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尽管当时被视为世界奇观，但1190年至1213年间修建的腓力·奥古斯都古城墙已所剩无几。现在巴黎第五区圣热纳维耶芙山克洛维街露出的一小块城墙早已成为旅游景点，但是最壮观的部分最近才刚被发掘出来。
城墙从未真正发挥过军事作用。随着时间的流逝，城墙逐渐被不断扩大的城市包围起来，事实上已经不见踪影。左岸的城墙在数百年间发挥了作用，但14世纪晚期查理五世城墙的建造使原来的右岸城墙基本废弃，变成塞纳河北面的多余物。大门陆续被拆除，城墙的残余部分与后来建起的建筑物连成一片，进而变成封存的记忆，只是偶尔才会被人想起。1946年，在对现在巴黎第四区圣保罗花园街的一个破旧、拥挤的地区进行拆除和保护工作过程中，发现了长约百米左右的城墙。从20世纪90年代开始，人们对现在巴黎第二区的埃蒂安·马歇尔街无畏者约翰塔下的防御城墙进行了复原和重现工作。
尽管它未发挥过重大军事作用，腓力·奥古斯都城墙在巴黎的历史长河中却扮演了十分重要的角色。它向欧洲其他君主们宣告了国王誓将首都变成其权力体系的一个关键部分的决心。在某种程度上，王朝通过下令出资建造城墙，将他的王宫和卢浮宫置于城墙西边的办法，将君主政体一同修入城墙之中。因为法兰西的主要军事威胁来自西部的英格兰，这也是王朝要做巴黎人的保护者的一种表现。
此外，建造城墙可以限制城市向外扩展，鼓励城墙内不发达地区的相互合作。一些农业用地和荒地，例如右岸巴黎中央市场附近的尚波地区，以及左岸一些边缘地区，不仅在巴黎遭到围困时可以为城内提供足够的食物储备，在和平时期还可以成为城市居民改善居住环境的空地。今天右岸城墙内的街道是13世纪末规划的，只有少部分是19世纪奥斯曼时期添加的。例如，巴黎中央市场周围的格状街道模式就源于那一时期。在市场大厅以南的浴室街、富尔·德拉库图主教街、普罗维尔斯街和托内勒尔街均以65米的等距离分布，而巴黎中央市场以东的街道，包括蒙德托街、坎康普瓦街和奥布里·布歇街也呈小格子形状。这些街道很可能是以大致相同的面积一小块一小块低价出售的，这些地方至今仍在当地的居民和商业用房中占有很大比例。这种现象变得愈发重要，因为城市区划结构也是这一时期开始确立的，以适应市内空间的变化。这种划分将保持不变，直到17世纪。
在城墙以外没有排水沟工程或护墙工程，但事实上城墙的走向不仅确定了城墙内的街道路线，也确定了城墙外的街道特点。这一点在左岸更为明显。沿14世纪开凿的沟渠就可以追寻到城墙的轨迹。人们可以从东至西几乎不间断地找出沿城墙展开的街道的轨迹：现在巴黎第五区的圣贝尔纳排水沟街从塞纳河起一直通向圣维克多排水沟街（今勒穆瓦纳红衣主教街），向西拐又穿过圣雅克排水沟街，一直通向现在巴黎第六区的王子先生街，然后又通往内斯勒排水沟街（今马扎然街），最后在内斯勒塔楼回到塞纳河畔，这座塔楼是一座气势磅礴的封建建筑，坐落于卢浮宫的对面，如同后者一样，是抵御西部来敌的军事防御设施。
右岸街道的连续性就不是这般明显了，但也受到这方面的影响。例如，通向今天第一区让·雅克·卢梭街北面的各街道的走向与城墙的曲线走向平行。现在巴黎第二区格兰尼尔·圣拉扎尔街和第三区的米歇尔伯爵街情况也是如此。尽管现今腓力·奥古斯都城墙已几乎不可见，但它已深深印入人们的记忆之中，并对巴黎地貌和城市记忆的形成产生了深远的影响。
