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当惊喜交加的科学界欲挽起袖子准备在周口店发掘与研究领域大显身手，彻底解开人类进化之谜时，越来越险恶的战争风云，使他们不得不含恨放弃这个辉煌的梦想。
1937年7月7日，卢沟桥事变爆发。
中日交战的枪声惊碎了几乎所有关心周口店发掘事业的科学家的美梦。洛克菲勒基金会资助的这项具有世界合作性质的考察计划，在艰难地持续了十个年头之后，终于降下了那曾照耀全球的帷幕。
根据中国地质调查所的建议，周口店发掘人员分批撤回北平。主持人员贾兰坡携化石标本率大部分科技人员先期撤往北平，发掘场地只留几名当地雇用技工看守。
卢沟桥事变发生一个月后，随着国民党二十九军宋哲元部的溃退南下，周口店龙骨山发生了一场规模异常的血战，交战双方是日本操纵的冀东伪军与华北抗日自卫军。当年安特生住过的乡村寺庙以及寺庙总院、后来成为周口店发掘指挥部的几间大厅，全被日伪军所占，并成为阻击抗日自卫军的工事。山野中埋有“北京人”遗骸的洞穴，也成为日伪军存放弹药、食品和进行作战的天然屏障。龙骨山已完全失去了往日的孤寂与平静，隆隆的炮声震撼着山谷，喊杀声和哀号声在山野回荡。整个龙骨山硝烟弥漫、热血沸腾。寺庙、土墙在炮声的轰鸣中坍塌了，盛藏人类祖先的山洞在战火中崩裂，战争给这块圣洁之地带来了空前的劫难。
1937年11月初，周口店地区的战事处于暂时缓和的状态。华北抗日自卫队撤出龙骨山进入大石河一带，日伪军抓住这短暂的喘息机会，进行补充休整。就在这个短暂时刻，发生了一件看似平常，但对日后“北京人”头盖骨化石遗失一案关系极大的神秘事件。
11月7日，三辆汽车满载荷枪实弹的日本兵驶出北平城，来到周口店龙骨山停下。数十名日军护卫着两个身穿便装、具有学者风度的日本人，来到裴文中发现“北京人”头盖骨的山洞前。便装人先是打量了一番山洞的四周，接着掏出皮制圈尺测量山洞的长宽距离，然后用相机几乎拍下了一切可拍摄的地形、地貌和古生物堆积层。这二人就是悄悄来华搜集“北京人”情报，并参与了后来“北京人”头盖骨化石失踪案的日本东京帝国大学人类学教授长谷部言人和东京帝大地质系助教高井冬二。四年之后，日本派遣军总司令部正是根据他们提供的情报，开始了搜寻“北京人”化石的行动。