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《最高人民法院关于审理行政许可案件若干问题的规定》（以下简称本解释）是审理行政许可案件的专项司法解释。2009年11月9日最高人民法院审判委员会第1476次会议通过，自2010年1月4日起施行。本解释主要规定了以下几个方面的内容：
本解释第一条规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关作出的行政许可决定以及相应的不作为，或者行政机关就行政许可的变更、延续、撤回、注销、撤销等事项作出的有关具体行政行为及其相应的不作为侵犯其合法权益，提起行政诉讼的，人民法院应当依法受理。根据本条规定，下列案件属于行政许可诉讼案件：
1.准予行政许可的决定。行政机关对行政许可申请进行审查后，除当场作出行政许可决定的外，应当在法定期限内按照规定程序作出行政许可决定。一般而言，行政许可相对于得到许可的行政相对人来说是一种授益性行政行为，而相对于未得到许可的相对人来说则是一项限制性行政行为。尤其是在特定的排他性行政许可中，行政许可行为必然会影响其他申请人取得许可证照，进而影响其获得相应的权益。这时，行政许可行为直接影响到了该行政许可领域内的公平竞争权益人。即认为赋予他人行政许可的行为实际造成了限制或剥夺其公平竞争权的人，可就其行政许可的公平申请权或要求排除赋予他人排他性许可的独占权而依法提起行政诉讼。
2.变更行政许可的决定。被许可人要求变更行政许可事项的，应当向作出行政许可决定的行政机关提出申请；符合法定条件、标准的，行政机关应当依法办理变更手续。如果行政机关未经被许可人申请作出变更行政许可的决定、行政机关超越被许可人申请变更的行政许可事项作出变更行政许可决定，对利害关系人造成影响的，相关利害关系人得提起行政诉讼。
3.延续行政许可的决定。被许可人需要延续依法取得的行政许可的有效期的，应当在该行政许可有效期届满30日前向作出行政许可决定的行政机关提出申请。但是，法律、法规、规章另有规定的，依照其规定。如果利害关系人认为行政机关延续行政许可的行为影响到其合法权益的，亦得提起行政诉讼。
4.撤回行政许可。公民、法人或者其他组织依法取得的行政许可受法律保护，行政机关不得擅自改变已经生效的行政许可。行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化的，为了公共利益的需要，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可。如果利害关系人认为行政机关撤回行政许可的行为影响到自己合法权益的，得提起行政诉讼。
5.注销行政许可。根据行政许可法第七十条的规定，有下列情形之一的，行政机关应当依法办理有关行政许可的注销手续：行政许可有效期届满未延续的；赋予公民特定资格的行政许可，该公民死亡或者丧失行为能力的；法人或者其他组织依法终止的；行政许可依法被撤销、撤回，或者行政许可证件依法被吊销的；因不可抗力导致行政许可事项无法实施的；法律、法规规定的应当注销行政许可的其他情形。如果利害关系人认为行政机关注销行政许可的行为影响到自己合法权益的，亦得提起行政诉讼。
6.撤销行政许可。根据行政许可法第六十九条的规定，有下列情形之一的，作出行政许可决定的行政机关或者其上级行政机关，根据利害关系人的请求或者依据职权，可以撤销行政许可：行政机关工作人员滥用职权、玩忽职守作出准予行政许可决定的；超越法定职权作出准予行政许可决定的；违反法定程序作出准予行政许可决定的；对不具备申请资格或者不符合法定条件的申请人准予行政许可的；依法可以撤销行政许可的其他情形。被许可人以欺骗、贿赂等不正当手段取得行政许可的，应当予以撤销。依照前两款的规定撤销行政许可，可能对公共利益造成重大损害的，不予撤销。如果利害关系人认为行政机关撤销行政许可的行为影响到自己合法权益的，得提起行政诉讼。
本解释第二条规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关未公开行政许可决定或者未提供行政许可监督检查记录侵犯其合法权益，提起行政诉讼的，人民法院应当依法受理。行政许可法确立了公众对准予行政许可决定和行政机关监督检查记录的查阅权。该法第四十条规定，行政机关作出的准予行政许可决定，应当予以公开，公众有权查阅。行政许可法第六十一条规定：“行政机关应当建立健全监督制度，通过核查反映被许可人从事行政许可事项活动情况的有关材料，履行监督责任。行政机关依法对被许可人从事行政许可事项的活动进行监督检查时，应当将监督检查的情况和处理结果予以记录，由监督检查人员签字后归档。公众有权查阅行政机关监督检查记录。行政机关应当创造条件，实现与被许可人、其他有关行政机关的计算机档案系统互联，核查被许可人从事行政许可事项活动情况。”这两条规定实际上也赋予了公众的知情权，也科以了行政机关的公开义务。需要注意的是，行政许可法第四十条规定的是“准予行政许可决定”，对于不予许可的决定，行政机关没有公开义务。公民、法人或其他组织认为由于行政机关没有公开相关事项侵害其合法权益，提起诉讼的，应当属于人民法院受理范围。