腓力·奥古斯都城墙是权力的象征，它使巴黎成为当时西欧最重防御、最醒目的军事要塞。其意义并不仅限于国际权力政治，选择巴黎作为王室的首都也意味着国王的伙伴和受庇护者会急切想在城里确定自己的地位。他们纷纷效仿主子，在此建起自己宏大的住所。从12世纪中期开始，来巴黎观光的王公贵族们就在教士草地扎营，这片空地从圣日耳曼德普雷教堂向东展开，曾因学生们在此玩撞柱游戏、溜冰、布道、幽会情人、秘密决斗而闻名。 [54] 宫廷高官在巴黎，尤其是在靠近卢浮宫的圣日耳曼欧塞尔地区建起永久居所。例如，圣路易的兄弟普瓦捷的阿方斯在奥斯蒂里克街（现在巴黎第一区的祈祷街）建起了私人宫殿。这种做法很快影响到佩里戈尔伯爵和阿朗松伯爵。通过絮热的示范，宗教团体和人士也看到了在巴黎安家的好处。主教们的居所主要建在左岸。
有证据表明，腓力·奥古斯都积极鼓励城市发展，尤其在左岸，例如，王室曾自掏腰包补偿城墙建设造成的损失。不过，国王给予右岸城墙建设的优先权表明了他对城北商业区的钟爱超过了城南大学和葡萄种植园。腓力国王沿袭了先辈资助右岸贸易行业的做法。1137年路易六世去世前，这位先王曾与当时的主教合伙在圣日耳曼欧塞尔北部的空地上建起公共市场，后者在这一区域有财产利益。在这个不久被命名为巴黎中央市场的地方，奥古斯都命人修建了两个大仓库，一个供粮食商人使用，另一个供其他食品销售商使用。巴黎中央市场的成功并不意味着城里其他区域商业活动的消亡，相反，巴黎与其他地区的商业和产品供应的联系异常紧密，使得垄断无法产生。例如，城内其他重要市场还有圣日耳曼德普雷市场、西岱岛中心的帕卢市场、沙滩码头后面的巴黎集市和博多耶广场市场等。 [55] 巴黎的牲畜市场设在圣奥诺雷街上。不过没有一家市场可以享受到巴黎中央市场所享受的特权。1181年，国王将圣拉扎尔集市迁到此处，借此为全体修士提供包括可以在圣洛朗日（即8月10日）开办集会在内的补偿。国王还在1285年购买并转让了圣日耳曼德普雷市场。腓力·奥古斯都还下令建起一堵将巴黎中央市场与无辜者墓地隔开的城墙。 [56] 13世纪还建起其他市场大厅（供裁缝、布商、皮匠等使用），补充了巴黎商业活动场所的数量和种类。
腓力·奥古斯都城墙及其大门的位置不仅勾勒出城区的轮廓，还使城市内部人口流动、人际交往和思想沟通按照有益于王权的方式构成。这堵墙似乎被有意如此设计，以便将主要的宗教机构划归出去，并通过将它们的区域分成内区、外区来削弱它们的力量。右岸的圣殿、田野圣马丁修道院和左岸的圣日耳曼德普雷修道院就是恰当的例子。圣殿骑士们修建了一堵有雉堞的城墙，上面有至少17座塔楼，包括贮藏王家财宝的恺撒塔在内。
将宗教机构排除在城外的做法与城墙内连续不断的对教权的攻击相得益彰。987年，所有城市市场都受控于主教团体，国王们无机会插手。路易六世与主教就巴黎中央市场地区达成的协议是一种划时代的转变：主教宣布放弃他在这一地区的许多领主权和财产权以换取新市场的部分利益。1222年，腓力·奥古斯都与主教签订了和平协议，以令各方满意的形式，永久性地解决了主教教会、分教会和国王之间的关系问题。教会保留少许的权利，但可以得到王权更多的认可。从此王权没有了势均力敌的对手。圣路易对他的儿子提出建议：“要以仁慈和关爱治理城市，因为它们的势力和财产的存在……你的属民、外藩人尤其是贵族们，都将惧怕做出任何有悖于你的利益的行为。” [57] 在全法兰西，国王利用城镇与那些强大的封建领主抗衡。在这个过程中，国王努力将巴黎从一个与教权竞争激烈的场所转变成无任何竞争的王家城市。
