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根据不同情况，法医解剖可以分为以下四个种类。
①司法解剖。这是对凶杀案或有他杀嫌疑的尸体进行解剖，为警方提供破案线索。司法解剖以刑事诉讼法为基础，不须经过家属同意，属于强制执行。对于“犯罪嫌疑人不明的杀人案件”，遗体也属于罪案调查的重要对象之一。
②调查法解剖。这是对身份不明的遗体和不确定是否与犯罪行为有关的遗体进行解剖，防止犯罪分子逍遥法外。调查法解剖以《日本死因身份调查法》为依据，需要得到死者家属的同意。
③承诺解剖。这是在监察医制度执行区域（东京都23区、大阪市、神户市等个别地区）之外，为了查明与犯罪行为无关的遗体的死亡原因，在得到死者家属的同意之后进行解剖。承诺解剖由全国各大学的法医学教室负责执行，以《日本尸体解剖保存法》为依据。
④监察医解剖。这是在监察医制度执行区域之内，为了查明与犯罪行为无关的遗体的死亡原因而进行的解剖。监察医解剖由监察组织负责执行（不在大学的法医解剖室进行），以《日本尸体解剖保存法》为依据，基本上不需要得到死者家属的同意。
在电视剧里有时候会出现监察医的角色，但监察医实际上是以监察这一组织的形式来实施解剖的。
当警方认为存在犯罪行为的时候，就会进行司法解剖。即便警方认为不存在犯罪行为，但在死者身份不明或者死因不明的情况下也会进行解剖。在这个时候，会根据实际的情况进行调查法解剖、承诺解剖、监察医解剖的其中之一。
东京都23区、大阪市以及神户市执行监察医制度。在这些地区，异常死亡但与犯罪行为无关的遗体由监察医负责解剖。监察医在对遗体进行检查后开具死亡诊断书，即尸体检查报告。
而在没有执行监察医制度的地区，由全国各地的法医学教室在得到死者家属同意之后对遗体进行承诺解剖。