本解释第三条规定，公民、法人或者其他组织仅就行政许可过程中的告知补正申请材料、听证等通知行为提起行政诉讼的，人民法院不予受理，但导致许可程序对上述主体事实上终止的除外。本条是关于程序性行为不可诉的规定。程序性行为是指行政机关在实施行政许可过程中对许可环节的阶段性处理。程序性行为大多属于不以发生法律效果为目的的事实行为。有时被称为“观念通知”。主要体现为行政许可程序中的通知和告知行为。主要是受理申请的通知、准予或者不准予听证的通知、补正材料的通知、告知申辩权、行政许可有关事项的告知等。但是，在特殊情况下，如果行政机关作出的告知、通知行为事实上对公民、法人或者其他组织造成了确定的不利影响，该行为不再是仍将继续进行的程序行为，而是已经终止的、具有确定意义的行政行为。例如，行政许可法第三十一条规定，行政机关不得要求申请人提交与其申请的行政许可事项无关的技术资料和其他材料。行政机关如果在程序中要求申请人提交与行政许可无关的材料，实际上意味着行政机关滥用职权，得为行政诉讼的标的。
1.对批准行为不服时被告的确定。即行政许可依法须经上级行政机关批准，当事人对批准或者不批准行为不服一并提起诉讼的，以上级行政机关为共同被告。这里的“依法”是指依照法律、法规和规章的规定，如果法律、法规和规章没有规定批准程序或者规章以下规范性文件规定的，不适用本条的规定。在行政许可领域，一些法律、法规和规章明确规定特定事项须经上级行政机关的批准，上级行政机关的批准实际上构成了生效法律行为的关键。上级行政机关的批准行为在事实上也对当事人的合法权益产生了实质影响。因此，上级行政机关的批准或者不批准行为属于可诉的行政行为，应当以上级行政机关为被告。如果当事人既对上级行政机关的批准或者不批准行为提起诉讼，又对行政许可行为提起诉讼的，应当以作出行政许可决定的机关和上级行政机关为共同被告。
2.对初步审查和上报行为不服时被告的确定。即行政许可依法须经下级行政机关或者管理公共事务的组织初步审查并上报，当事人对不予初步审查或者不予上报不服提起诉讼的，以下级行政机关或者管理公共事务的组织为被告。这里的“依法”是指依照法律、法规和规章的规定，如果法律、法规和规章没有规定初步审查和上报程序或者规章以下规范性文件规定的，不适用本条的规定。一般情况下，初步审查并上报的行为属于行政内部行为。但是，如果法律、法规和规章对此有规定的，初步审查和上报行为（包括作为或者不作为）就具有一定的外部法律效果，得为可诉的行政行为。初步审查和上报的机关或者组织则为适格被告。这里的“管理公共事务的组织”是指行政许可法第二十三条规定的“法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织”，比如医院、学校、图书馆以及一些公用事业机构等，只承担管理本组织自身事务责任的，不能算作具有管理公共事务职能的组织。“管理公共事务的组织”应当具备以下条件：（1）该组织必须是依法成立的；（2）被授权实施的行政许可事项应当与该组织管理公共事务的职能相关联；（3）该组织应当具有熟悉与被授权实施的行政许可有关的法律、法规和专业的正式工作人员；（4）组织应当具备实施被授权实施的行政许可所必需的技术、装备条件等；（5）能对实施被授权实施的行政许可引起的法律后果独立承担责任，包括对外能够对自己的行为负责，对内有效地管理从事行政许可的工作人员，并接受上级机关的监督。
3.统一办理、联合办理和集中办理情形下被告的确定。行政许可法第二十六条第二款规定，行政许可依法由地方人民政府两个以上部门分别实施的，本级人民政府可以确定一个部门受理行政许可申请并转告有关部门分别提出意见后统一办理，或者组织有关部门联合办理、集中办理。统一办理是指，一级人民政府确定一个部门受理行政许可申请并转告有关部门提出意见，由该部门根据有关部门的意见对申请人予以答复的制度；联合办理是指，涉及多个部门的行政许可事项，由政府组织相关部门联合办公；集中办理是指，由政府指定专门场所，将负有行政许可职责的行政机关集中起来，申请人只需去该场所无需去有关行政机关即可申请材料或者获悉处理结果。在统一办理的情形下，该行政许可行为是经过有关部门分别提出意见之后办理的，体现了统一办理机关、其他有关部门的意志，如果一概由统一办理机关作被告，有失公平。因此，在这种情形下，当事人对行政许可行为不服提起诉讼，以对当事人作出具有实质影响的不利行为的机关为被告。对于联合办理和集中办理情形下被告的确定，亦可参照适用上述条文。