在合作的基础上，王权对领地和财产权利问题的解决在当时是非常合理的举措，因为西欧的经济正在腾飞，土地拥有者有巨大的利润。商业的飞速发展是建立在巴黎市区及周边地区的农业生产发展和制造业兴起的基础之上的。沿腓力·奥古斯都城墙前行无须很远，你就可以领略到一个飞速发展的经济所需的各种因素的风光。附近有浓密的林地，如巴黎和蒙马特山之间就有这样一块林地，东部的万塞讷以及西部的布洛涅正逐渐发展成为专业木材场。快速扩展的城市需求促进了土地的拓殖，因此也形成了新的居民区，原有的村庄向城墙外和20世纪的环城路的边缘内发展，这方面值得一提的是在被称为“马莱”区的商品蔬菜种植的开始。
当时的马莱区并不包括17世纪以后的马莱地区，即现在巴黎的第三区和第四区。中世纪的马莱杂乱地绕右岸城墙北部边缘分布，呈圆弧形，从东部巴士底狱附近的河畔一直延伸至西部的沙约。 [58] 1153年至1154年，国王授权圣奥波蒂纳的教士开垦西面原本主要是荒地或牧场的地方。他们将西部变成可耕种的土地，以塞纳河古河道作为灌溉渠道。横跨引水渠的小桥允许农夫们将城里人食用的蔬菜运到城里，那里也因此被叫作“蔬菜桥街”，位置在现在的巴黎第三区。这一发展给圣奥波蒂纳带来无尽的财富，因此激励更多的教士纷纷效仿。例如，主教开始以同样的方式改造他在城西主教城拥有的大片土地。 [59] 城墙以内的东北部区域出现了许多长条形地块，分别由圣殿骑士团、田野圣马丁修道院、圣热尔韦教堂和圣凯瑟琳女修道院开发，这些地块一直延伸到现在巴黎第三区北部的博多耶广场， [60] 这些开发区周围的市镇规模也很可观。13世纪早期，圣殿新城的人口约为600人。而在同一时期，圣日耳曼德普雷的纳税户可达121户（约700—800人），他们与修道院的关系“就像甲壳类动物黏附在岩石上一样”。 [61] 一个世纪内，纳税户数量翻了一番。巴黎的北部区域——包括现在巴黎第八区的主教城、第九区的谷仓渡和第十一区的考蒂尔，以及再往远些第十六区的沙约、第十八区的克利尼昂库尔、第十九区的拉维莱特和第十九区至第二十区的普瓦特隆维尔（很快将更名为贝尔维尔）。那些地方原来只有一些零星的农户，后来均发展成为富裕的村庄。
葡萄和谷物一直种到了巴黎城墙附近，尤其是在巴黎城南，反映出全法兰西岛的农业生产模式。城东南部发展起更为多样性的经济模式。1148年，圣维克多修道院将塞纳河支流海狸河的河水引入自己的地产之内。 [62] 海狸河附近圣马塞尔修道院周围，今天的戈布兰十字路口，靠近高卢罗马人公墓的地方，兴起了一个小市镇，周围还坐落着一些教堂，包括圣马丁教堂、圣伊莱尔教堂和圣伊波利特教堂。 [63] 海狸河附近的河岸吸引了葡萄种植户、屠户、制革工和印染工。位于现在巴黎第十三区的克鲁尔巴布街上的羊毛作坊一直开到19世纪。石灰岩开采也是本地区的一个特点，采石厂就开在今天巴黎的第十三区、第十四区、第十五区形成的圆弧形区域内。中世纪巴黎使用的大量石灰岩都出自此处。
城市需求的数量和特点也促进了长期贸易的发展。右岸几乎以一种军事管理模式运营，蒙马特城门每天都会收到从诺曼海岸运来的鲜鱼，它们随后会被运往巴黎中央市场。中央市场附近的另一扇城门方便了巴黎人与圣德尼镇以外的朗迪特平原地区人的交往。一年一度专门经销香辛料、葡萄酒、布料和马匹的集市逐渐发展成为大规模的经营活动，甚至抢了香槟地区不少城市的生意，之后的财富和声誉的维持靠的就是这些买卖。
