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多年来，社会各界包括全国人大代表对修改环境保护法提出了不少意见和建议，但各方面对这部法如何定位和如何修改存在较大分歧。有意见认为，环境保护领域的法律已经比较多，许多单行法律的规定已覆盖了环境保护法的内容，环境保护法可以“寿终正寝”了，没有必要再作修改，当务之急是根据环境保护的实际需要，修改相关环境保护单行法。由于社会各界对环境保护法如何定位未形成共识，导致环境保护法的修改迟迟未提上日程。近年来，多数意见认为，环境保护法实施二十多年来，对保护和改善环境发挥了重要作用，对其他环境保护单行法的制定也有重要影响；其他环境保护单行法的许多规定是对环境保护法确立的制度的具体化，如果废止环境保护法，就没有一部对各单行环保法律起统领作用的基础性法律。从其他国家的立法情况看，有的国家既有环境要素方面的法律，也有起统领作用的环境政策法。因此，保留并修改环境保护法是有必要的。综合不同意见，环境保护法的修改最初是以修正案的形式提交全国人大常委会审议的，目标是对这部法律的部分条文进行有限修改，着重解决这部法律与其他环境保护单行法的不一致问题。随着修正案进入正式审议程序和向社会公开征求意见，常委会组成人员和社会各方面对如何修改这部法提出了很多好的意见和建议；在立法过程中，我国连续出现了影响区域广、持续时间长的严重雾霾污染现象，公众对环境保护法的修改有了更多的期待。面对环境的严峻形势，如果环境保护法的修改停留在解决法律之间的衔接问题上，没有提出针对性措施解决当前突出问题，这样的修改就没有回应社会的呼声和人民群众的期待。一审后党的十八大召开，提出要大力推进生态文明建设，为修改好这部法提供了新视角和新高度。因此，常委会根据审议意见和各方面的意见，及时调整修改思路，从第二审时就对修正案草案作了较大幅度的修改，第三次审议时将修正案草案改为修订草案，对该法进行全面修订。修订后的法律条文从47条增加到70条，原法律条文中只有几条完全未作修改。从有限修改到全面修订，反映了社会各界和立法机关对这部法的认识在不断加深。
修订前的环境保护法较多地侧重于污染防治，主要制度都是围绕工业污染防治设计的，涉及生态保护的内容相对较少，或者多为与自然资源保护法律的衔接性规定。这种立法思路，符合当时的环境状况和设计者对环境问题的认识，但显然已不符合目前环境保护的需要。经过三十多年的快速发展，现在我国面临的不仅仅是环境污染问题，由于资源过度开发利用和大规模的建设活动，生态破坏也非常严重。生态环境是人类赖以生存和发展的基础，关系到经济社会的可持续发展。改革开放以来，我国采取了一些措施保护和改善生态环境，如植树造林、防沙治沙、水土保持、草原建设等，取得了积极效果，但生态形势依然严峻。如滥砍滥伐导致森林面积减少，植被破坏；土壤、植被破坏导致水土流失严重；气候变化和人类活动导致土地荒漠化；环境污染和外来物种入侵导致生物多样性减少；还有水资源的短缺，地下水位下降；等等。因此，保护环境必须防治污染和保护生态并重。这次修订，按照建设生态文明的新理念和新要求，从理念、制度和措施等方面在很大程度上强化了生态保护的内容，使这部法在生态保护和防治污染两个方面发挥统领作用。
在修改过程中，各方面一致认为应当将环境保护法定位为环境领域起统领作用的综合性、基础性法律，主要解决环境保护领域的共性问题，如明确环境保护的理念、基本原则和基本制度；具体制度则可以由其他单行法规定。如果未来编纂环境法典，环境保护法可以作为法典的总则。同时，大家还认为，修改环境保护法还应兼顾解决环境领域的突出问题，要有现实针对性的措施，增强法律的可操作性，使法律修改后能够有效发挥作用。修订后的环境保护法较好地兼顾了这两方面的需要，既有重要的基础性的环保制度，也有现实针对性的措施。如针对跨行政区域的环境污染问题、企业“违法成本低”的问题等。对于前者，修订后的环境保护法明确建立联合防治协调机制，实行统一规划、统一标准、统一监测、统一的防治措施；对于后者，修订后的环境保护法规定了按日计罚、行政拘留等措施，加大了对企业违法排污的处罚力度。