本解释第八条规定，被告不提供或者无正当理由逾期提供证据的，与被诉行政许可行为有利害关系的第三人可以向人民法院提供；第三人对无法提供的证据，可以申请人民法院调取；人民法院在当事人无争议，但涉及国家利益、公共利益或者他人合法权益的情况下，也可以依职权调取证据。第三人提供或者人民法院调取的证据能够证明行政许可行为合法的，人民法院应当判决驳回原告的诉讼请求。本条主要包含以下内容：
1.第三人提供证据的权利。《证据规定》第一条明确，根据行政诉讼法第三十二条和第四十三条的规定，被告对作出的行政行为负有举证责任。被告不提供或者无正当事由逾期提供证据的，视为被诉行政行为没有相应的证据。行政许可行为不仅涉及申请人的合法权益，也可能涉及申请人之外的第三人的合法权益。在司法实践中，有的行政机关与申请人联合起来恶意诉讼，申请人作为原告提起诉讼后，行政机关故意不提供或者无正当理由逾期提供证据，以使法院作出撤销生效行政许可，从而转嫁矛盾，利用司法程序损害第三人的合法权益。对于这种行为，法院应当注意发挥两个能动性：第三人的能动性和人民法院自身的能动性。《证据规定》规定了第三人“提供证据”的权利。对于第三人提供证据能够证明行政行为合法性的，人民法院应当客观公正作出评断。根据行政诉讼法和司法解释的规定，被诉行政行为没有相应证据包括客观上没有相应证据和法律拟制的没有相应证据两种。法律拟制没有相应证据的目的在于惩罚被诉行政机关不依法举证的行为，而非惩罚对被诉行政行为合法性不承担举证责任的第三人。因此，如果人民法院适用《证据规定》第一条的规定可能正中被诉行政机关和原告的下怀，这对对行政许可享有合法权益的第三人是不公平的。因此，第三人如果能够证明被诉行政行为合法的，人民法院应当认定被诉行政行为的合法性。此外，根据《证据规定》的相关规定，第三人既可以申请人民法院调取证据，人民法院也可以依职权调取证据。本条规定仍然存在两个缺陷：（1）第三人既可能是对行政许可享有权利的公民、法人或者其他组织，也可能是与行政许可行为相关的行政机关（类似被告地位的第三人）。本条规定针对的是前者，对于后者没有规定。行政机关作为第三人，由于其与被诉行政许可行为不具有合法权益（一般是行政机关之间的权力关系），一般不适用本条规定。因此，本条中的“与被诉行政许可行为有利害关系的第三人”应当修订为“与被诉行政许可行为有利害关系的公民、法人或者其他组织”，在行政诉讼法上，“公民、法人或者其他组织”是与原告或者起诉人相当的概念。（2）本条第一款规定，人民法院在当事人无争议的情况下也可以依职权调取证据。本条规定的内容实际上涉及的是第三人权利的保护问题，既然涉及第三人权益，原告、被告和第三人之间就不可能“无争议”。并且即便当事人有争议，根据《证据规定》第二十二条的规定，亦不影响人民法院依职权调取证据。因此，“当事人无争议”的限定并无必要。
2.维持判决、确认合法有效判决和驳回原告诉讼请求判决的选择。与被诉行政许可行为具有利害关系的公民、法人或者其他组织或者人民法院调取的证据能够证明行政许可行为合法的，说明原行政许可行为在客观上是合法的。但是由于被诉行政机关没有提供证据或者无正当理由逾期提供证据，法院如果作出维持判决，不利于对被诉行政机关的监督，不利于强化其举证意识，更可能使行政机关在类似案件中出现怠惰举证。因此，法院不宜作出维持判决。同理，法院也不宜作出确认合法有效判决。为了保障被诉行政行为所保障的第三人（主要是公民、法人或者其他组织）的合法权益，法院可以作出驳回原告诉讼请求判决。
本解释第六条规定了不予答复的可诉性，即行政机关受理行政许可申请后，在法定期限内不予答复，公民、法人或者其他组织向人民法院起诉的，人民法院应当依法受理。前款“法定期限” 自行政许可申请受理之日起计算；以数据电文方式受理的，自数据电文进入行政机关指定的特定系统之日起计算；数据电文需要确认收讫的，自申请人收到行政机关的收讫确认之日起计算。这一规定包括以下两个内容：