由于街道狭窄曲折，没有有效的街道保洁手段，又过度地依赖数量不多的城市桥梁，巴黎城内的交通极不畅通，混乱无章。例如，西面的圣奥诺雷街未与东面的圣安托万街衔接上就断了。同样，圣雅克街从南面通向小桥，可是你要到达常年拥挤、连接圣德尼的大桥之前，不得不经由同样拥挤的西岱岛。在不拥堵的地方，巴黎的交通还很危险：1131年，路易六世的儿子兼王位继承人被一头失控的猪撞翻马下而身亡——这是巴黎交通事故史上第一例意外事故。河道运输尤其对长途和重物运输来说是更为可靠的运输手段。巴黎城内桥梁质量低劣，使得城内货物的直接传送困难重重。一般来说，水道运输很少受到公共设施匮乏的影响。沙滩码头已经建成，同时还有不少其他登陆处和安全港口。一位作家热情洋溢地说道：“塞纳河为巴黎带来全世界无尽的财富……希腊、格林纳达、拉罗谢尔、加斯科涅及勃艮第的葡萄酒……还有大量的小麦、黑麦、豌豆、干草、木炭和木材。” [64] 上游运来了众多的诺曼底产品——苹果、苹果酒、鲜鱼和腌鱼、食盐、干草、木材——和一些从大西岸海岸运来的商品等。下游运来的商品包括勃艮第的葡萄酒、博斯的谷物、布里奶酪及大多数巴黎人餐桌上常见的食物。甚至有法国以南远至热那亚、佛罗伦萨和地中海地区运来的商品，以及北部佛兰德、德意志和波罗的海诸国运来的商品。
在这种商业的勃勃生机中，起关键作用的经济团体是水路商人行会。这种行会与罗马的“航海者团体”一样重要， [65] 因此他们的行动得到历代国王的承认和支持。1121年，行会首次被提及。1170年，路易七世确认了作为“巴黎市民的水路商人行会”的特权，其中包括通过河道运输商品进入巴黎的垄断权，水路商人卡特尔（当时叫“商业公会”，即“汉萨”）更有管理和监督的自由。国王下令禁止在沙滩广场周围的港口区建造任何房屋，鼓励在此投资兴建港口设施。商人行会的权威在1190年腓力·奥古斯都率十字军出发东征之际得到了充分的肯定。临行前，他授权母亲和巴黎主教共理朝政，但是授予“六位正直可敬的”巴黎商人监督治理国家的权力，这六位巴黎人都是水路商人行会的权威领导人士。他们被委派每年三次查核巴黎及全国各官员呈送的账目。国王利用城镇来与封建领主权力相抗衡，没有比这更清楚的例子了。
腓力·奥古斯都东征返回巴黎之后，继续善待水路商人行会。例如1220年，他授予他们在巴黎监督、管理计量的权力，标准计量器被设置在大桥附近的一座凸起的建筑里，商人们在此进行交易，不准确或有毛病的计量器将在建筑物外的广场上被焚烧掉。随着特权范围的不断扩大，财富积累越来越雄厚，水路商人集团逐渐被看成市政委员会的代言人。13世纪初期，他们开始使用一种带有一艘船的简单图章。当时的“巴黎市长”由商人担任，可以竞价获得。市长在沙特莱要塞办公，享有司法、监督、管理和军事权力，不过水路商人行会越来越强烈地反对他的权威。1260年至1265年间，圣路易承认地方政府的存在，巴黎市长正式成为国家官员。埃蒂安·布瓦洛是第一个担任此职的人，任期从1261年至1270年，他与已经成为市政委员会委员的水路商人集团共同享有地方治理权力。水路商人行会从商人中选出自己的商人市长。在一个多世纪的岁月里，国王已经逐渐认可了全法兰西各市政府的权力，但是他不愿在巴黎做出同样的认可，因为国王不想放松他对巴黎的控制，也不愿意使从巴黎获得的经济收入受到限制。据估计，13世纪90年代，巴黎的贡献占国王年收入的14%。水路商人行会实质上就是城市委员会，商人市长即巴黎市长，他们的图章也成为巴黎市的市徽。
