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继王懿荣、刘鹗、罗振玉、王国维等人之后，随着国内外收藏家、金石学者以及达官显贵、儒林雅士的重金索求，安阳小屯有字甲骨价格暴涨，一路狂升，竟达到了一个字二两银子的价格。由此，盗掘掠取甲骨，便成为当地村民尤其是古董商人牟取暴利、发家致富的重要途径。
短短的十余年间，安阳小屯等地的甲骨被从地下一批又一批地掘出，又一批又一批流散于民间和市场。盗掘的狂潮使价值连城的甲骨遭到极大破坏和损失，安阳殷墟遗址也变得千疮百孔，面目全非。许多具有科学考察价值的遗存被破坏，与甲骨共出的大量殷代遗物同样遭到毁坏和流失。更令人扼腕的是，由于外国人的染指，许多有字甲骨和文物流失海外，难以回归。
在这紧要关头，随着与地质学、生物学密切相关的西方田野考古学，经安特生等人在中国的示范和传播，一批思想敏锐的中国学者，很快接受了西方先进的科学方法，成为中国田野考古学的开拓者和实践者。
为获得更多的研究商代历史的文字资料和其他实物资料，更加全面地了解殷商都城及政治、经济、文化面貌，同时也为了尽快制止这批宝贵文化遗产遭到破坏、流失和劫掠，对殷墟的保护和以科学考古手段进行发掘，成为学术界的当务之急。
1928年5月，民国政府中央研究院历史语言研究所成立，“五四运动”学生北平游行总指挥，北大毕业后留学英、德等国七年的“黄河流域第一才子”傅斯年出任该所所长。
当时史语所尚处于筹备阶段，傅斯年就决定派河南南阳人董作宾（字彦堂），到安阳殷墟甲骨的出土地进行实地调查。当时，这个决定遭到了不少学者的反对，尤其是以罗振玉为首的大部分金石学家认为，经过30年对甲骨的搜集，埋藏的珍品已全部被发现，再进一步搜集是徒劳无益的。傅斯年与罗振玉等人的看法恰恰相反，并坚持己见。于是董作宾于1928年8月12日到达了安阳。
董作宾到达安阳，首先访问了当地几位士绅，包括彰德府中学校长、古玩店老板、以伪造甲骨但不认识甲骨文字而出名的蓝葆光等。通过访问，获得了大量关于甲骨盗掘、贩卖及贩卖渠道等情报。
此后，董作宾由一个向导带领，来到城西北的花园庄和小屯访问。据董作宾在报告中称：
花园庄有一私塾，塾师阎君金声，招待余等人舍，颇客气……余则私询儿童，有拾得甲骨上有文字者否？初见，不敢言。继有一儿，由抽斗取出一片，小如指甲，上有二三残字，予给以当百铜元一枚。他生皆窃出，归家取之，共得五六片。阎君归，亦取来二三片，云是小儿捡得者，与钱二百，小儿欢跃以去。由学塾出，乃赴小屯村北，寻求甲骨出土地点。经小屯到村北，遇一少妇，询曰：“汝村中小儿女，曾有捡得田中龟版龙骨，上有文字者乎？如有，可将来，予买少许。”妇曰：“客或有之，姑少待。”旋取出甲骨一盘，中有碎片数十，皆有文字，且一望而知非赝品，付洋五毫。顷刻间，男妇老幼麇集，手掬碗盛者，环列求售……村人云，古董商时常来收买，能出高价，惟不要碎者。今之小块，盖土人发掘时所弃，而为小儿女拾得者也，故贬价售之……以铜元十枚之酬金，请霍氏之子女为向导，引余等至甲骨出土之地。地在洹水西岸，为一沙丘，与罗氏（振玉）所谓之棉田，张君所谓有禾稼之土迥异。岂彼等所至非此地耶？然此地有足作证据者，一为新近土人所发掘之坑十，一为予在坑边捡得一无字之骨版也。
通过调查得知，小屯地下埋藏的有字甲骨，并不像罗振玉等人所说的那样已被挖尽，而从当地农民盗掘甲骨留下的坑痕看，殷墟规模庞大，地下遗物十分丰富，进行科学的考古发掘是必要的，且意义十分重大。鉴于此情，董作宾立即向中央研究院历史语言研究所写了报告，并拟定了初步发掘计划。