1.行政机关受理行政许可申请后，在法定期限内不予答复，属于行政不作为，公民、法人或者其他组织不服的，可以提起行政诉讼。行政许可法规定的期限主要包括以下内容：（1）除可以当场作出行政许可决定的外，行政机关应当自受理行政许可申请之日起20日内作出行政许可决定。20日内不能作出决定的，经本行政机关负责人批准，可以延长10日，并应当将延长期限的理由告知申请人。但是，法律、法规另有规定的，依照其规定。行政许可采取统一办理或者联合办理、集中办理的，办理的时间不得超过45日；45日内不能办结的，经本级人民政府负责人批准，可以延长15日，并应当将延长期限的理由告知申请人。（2）依法应当先经下级行政机关审查后报上级行政机关决定的行政许可，下级行政机关应当自其受理行政许可申请之日起20日内审查完毕。但是，法律、法规另有规定的，依照其规定。（3）行政机关作出准予行政许可的决定，应当自作出决定之日起10日内向申请人颁发、送达行政许可证件，或者加贴标签、加盖检验、检测、检疫印章。（4）行政机关作出行政许可决定，依法需要听证、招标、拍卖、检验、检测、检疫、鉴定和专家评审的，所需时间不计算在内。行政机关应当将所需时间书面告知申请人。
2.随着现代通信技术和互联网的发展，申请人可以通过信函、电报、电传、传真、电子数据和电子邮件等方式向行政机关提出申请。行政许可法第二十九条第三款对此作了规定。对于采用数据电文形式申请的，其法定期限的起算日期，借鉴了合同法的有关规定。合同法第十六条规定，采用数据电文形式订立合同，收件人指定特定系统接收数据电文的，该数据电文进入该特定系统的时间，视为到达时间；未指定特定系统的，该数据电文进入收件人的任何系统的首次时间，视为到达时间。由于行政机关往往设置了特定系统，因此，不涉及合同法规定的“未指定特定系统”的情形。如果数据电文需要确认收讫的，该确认收讫的时间应当为起算日期，即自申请人收到行政机关的收讫确认之日起计算。
本解释第七条规定，“作为被诉行政许可行为基础的其他行政决定或者文书存在以下情形之一的，人民法院不予认可：（一）明显缺乏事实根据；（二）明显缺乏法律依据；（三）超越职权；（四）其他重大明显违法情形。”该条规定了以下两个内容：
1.关于行政许可基础行为的合法性审查。基础行为是作为行政许可基础或者前提的行政行为。例如，某行政许可决定作出时，必须以其他行政行为作为基础，后者即为基础行为。基础行为可以是行政许可行为，也可以是行政许可之外的行政行为（例如行政登记等）。在行政许可诉讼中，被诉行政行为是行政许可行为，是否也要对行政许可的基础行为进行合法性审查，司法实践中并不统一。鉴于基础行为是被诉行政许可行为是否合法的重要组成部分，因此不审查基础行为的合法性就无法判断或者无法正确判断行政许可行为的合法性。因此，基础行为不存在是否进行合法性审查的问题，而是应如何进行合法性审查的问题。基础行为不是被诉行政许可行为，因此，不能适用行政诉讼法第五十四条的规定。基础行为也并非证据，因此不能对其进行证据审查，例如证据的合法性、真实性和关联性审查。特别是由于基础行为相当多地表现为行政公文，如果采用证据审查，可能会因为公文书证效力较高，导致法院直接认定其效力。因此，对于基础行为的合法性审查，既不能是对被诉行政行为合法性的审查，也不能与行政诉讼证据合法性审查等量齐观。对于基础行为的审查，应当是基于两者之间的度——无效审查。即只有基础行为存在无效情形的，法院才不能将其作为认定被诉行政许可行为的依据。
2. “重大且明显”合法性审查标准。对“重大且明显”程度的合法性审查，已经涉及到行政行为效力的审查。对于无效情形，《若干解释》规定了确认无效中的“无效”情形和对非诉行政执行“重大且明显”情形。由于对于无效的具体情形，学术界和实务界尚有不同意见。本司法解释借鉴了《若干解释》第九十五条的规定，即被申请执行的具体行政行为有下列情形之一的，人民法院应当裁定不准予执行：（1）明显缺乏事实根据的；（2）明显缺乏法律依据的；（3）其他明显违法并损害被执行人合法权益的。本司法解释增加了“超越职权”的情形，包括超越地域管辖权和超越事物管辖权。基础行为是由没有职权的行政机关作出的，其违法性亦应当属于“重大且明显”的情形。“明显缺乏事实根据”是指基础行为毫无事实根据或者一般理性人认为明显没有根据。“明显缺乏法律依据”是指基础行为没有任何法律依据或者一般理性人认为法律依据明显不足。这一规定与“超越职权”有一定的重合。“其他明显违法并损害被执行人合法权益的”主要包括以下情形：（1）基础行为应当采用书面形式而未采用书面形式；（2）基础行为的作出机关无法辨认；（3）基础行为事实上无法得到执行；（4）基础行为的实施可能导致行政处罚或者刑事处罚；（5）基础行为违背公序良俗；（6）基础行为明显滥用职权达到恣意不羁的程度等。