在承认水路商人行会拥有法律权力的同时，国家还把道德与法律责任向其他商业和手工业行会扩大。国王赞同这种做法，因为他可以以各种税收的名义获得收益，他也尊重这些机构行使自我监控功能，并认为这种法律依据优于封建附庸制的权力形式。到12世纪末，联合起来的行业多达一百多种，形成了形形色色的行会。有些行会规模极小，主要对本行业实行质量监控，如锻金行会只有六名锻金工。经济的飞速发展刺激了分工协作，因此以毡、棉布、鲜花以及孔雀羽毛为材料的帽子行业形成了几个不同的行会，人数较少的女性从业者也会加入其中。另一方面，像纺织工、面包工和修鞋匠等行业的数百名工人又未形成可以依属的行业组织。不同贸易组织之间存在等级差别——例如宗教塑像制造商傲慢地称他们的产品是“教堂、贵族和其他富人使用的”。 [66] 这并不能完全反映技艺的等级：当时最有权威的行业组织是屠夫行会，他们早在1134年就结成了行会。他们享有在自己店铺以外的地方雇用帮手的权力，而当时的规定是商人和工匠只能在自己的经营场所工作。
钱币兑换商在当时极为重要。大多数钱币兑换商是意大利人，虽然从1141年开始他们一般被统称为伦巴第人。因为他们需要在连接西岱岛与右岸的大桥上交易，所以人们也把这座桥称为兑换桥。他们多半住在右岸（现在巴黎的第一区至第四区）的伦巴第人街，其他有组织的行业也以同样的方式在巴黎城市地图上留下自己的印记——他们的街名成为工业和店铺特色的向导。这种向导有时也会出错。例如，虽然在蒂堡有许多纺织工，但是1296年的赋税登记表上表明他们无一人居住在蒂堡南部的布业街。不过财政文件表明许多皮货商住在皮货街上，修鞋匠住在西岱岛补鞋街上，头盔制作商住在大桥北侧的头盔制造街上。
并不是所有的工人行会，甚至一些有集体意识需要共同合作的行会，都获得了完全合法的地位。对于住在靠近塞纳河岸洗衣妇街上的洗衣女工来说情况就是如此。更为不体面行业的人也有自己的聚居区。在圣马丁街旁边的杂耍街上（今天第四区的蓬皮杜中心附近），确实住着许多杂耍艺人，而无赖街、酒杯口街上住着什么样的居民也是一目了然的。妓女们——她们曾要求和其他行业一样为巴黎圣母院募捐一扇窗子，不过被主教拒绝了——通常住在“妓女缪斯街”和“妓女胡同”。1270年，圣路易试图将有执照的妓女限制在全城的一小部分街道上。 [67] 有趣的是，大多数妓女所在街道在西岱岛上或右岸地区，学生只得穿过塞纳河到对岸去偷欢。
各行业在当地本行业产品的生产和销售上享有垄断权以及其他一些特权。石匠郑重地宣称他们的权利是8世纪铁锤查理赋予他们的。每个行业均通过学徒制进行行业培训。与每个作坊里的熟练工和候补工一样，学徒的人数通常是固定的，目的是保持价格的稳定性，并使生意能够一代代平稳地流传下去。竞争的压力通过一种虔诚、友好、慷慨大方的相互帮助得到有效缓解，这主要得益于与各个行业相关的联谊活动。例如屠夫行会就与右岸的屠宰场圣雅克教堂联合起来，他们的经济活动场所离这座教堂不远，他们的社会生活可以在这里得到有效开展。
具有经济活力的首都城市的各行各业就这样结合为一体，既扩大了国家的收入和利益，又巩固了中小生产者、工匠和店主的地位，增加了他们的收益，再次证明了王权利用合作关系增强自身在首都城市的权威的有效性。这种现象在中世纪巴黎的另一利益群体——大学——中也可见一斑。