接到董作宾的报告，傅斯年颇为惊喜，决定立即在小屯进行初步发掘。经与中央研究院总部多次磋商，成功得到了1000块银圆经费，这笔经费在当时积贫积弱的中国已是相当可观的数目。正是凭着这笔经费，由董作宾组织的6名考古队员，携带购买的测量、摄影及其他必需的物品，于1928年10月7日到达安阳，开始对小屯实施发掘。这是继瑞典人安特生将田野考古学在中国成功示范14年之后，由中国学术机关第一次独立进行的田野发掘。此次以寻找甲骨文为主要目的的发掘，不仅是殷墟科学发掘的开端，也是中国现代考古学的起点。
发掘工作前后进行了24天，共掘得40个土坑，揭露280多平方米的面积，掘获石、蚌、龟、玉、铜、陶等器物近3000件，甲骨854片，其中有字甲骨784片。董作宾作为这次发掘的负责人，手抄有字甲骨392片，并做了部分考释，这个成果与他前期的调查报告，共同在后来历史语言研究所创办的《安阳发掘报告》上作为第一篇文章刊载。这篇文章的发表，不仅结束了旧的古物爱好者“圈椅研究的博古家时代”，更重要的是，为有组织地发掘著名的殷墟遗址铺平了道路。
1929年春，中央研究院历史语言研究所正式聘请哈佛大学人类学博士、时为台湾清华大学国学院导师李济为考古组主任，并主持安阳殷墟的第二次发掘。
接到傅斯年的任命，李济立即赴开封和正在那里的董作宾见面协商发掘事宜，并预测下一步可能取得的成果。在阅读了董作宾撰写的报告，相互接触交流的基础上，李济对殷墟遗址有了进一步的认识，当即做出三个方面的设定：
一、小屯遗址明显是殷商时代的最后一个首都。
二、虽遗址的范围未确定，但有字甲骨出土的地方一定是都城遗址的重要中心。
三、在地下堆积中与有字甲骨共存的可能还有其他类遗物，这些遗物的时代可能与有字甲骨同时，或早或晚，当然要依据埋藏处多种因素而定。
根据以上设定，李济制订了第二次小屯发掘的计划并很快付诸实施。在董作宾密切配合下，李济率领考古队于1929年春季和秋季分别进行了第二次和第三次发掘，陆续发现甲骨3000余片，取得了令人振奋的成绩。
就在李济率考古队于1929年10月7日再次来到安阳殷墟开始第三次发掘，考古人员踌躇满志，热情高涨，渴望一举揭开商王朝的隐秘之时，却发生了一个意外事件，导致发掘工作不得不暂时停止。
事件的大致起因是，中央研究院历史语言研究所在殷墟发掘之初，曾与河南省政府商定，所获甲骨器物暂存安阳中学。但考古队为研究方便，于第二次发掘之后，将部分甲骨和器物从安阳中学取出运回了北京。这个消息很快被安阳中学校长报告给河南民族博物院院长何日章，深受旧式挖宝思想影响的何日章听罢大怒，立即将此事直接呈报给河南省督军韩复榘，并添油加醋地说了一番不利于李济等考古人员的坏话。韩复榘本是个粗人，一听说河南地盘的宝贝被北京方面的人拿走，当场下令：“河南是咱们的地盘，要挖宝，不用他们，咱自己来。”
有了韩督军的指令，何日章如同拿到了尚方宝剑，很快率领一干人马杀奔安阳小屯开始挖掘起来，同时勒令李济等外省人“立即收摊回京，不准在此随便盗抢宝物”。如此一来，堂堂的中央研究院考古人员成了盗宝者，而河南民族博物院的一干人马却成了捍卫真理的卫士。冲突自然是不可避免了。双方剑拔弩张，各不相让，争执双方各给自己的上司拍发电报，寻求支持。李济宣布发掘暂停，考古人员就地待命，自己与董作宾匆匆赶回北京，将发生的具体情况向傅斯年做了汇报。
鉴于已造成的矛盾与冲突，傅斯年不得不全力斡旋，力争协调中央政府和地方政府的关系。最后由中央研究院院长蔡元培出面呈请国民政府，打电报给河南省政府，请其继续保护和配合中央研究院的发掘工作，并让何日章无条件地停止挖掘，以免造成破坏。经过反复协商，双方终于达成了几条协议，大致内容是中央研究院在发掘的同时，应注意维护地方政府的利益，所获古物双方共同拥有等，一场冲突遂告一段落。