本解释第九条规定，人民法院审理行政许可案件，应当以申请人提出行政许可申请后实施的新的法律规范为依据；行政机关在旧的法律规范实施期间，无正当理由拖延审查行政许可申请至新的法律规范实施，适用新的法律规范不利于申请人的，以旧的法律规范为依据。该条主要包含以下内容：
1.实体从旧原则。基于法不溯及既往的原则，行政相对人的申请行为发生在新法实施之前，行政机关在作出行政许可行为时，应当适用旧法的规定，此谓“实体从旧”原则。《最高人民法院关于审理行政案件适用法律规范问题的座谈会纪要》在“关于新旧法律规范的适用规则”部分规定，根据行政审判中的普遍认识和做法，行政相对人的行为发生在新法施行以前，具体行政行为作出在新法施行以后，人民法院审查具体行政行为的合法性时，实体问题适用旧法规定，程序问题适用新法规定，但下列情形除外：（1）法律、法规或规章另有规定的；（2）适用新法对保护行政相对人的合法权益更为有利的；（3）按照具体行政行为的性质应当适用新法的实体规定的。这是关于“实体从旧，程序从新”的表述。据此，一般来说，申请人申请的时间与行政机关作出行政行为时适用的法律规范是相同的，因此人民法院审理行政许可案件，应当以申请人提出行政许可申请时正在生效的法律规范作为依据，而不能以申请后实施的法律规范为依据。但是，如果申请人申请后行政机关作出行政许可行为之间，新的法律规范生效的，行政许可行为应当适用新的法律规范。这是因为法院审查行政行为时，要审查行政行为作出时的法律规范，因此行政机关应当按照新的法律规范作出行政行为。最高人民法院其他的司法解释也对此作了规定。例如《最高人民法院关于审理国际贸易行政案件若干问题的规定》第四条规定，当事人的行为发生在新法生效之前，行政机关在新法生效之后对该行为作出行政处理决定的，当事人可以依照新法的规定提起行政诉讼。本条规定的从旧原则从立法技术上尚有值得完善之处。本条第一句“人民法院审理行政许可案件，应当以申请人提出行政许可申请后实施的新的法律规范为依据”应当修订为：“人民法院审理行政许可案件，申请人的申请行为发生在新法生效前，行政机关在新法生效之后作出行政许可决定的，应当以行政机关在作出行政许可决定时适用的新的法律规范为依据”。
2.有利于申请人原则（权利保护原则）。立法法确立了权利保护原则，该法第八十四条规定，法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章不溯及既往，但为了更好地保护公民、法人和其他组织的权利和利益而作的特别规定除外。《最高人民法院关于审理行政案件适用法律规范问题的座谈会纪要》也将“适用新法对保护行政相对人的合法权益更为有利的”作为实体从旧原则的例外。
本解释第十条规定，被诉准予行政许可决定违反当时的法律规范但符合新的法律规范的，判决确认该决定违法；准予行政许可决定不损害公共利益和利害关系人合法权益的，判决驳回原告的诉讼请求。主要包含以下内容：
1.本条是关于继续确认诉讼的规定。继续确认诉讼是指，在已经开始的行政诉讼中，因出现特殊情况导致行政行为已经发生变化，但法院并不终结诉讼而继续审理的诉讼类型。继续确认诉讼是一种补充性的诉讼，用以补充撤销诉讼、给付诉讼和确认诉讼。在行政许可诉讼中，被诉准予行政许可决定违反当时的法律规范，该被诉行政许可决定的违法性是确定的，依照行政诉讼法第五十四条的规定，应当判决撤销。但是，由于被诉准予行政许可决定符合新的法律规范，如果撤销就会直接影响被许可人（通常是第三人）的利益。被许可人需要再行申请行政许可，行政机关也需要再行作出行政许可决定。为了节省行政成本，也为了减少被许可人申请成本，人民法院可以保留行政许可行为的效力，而否认行政许可行为的合法性，作出确认违法的判决。之所以作出确认违法判决这种转换的、补充性的判决，也在于保障原告的合法权益。一般情况下，既然行政许可行为违法，原告期待的是撤销该许可行为并取得相应赔偿。人民法院判决确认违法也是为了保障原告实体上的求偿权。有观点认为，上述规定是关于瑕疵治愈的内容，是不正确的。瑕疵治愈是德国法上的概念，主要包括两种方式：违法处分之补正和违法处分之转换。后者大体上相当于行政机关改变行政行为，在此不论。违法处分之补正，是指除了违反“重大且明显”标准导致无效的情形外，在特定情形下可以补正：依申请的行为，申请人已经事后申请；必须载明的理由已获载明；应当给予陈述意见已经事后给予；应当以委员会方式作出的行政行为事后已经委员会决议等等。被诉准予行政许可决定违反当时的法律规范但符合新的法律规范的，被诉准予行政许可决定并不因新的法律规范而“治愈”，其仍然“罹患”违法病灶。