起初，卡佩王朝曾担心大学给他们带来的麻烦会多于收益。12世纪的特点之一是无休止的动荡，躁动的都市师生团体成为当地行政管理的一大难点。腓力·奥古斯都甚至曾一度考虑要解散教师团，将他们驱逐出巴黎，许多教会人士也认为这个世俗的左岸社会不合他们的胃口。克莱尔沃的圣贝尔纳曾经劝告渴求知识的年轻教士说：“离开这个奢侈的环境去拯救灵魂吧……你在广博的世界会学到比书本上多得多的知识！”塞勒的彼得将巴黎这座城市描绘成一个“堕落的罗网，罪恶的陷阱，地狱的毒箭，使纯真的心灵迷失了方向”。 [68] 维特里的雅克描述说，许多教士与妓女同居一舍。他粗略地描述了在巴黎学习的各国学生的主要罪孽，例如，诺曼人“自负，喜欢吹嘘”，布列塔尼人“反复无常，缺乏恒心”，英格兰人是“酒鬼”，荷兰人“软得像黄油，惯于懒惰”，罗马人“喜欢暴力，乐于煽动叛乱，满口污言秽语”，日耳曼人“生活放荡，伤风败俗”。 [69]
但是，到了12世纪晚期，尽管一些教会人士仍坚持对这个难以驾驭的群体心存疑虑，王朝却持有一种积极的态度。可能因为巴黎的一些毕业生已经进入王权的初具规模的行政管理机构，使得国王有机会亲自了解到圣热纳维耶芙山的学校确实传授了某些技能给学生。巴黎学术界拥有的国际声望也一定引起了王朝对自我吹嘘的宣传的兴趣，并极力对外炫耀巴黎城市本身“学术中心”的形象，认为世界的学术中心曾经从古埃及传至雅典，从雅典传至罗马，现在又从罗马传到了巴黎。尽管学生和教师团体的确给当地治安构成了威胁，但他们的存在又代表了城市需求的一个重要部分。如果当时没有他们以及相应兴起的服务性行业——从餐饮住宿到手稿抄写和装饰——的存在，左岸就会变得赤贫。大多数法兰西学生出身贫寒，但是巴黎的荣光也吸引了许多出手阔绰的外国富家子弟的到来。
不过，王朝对大学的官方认可还是在一桩公共事件发生之后的事情。1200年左岸的一家小酒店里发生了一场学生暴力纠纷，致使五名学生死亡，学生威胁说如果冤情得不到昭雪，他们就要退学，离开巴黎。腓力·奥古斯都将学生置于主教的裁定令状之下，而未使他们成为沙特莱要塞法庭的世俗司法裁决对象。这种将教士权力标准应用到大学生身上的做法，使学生和他们的神职教师共同构成一个直接受控于教皇而非国家的团体。这样做的结果是使大学师生不再与巴黎主教直接发生关系，这是因为当时腓力正在忙于剪除主教的羽翼。几年以后，教皇在往来的信件中称这些师生形成了一个“社团”。“大学”这一术语不久也开始使用了。 [70] 至于这个团体是如何在13世纪早期提升了自身的地位、扩大了自身的特权的，我们不得而知。1215年，教皇的官方使节库尔松的罗贝尔（他本人即为巴黎的教师）颁布了一些法令，确认了他们已经拥有的权利并赋予他们更多的特权，但是他们的社会地位仍很脆弱。1229年在圣马塞尔镇的一次学生骚乱之中，一名学生被杀，无论是主教还是圣路易的母亲，当时的摄政王太后卡斯蒂利亚的布兰卡，都未予以任何补偿调解，于是学生团体威胁要一同离开巴黎。他们果真践行了自己的恐吓，在1231年接到教皇的强制性命令后才返回巴黎。
