是合理配置有限的司法资源、确立公权力对私权利提供救济的界限、平衡权利人与义务人之间的利益关系。
虽然确认公司决议无效纠纷是否适用诉讼时效尚存争议，
但如果股东在公司决议作出较长时间后才提起确认无效之诉，法院有理由认定其怠于行使权利，从而作出有利于维持公司经营稳定的裁决。而在公司决议撤销纠纷中，各国公司立法都设立了除斥期间，如我国公司法规定为60天，我国台湾地区“公司法”规定为30天。