2.准予行政许可决定不损害公共利益和利害关系人合法权益的判决。人民法院经审查认为准予行政许可决定违法，应当按照行政诉讼法和本条第一句的规定作出撤销判决或者确认违法判决。这里有一个隐含的前提——准予行政许可决定损害公共利益和利害关系人合法权益。但是，在特殊的情况下，人民法院经审查认为准予行政许可决定不损害公共利益和利害关系人合法权益的，人民法院可以作出驳回原告诉讼请求的判决（实际上也属于广义上的确认判决）。当然，这一句的规制意义不是很强。既然准予行政许可决定不损害公共利益和利害关系人合法权益，那么原告也就不具有利害关系人资格，原告是如何进入诉讼的呢？
本解释第十一条规定，人民法院审理不予行政许可决定案件，认为原告请求准予许可的理由成立，且被告没有裁量余地的，可以在判决理由写明，并判决撤销不予许可决定，责令被告重新作出决定。本条规定的是行政许可无裁量余地时的判决方式。行政机关在作出行政许可决定时，应当根据申请材料并斟酌相关因素。行政许可法第三十四条第一款规定了行政机关的审查权限（斟酌权限、裁量权限），即行政机关应当对申请人提交的申请材料进行审查。行政许可机关对于行政许可事项的裁量余地各有不同。有时法律赋予了行政机关进行实质审查的权力，有的法律赋予了行政机关进行形式审查的权力；行政机关有的裁量权限很宽裕，有的裁量权限则很窄仄，有的裁量权限几乎没有。在大陆法系国家，后一种情况又称为裁量缩减为零。行政机关的裁量权限愈大，法院应当对其愈加尊重；行政机关的裁量权限愈小，法院应当具有更多的裁量权。在德国，根据德国《行政法院法》第130条的规定，当“裁量缩减为零”时，法院可以直接变更原行政行为。考虑到我国行政诉讼法对于直接变更的情形只限于“行政处罚显失公正”，司法解释可以通过其他判决方式达到同样的目的即可。因此，人民法院可以在写明判决理由的基础上判决撤销不予许可决定并责令被告重新作出决定。
本条规定适用的条件包括：（1）不予行政许可决定案件。对于撤销准予行政许可的案件，不适用本条的规定。（2）认为原告请求准予许可的理由成立。对于这类案件，人民法院主要审查被诉不予行政许可决定是否合法和原告请求准予许可的理由是否成立。一般说来，这两个审查对象是一致的。特别情况下，两者可能存在不一致。例如被诉不予行政许可决定违法，但原告请求亦不成立。对于这种情形，也不适用本条处理。（3）被告没有裁量余地的。如果被告还有裁量余地的，不适用本条的规定。例如行政许可决定需要通过听证、招标、拍卖、检疫、检验、检测等特殊行政程序、方式，或者涉及复杂的裁量因素，不宜由人民法院判断的，不适用本条的规定。对于符合上述条件的，人民法院可以在写明判决理由的基础上，判决撤销不予许可决定，责令被告重新作出决定。本条的立法技术也需要进一步完善。例如“可以在判决理由写明”，是写明“原告请求准予许可的理由成立”还是“被告没有裁量余地”还是两者兼而有之，不明确。实际上，法院在判决理由中应当写明的是，原告请求准予许可的理由成立，被告行政机关应当在一定期限内作出准予行政许可决定。
本解释第十二条规定，被告无正当理由拒绝原告查阅行政许可决定及有关档案材料或者监督检查记录的，人民法院可以判决被告在法定或者合理期限内准予原告查阅。行政许可法规定了公众的查阅权。该法第四十条规定，行政机关作出的准予许可决定，应当予以公开，公众有权查阅。第六十一条第二款规定，行政机关依法对被许可人从事行政许可事项的活动进行监督检查时，应当将监督检查的情况和处理结果予以记录，由监督检查人员签字后归档。公众有权查阅行政机关监督检查记录。考虑到行政诉讼法没有规定公益诉讼，因此任何组织不能代表公众提起行政诉讼。只有与拒绝查阅行政许可决定及有关档案材料或者监督检查记录的行为有利害关系的人，才具有原告资格。行政许可法并未规定对档案材料的查阅权。但是，行政机关在作出行政许可决定的过程中，应当保留有相应的行政卷宗。这些行政卷宗对于利害关系人而言，不仅不应当保密，而且应当成为利害关系人的法定权利。例如行政复议法第二十三条第三款规定，申请人、第三人可以查阅被申请人提出的书面答复、作出行政行为的证据、依据和其他有关材料，除涉及国家秘密、商业秘密或者个人隐私外，行政复议机关不得拒绝。根据政府信息公开条例的规定，这些由行政机关制作或者保存的信息，应当予以公开。本条规定的“档案材料”实际上是指行政行为的证据、依据和其他有关材料，并非档案。由于档案法的法律位阶高于政府信息公开条例，因此，对于档案的公开应当适用档案法的规定。考虑到可能的误读，建议借鉴行政复议法的规定，将本条规定的“档案材料”修订为“行政行为的证据、依据和其他有关材料”。人民法院应当判决被告在法定或者合理期限内准予原告查阅。对于被告无正当理由拒绝原告查阅行政许可决定及有关档案材料或者监督检查记录的，人民法院应当（而非可以）判决被告在法定或者合理期限内准予原告查阅。行政许可法没有规定查阅权的期限，因此这里的“法定期限”应当考诸单行法律法规对法定期限的规定。如果法律法规没有规定查阅期限（这是一般情况），人民法院可以根据实际情况确定合理期限判令被告准予原告查阅。