结束此事件的1231年教皇敕令进一步确认了1215年法令，承认大学是“科学的源泉……教会荣誉的根基，信念的坚实后盾，基督教战士的精神武器”。 [71] 大学提出的脱离主教及其委派的校长的管制进而自治的要求得到支持，教学大纲、教学模式和考试体系也得到批准。尽管原则上主教委任的校长仍留有颁发教师执照的权力，但现实中这种权力已掌握在教师手中。在文科学院获得硕士学位后，学生们可以继续学习神学、医学和教会法典（基于帝国先例而非教会惯例的罗马法在1219年被禁止教授）。13世纪60年代，这些学院机构得到加强，但在1219年它们的存在即已显现出来，每个学院允许有自己的领导人，即学监。1221年颁发了学校用印。同一时期，学生团体被分成四个民族团体，但这种民族团体与学生的国籍并没有必然联系。例如，“法兰西民族团体”成员包括来自法兰西岛、南法、意大利和希腊的所有学生，“诺曼民族团体”成员包括从诺曼底和布列塔尼半岛来的学生，“皮卡德民族团体”成员包括从佛兰德及大多数法兰西北部地区来的学生，而“英格兰民族团体”成员最复杂，包括从不列颠群岛、低地国家、斯堪的纳维亚国家、日耳曼中部地区、匈牙利和斯拉夫国家来的学生。每个民族团体由一位学监负责管理，这四位学监可以竞选学校校长。民族团体为学生的精神和世俗交往及互助提供了组织形式，也为解决争端提供很好的解决途径。当时，学生与以往一样好冲动。在1280年的一场冲突中，英格兰民族团体将皮卡德民族团体住地的房屋毁掉，杀死几人，将剩余者赶出城外。
因此，学校的管理机构将学生置于主教控制之外，他们得到的是教皇和王权的庇护。二百多年里，教皇和国王的支持很少动摇。学校面对的最大危机源于13世纪50年代，涉及托钵修会的作用问题。在13世纪，许多宗教机构得以建立，既丰富了巴黎的精神世界，又使巴黎的建筑业熠熠生辉，因为他们得到了慷慨的捐助。1250年，奥古斯丁修会来到巴黎，在奥古斯丁河堤定居下来，接着是1257年的加尔都西修会信徒、1259年的加尔默罗修会信徒。托钵修会信徒也来到了巴黎。例如，1207年圣方济各会、1217年本笃会到来。这两个修会在1229年至1231年的学校暴乱中扮演了罢学、罢工者的角色而引起学校的愤怒。与托钵修士的斗争也有信条方面的因素。托钵修士的敌对者将他们描绘成千禧年异教信仰的认同者。13世纪50年代早期，学校限制每个修道院只可拥有一个教师席位，而当时教士担任大学教师是很普遍的事，由此引起了一场风波。教皇和国王均支持各宗教修会的权利，因此校方只得撤回声明，并接受了两个著名的修士、后来的圣人波拿文德拉和托马斯·阿奎那做教师。
宗教修会在大学内部赢得的权威声望由于学院制的出现而受到冲击，这进一步证明了大学机构的日臻成熟。旨在将托钵僧们排除在外的新型学院在13世纪中期快速兴起，这在很大程度上改善了托钵修士所能提供的办学条件。大多数学府拥有了值得夸耀的学生宿舍，不过，1257年由王家神父罗贝尔·德·索邦创办、圣路易斥巨资资助的索邦神学院却独具匠心，并为创办和经营大学提供了样板。索邦神学院不仅为学生提供住宿，还提供学费，使得学生们的学术发展得到比以往更好的指导。学生们还享用巴黎最好的图书馆。新型学院如雨后春笋迅速崛起，学生群体迅速壮大。到1300年，巴黎学生人数大约为3000名。学院通常为某一地区专门而设。1268年创建的阿尔古学院招收了40名诺曼学者。1292年由博韦主教创建的肖莱学院只招收博韦和亚眠主教管区的学生。斯卡拉学院建于13世纪90年代，招收瑞典学生。13世纪末、14世纪初还建起许多重要的学院，包括1302年创建的招收120名法兰西北部学生的勒穆瓦纳红衣主教学院。1304年创建的纳瓦拉学院和1309年创建的巴耶学院得到了众多捐助。