1937年7月,抗日战争全面爆发,为了免受战争的摧残,维持正常的教学,国立北平艺术专科学校南迁,并于次年在湖南与国立杭州艺术专科学校合并,成立国立艺术专科学校。1938年10月,国立艺专科学校由湖南迁至昆明。后来由于日机轰炸干扰,学校又搬迁至晋宁安江村。教学地点就设在村里的玉皇阁,教师和学生分散在农民家居住,学习生活条件十分艰苦。
国立艺术专科学校是当时中国最高的艺术学府,大师云集,如校长林风眠以及教师潘天寿、常书鸿、关良、方干民等。学校贯彻蔡元培和林风眠先生提出的“学校是为研究学术而设”与“美育育人、中西融合”宗旨,教学管理十分严谨和严格,规定学生中国画、油画考试都必须及格才能过关。学校在教育教学改革方面也取得了重大突破,实现了中西分系,为日后中国画教学形成自身独立体系奠定了坚实基础。
1940年底,国立艺术专科学校迁至重庆。尽管国立艺术专科学校在云南办学仅三年,但它对云南的艺术教育影响深远。国立艺术专科学校造就了董希文、吴冠中、朱德群、赵无极、李霖灿、周培初、庄华岳等一批艺术精英。云南籍毕业生黄继龄、刘付辉、唐冠芳、夏明等留在云南工作,成为云南艺术教育和创作的骨干。