本解释第十三条规定，被告在实施行政许可过程中，与他人恶意串通共同违法侵犯原告合法权益的，应当承担连带赔偿责任；被告与他人违法侵犯原告合法权益的，应当根据其违法行为在损害发生过程和结果中所起作用等因素，确定被告的行政赔偿责任；被告已经依照法定程序履行审慎合理的审查职责，因他人行为导致行政许可决定违法的，不承担赔偿责任。在行政许可案件中，当事人请求一并解决有关民事赔偿问题的，人民法院可以合并审理。这一规定主要包括以下内容：
1.被告在实施行政许可过程中，与他人恶意串通共同违法侵犯原告合法权益的，应当承担连带赔偿责任。这是关于共同侵权的规定。民法通则第一百三十条规定，二人以上共同侵权造成他人损害的，应当承担连带责任。狭义上的共同侵权行为是指两个以上的人故意或者过失直接实施加害行为的情形。共同故意，例如民法通则第五十八条第（四）项规定的“恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的行为”、第六十六条第三款规定的“代理人和第三人串通，损害被代理人的利益的”行为等。侵权责任法第八条规定，二人以上共同侵权，造成他人损害的，应当承担连带责任。“恶意串通”属于共同故意，又称为恶意通谋，是指行为人双方以损害他人利益为目的，弄虚作假的违法行为。被告与他人恶意串通共同违法侵犯原告利益的，被告和他人必须对外承担连带责任，原告有权请求被告、他人或者两者承担全部责任。由于法院判断行政机关“恶意串通”的主观状态比较困难，法院可以通过对被告工作人员的行为、被告行为的特点综合予以判断。
2.被告与他人违法侵犯原告合法权益的，应当根据其违法行为在损害发生过程和结果中所起作用等因素，确定被告的行政赔偿责任。这是关于混合侵权的规定。侵权责任法第十二条规定，二人以上分别实施侵权行为造成同一损害，能够确定责任大小的，各自承担相应的责任；难以确定责任大小的，平均承担赔偿责任。《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》（以下简称《人身损害赔偿解释》）第三条第一款规定，二人以上没有共同故意或者共同过失，但其分别实施的数个行为间接结合发生同一损害后果的，应当根据过失大小或者原因力比例各自承担相应的赔偿责任。这些都是按份责任的规定。民法学上，按份责任，又称为分割责任，是连带责任的对称，是指责任人为两个以上责任人时，责任人按照各自份额向债权人承担的清偿责任；是按份债务人不履行债务而招致的法律后果。根据本条规定，确定责任的标准是“违法行为在损害发生过程和结果中所起作用等因素”。一般说来，法院可以根据违法行为在损害发生过程和结果中所起作用等因素确定责任；法院无法判断的，判决平均承担赔偿责任。本条规定要求人民法院必须分清责任并判决按份赔偿。实际上，人民法院无法分清责任时，也不能拒绝判决，可以判决平均承担赔偿责任。
3.被告已经依照法定程序履行审慎合理的审查职责，因他人行为导致行政许可决定违法的，不承担赔偿责任。行政许可行为违法并造成他人损害的，应当承担赔偿责任。被告违法有的是自身原因造成的，有的是由于申请人或者他人行为造成的。行政许可法第三十八条规定，申请人的申请符合法定条件、标准的，行政机关应当依法作出准予行政许可的书面决定。准予行政许可的决定是行政机关依法作出的对行政许可申请事项积极、全面、肯定的书面决定，意味着申请人完全具备了法律规定的全部条件、标准。行政机关必须积极履行审查责任，不能不作为；对符合法定条件、标准的不予行政许可，不能乱作为，对不符合法定条件、标准的随意许可。行政许可是依申请的行为，行政机关需要对申请材料进行审查，行政机关应当尽到审慎审查的义务；他人（申请人或者利害关系人）应当如实提交申请材料，他人（申请人或者利害关系人）应当尽到诚实义务。本条可以分解为以下几个方面：（1）如果被告已经依照法定程序履行审慎合理的审查职责，因他人（申请人或者利害关系人）的不诚实行为导致行政许可决定违法的，应当由他人（申请人或者利害关系人）承担相应的赔偿责任；（2）如果被告未依照法定程序履行审慎合理的审查职责，因他人（申请人或者利害关系人）的不诚实行为导致行政许可决定违法的，被告和他人应当承担按份责任；（3）如果被告已经依照法定程序履行审慎合理的审查职责，因不能归属于他人（申请人或者利害关系人）的原因，导致行政许可决定违法的，根据行政诉讼法和国家赔偿法确立的“违法归责原则”，由被告承担赔偿责任。
