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1941年11月，时局动荡。此时华北、华东、国民政府首都南京相继沦陷，日军展开对战时陪都重庆的大轰炸，中国的抗战到了最艰难的时期。面对危局，存放在北平地质研究所新生代研究室的“北京人”头盖骨化石的安全，成为中美两国科学界关注的焦点。若继续存放北平，则“有被窃遗失之危。倘遇不幸，乃为吾国与世界人类文化之一大损失”。
国民政府行政院召集相关人员开会相商。经过几番慎重讨论，终于做出决定：国民政府同意并允许将“北京人”化石运往美国纽约自然历史博物馆暂避风险，待战争结束后再归还中国。
会后，翁文灏立即给裴文中写信，对“北京人”化石转移之事做了如下安排：
先找美国公使馆对“北京人”转移之事，做个周密的计划安排，请他们委托有关部门将“北京人”化石标本运到美国，然后再交给国民政府驻美大使胡适先生。
“北京人”化石运到美国后，可供魏敦瑞博士研究时使用，但保管和保存权必须在中国驻美大使馆的手上，即必须要掌握在胡适先生的手上。待战争结束后，务必再将“北京人”化石重新运回中国。
裴文中接到翁文灏来信的当天，便匆匆赶往美国驻北平公使馆，就“北京人”化石转移事宜进行交涉。裴氏在其后来撰写的《“北京人”的失踪》一文中这样说道：
一直到1941年11月，才由北京的美国大使馆转来翁文灏的信，允许将“北京人”的标本全部运往美国，交纽约自然博物馆保管，待战争结束后再行运回中国。但是当我与北京的美国公使馆交涉时，他们的负责人却说没有得到重庆美国大使詹森的训令，不便负责。我又请他们急电重庆请示詹森，等詹森回电答应。时间已经到了11月底。以后，就由协和医学校的校长胡顿和总务长博文二人与美国公使馆交涉。
裴文中至死也没有弄明白为什么不让自己和美国公使馆继续交涉，而改由胡顿和博文进行交涉。而胡顿和博文与美国公使馆到底是怎么交涉的，双方谈了些什么，达成了什么协议，也是扑朔迷离、无证可查。
“北京人”化石的命运，从这时起，开始变得诡秘、复杂、恍惚起来。而这个时候离太平洋战争爆发只有十几天的时间了。
既然中美双方总算达成“北京人”化石转移的协定，面对即将爆发的太平洋战争，协和医学院高层不敢怠慢，立即着手行动起来。而行动的第一个环节就是装箱。这一历史性的重任，落到了中国人胡承志身上。
胡承志原是魏敦瑞的一名助手，新生代研究室的所有标本模型几乎都出于他一人之手。1931年春，年仅15岁的胡承志来到北平协和医学院解剖科当杂工。由于环境熏陶，加上胡本人年轻好学，无论是中文还是英文水平都大有长进，读写皆已达到了较为熟练的程度。后来，他进入新生代研究室，帮助步达生修补从周口店发掘的化石。步达生死后，他成为新一代主任魏敦瑞的助手，主要任务是修补化石和做“北京人”模型。其认真的工作态度和出色的成果颇得魏氏的赏识。正是由于胡承志所处的独特位置，装箱的任务就落到了他的身上——他是最后见到“北京人”的中国人。
20世纪50年代，中国政府在追寻“北京人”下落的第一个高潮时，曾专门找到胡承志问询，胡在出具的一份报告中这样说道：“在珍珠港事变前，十八日至廿一日之间（余已忘其确期，此日期为十二月八日协和医学院被日人占据时推忆者，不致错误），博文先生匆匆至余处，嘱速将“北京人”装好，要在极秘密之下送至彼办公室。余当时将早经备妥之木箱二只拿出应用，并将房门锁住后装箱。该二木箱均为白木箱，一为48寸长、11寸高、22寸宽，一为45寸长、11寸高、20寸宽。至装箱之情形，颇为华贵。先将骨骼用擦显微镜头用之细绵纸包好，再用软纸包着，然后再裹以洁白医用吸水棉花后，用粉莲纸包上，然后再用医用细纱布多层包在外面，装入小箱，再用吸水棉花填满，小木箱内周围六面有具有弹性之黄色瓦垅纸数层包好，一一装入大箱内，用木丝填装。至于牙齿之类之小骨骼，具有相似装首饰之小纸匣，上面有玻璃，内填棉花，于玻璃上有红边的标志号码，以及牙齿属何部位，皆详明。两木箱装好后，即书CadⅠ和CadⅡ。大箱为一号，小箱为二号。旋即派工友用车亲自押送至博文先生办公室，当面交彼。彼即立刻将两箱送到‘F’楼下四号之保险室，过夜后即送至美大使馆。”
自此之后，“北京人”化石下落不明。