4.在行政许可案件中，当事人请求一并解决有关民事赔偿问题的，人民法院可以合并审理。“有关民事赔偿问题”并非前述的行政赔偿，而是指民事主体之间因民事行为（例如侵权之债、合同之债等）发生的赔偿问题。当事人请求解决有关民事赔偿问题的，基于司法裁判的一致性和救济的及时性考虑，可以对有关民事赔偿问题合并审理。
本解释第十四条规定，行政机关依据行政许可法第八条第二款规定变更或者撤回已经生效的行政许可，公民、法人或者其他组织仅主张行政补偿的，应当先向行政机关提出申请；行政机关在法定期限或者合理期限内不予答复或者对行政机关作出的补偿决定不服的，可以依法提起行政诉讼。行政许可法第八条第二款规定，行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化的，为了公共利益的需要，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可。由此给公民、法人或者其他组织造成财产损失的，行政机关应当依法给予补偿。这一规定是有关信赖保护原则的规定。行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止的情形，例如，在某种保护区，建房需要事先取得许可，后来通过修改法律规范扩大了保护区的范围，那么原来依法取得的行政许可就可以变更或者撤回；准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化的情形，例如，公民经批准建房，后经地质调查，此处是地质灾害易发地带，行政机关为了公共安全，可以撤回或者变更原行政许可。该条实际上确立了行政机关的主动补偿义务。行政诉讼法确立了行政机关先行赔偿机制。根据行政诉讼法第六十七条第二款规定，公民、法人或者其他组织单独就损害赔偿提出请求，应当先由行政机关解决。对行政机关的处理决定不服，可以向人民法院提起诉讼。行政补偿虽然不同于行政赔偿，但其原理有一定的类似之处，可以参照适用。并且由行政机关先行处理相关补偿争议，有利于查清事实，有利于矛盾化解。因此，本条规定，公民、法人或者其他组织仅主张行政补偿的，应当先向行政机关提出申请。公民、法人或者其他组织向行政机关申请之后，行政机关的行为（包括作为和不作为）仍然属于可诉的行政行为。据此，本条规定，行政机关在法定期限或者合理期限内不予答复或者对行政机关作出的补偿决定不服的，可以依法提起行政诉讼。“行政机关作出的补偿决定”既可能是行政补偿决定，也可能是不予补偿决定。
本解释第十五条规定，法律、法规、规章或者规范性文件对变更或者撤回行政许可的补偿标准未作规定的，一般在实际损失范围内确定补偿数额；行政许可属于行政许可法第十二条第（二）项规定情形的，一般按照实际投入的损失确定补偿数额。法律、法规、规章或者规范性文件对变更或者撤回行政许可的补偿标准作出规定，人民法院应当按照有关规定确定补偿数额。这是补偿法定原则的体现。如果法律、法规、规章或者规范性文件对变更或者撤回行政许可的补偿标准未作规定，人民法院应当按照实际损失确定补偿数额。“实际损失”是指补偿申请人实际投入支出和必然可得的利益。“必然可得的利益”是指行政许可期限届满前的预期利益。这一损失范围大于行政诉讼法和国家赔偿法规定的直接损失。行政许可属于行政许可法第十二条第（二）项规定情形的，一般按照实际投入的损失确定补偿数额。行政许可法第十二条第（二）项规定：“有限自然资源开发利用、公共资源配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利的事项”。这一规定实际上属于特许，主要功能是分配有限资源，主要特征是：（1）相对人取得特许权一般要支付一定费用；（2）一般有数量限制；（3）行政机关实施这类许可一般具有裁量权；（4）申请人获得此类许可要承担很大的公益义务，例如提供普遍服务的义务，不得擅自停止从事活动等。从实践来看，大多数的特许事业使用有限资源对价较低，因此，对于这类事项的补偿，可以适当低于其他许可的标准。即一般按照实际投入的损失确定补偿数额。但是，有些领域特许事业的市场化比较明显，此时应当适当提高补偿标准，甚至可以补偿必然可得的利益。因此，本条规定的是“一般”情况，特殊情况应当由人民法院根据案件具体情况予以确定。