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高校数字档案馆建设是一项长期且复杂的系统工程，事关学校档案工作的全局和长远发展，也是数字化校园建设和学校发展的重要组成部分，在建设过程中应当遵循以下原则：
要使高校数字档案馆建设工作获得持续的资金、技术和人才投入支持，数字档案馆建设工作必须纳入学校发展的整体规划，纳入数字化校园建设整体规划，从而增强持续建设和发展的动力。档案馆在制定和执行标准规范时要考虑本校数字档案馆的标准规范与数字化校园保持一致，充分考虑本校数字化校园和档案管理的实际情况，为档案信息资源与学校信息资源的共建共享、互通互联打下基础，创造条件。
档案馆在制定数字档案馆建设规划时，要立足长远，既要把握国家数字档案馆发展的战略目标和政策方向，又要深入了解本校档案工作的现实基础和发展需求，数字档案馆建设不是单纯购买一些硬件设备或一套管理软件那么简单，建设规划方案应该遵循信息资源建设的规律，从顶层自上而下地设计，站在学校资源管理全局的高度，为实现数字档案馆这个目标而进行有计划地规划，设计好各个档案管理信息系统的建设标准规范、档案移交接收标准、质量检查标准、目录数据库标准、各类档案资源著录的元数据标准规范、档案鉴定标准、档案存储载体标准、档案利用控制标准、档案安全体系建设标准规范及相关的人才队伍建设、制度保障等，同时需要档案部门处理好档案馆与电子校务、档案馆与各归档部门、档案管理人员与归档部门管理人员、档案管理人员与师生校友等之间的复杂关系，从而实现数字档案馆建设促进学校数字校园建设工作、规范档案管理工作、促进校内各部门之间信息资源的共建共享、消除信息孤岛的目标。
数字档案馆建设是一个长期的工程，需要注重整个工程项目的循序渐进和持续发展。现在大部分高校数字档案馆建设工作滞后于学校的数字化校园建设水平，数字档案馆建设就要结合本校的实际情况，规划一个总体、完整、长远的实施方案，在具体实施时要全面了解本校信息化和数字化校园的建设情况，包括建设的现状、发展规划、建设的标准规范以及相关系统的开放共享程度，并在此基础上对学校数字档案馆建设工作进行规划、设计和实施。在具体实施项目前，要摸清本校档案工作的基础条件和档案工作的发展水平和状况，包括档案收集、整理、存放和利用的具体工作状况、档案信息资源的具体数量和质量、已有的档案设备条件等，以便于做出贴合本校实际的具体发展规划和切实可行的建设方案。在项目具体建设实施时，需要把复杂庞大的数字档案馆建设项目分成若干相对独立并先后连续实施的子项目，确立优先次序，分期选择重点，合理安排，稳步实施，分阶段、有步骤地持续推进。
对于高校数字档案馆建设工作来说，一般应按照数字档案馆系统规范，建设安全可靠、布局合理的局域网、校园网、互联网三网隔离的档案网络平台，配备必要的防火墙、漏洞扫描、入侵检测、安全审计等网络安全设施，把数字档案馆的“高速公路”建设好，然后再配备满足开展数字档案接收、管理、利用等业务应用系统工作需要的服务器和存储设备，按照本馆的实际情况再升级和定制开发与本馆业务最相符的数字档案管理系统，落实数字档案馆的“车”，依据本馆的馆藏实际情况分批次有序开展馆藏数字化加工工作，开展电子文件和电子档案的管理工作，装载丰富的“货”，在整个建设过程中始终需要考虑必要的人、财、物的支持，开展相应的安全保障体系以保证数字档案馆建设的效果和保障档案信息安全，相当于制定相应的“交通规则”。
高校数字档案馆建设应围绕高校的教学、科研、管理等重要活动的开展，收集相关的历史记录，注重管理好以学校部门、学生、教师为主体形成的具有保存价值的档案。建设时应充分了解学校的档案管理业务，从学校档案的收、管、用等各个环节考虑相关的资源建设工作，为收集档案资源而建立档案信息采集平台，为管理档案资源而建立档案管理信息系统，为档案安全而建设档案保护系统和备份系统，为满足档案利用、档案信息服务而建立档案网站、档案资源发布平台、档案利用预约和档案远程借阅等平台。以记录学校发展的档案资源为中心，优先建设重要档案资源，重点收集相关的电子文件和电子档案。开展馆藏档案资源数字化也应以需求为导向，对馆藏珍贵档案、有重要保存价值和使用价值、形成年代相对较早、有特色的档案、利用率高和需求大的档案应优先进行数字化。建设档案网络平台应有利于电子文件的归档管理、档案信息资源的共建共享和网络利用，目前高校大都采用“双套制”管理模式，进行数字档案馆建设时要充分考虑学校电子校务的具体情况，基于校园网搭建电子文件管理平台，构建电子文件和电子档案管理系统，对电子文件实行从电子文件的采集到电子档案的收集、保管、利用的全过程管理，相关的管理信息系统的功能实现、操作界面等应尽可能符合用户操作习惯，对电子档案、档案数字资源的存储格式的选取应符合长期保存需要，便于共享和利用。
高校数字档案馆建设应充分考虑档案资源安全保密和数据敏感的特点，涉密档案相关的工作必须严格按照保密工作的要求执行，非涉密档案相关的工作也应满足信息安全等级保护的要求，评估数字档案系统的安全风险，采取相应的安全保障技术方法，配备必要的安全设施设备，同时严格遵守国家法律法规和标准规范，建立健全安全保密管理制度，明确档案工作中相应部门的安全职责，落实部门安全管理员、应用管理员、系统管理员、网络管理员等岗位的职责和人选，必要时还应明确安全保密管理员、安全审计员等岗位职责，确保档案信息安全。同时要对档案实体进行相应的安全保护，运用现代科学技术建设智能档案库房，在库房中建立温湿度自动控制系统、自动防盗报警系统、自动防火报警及灭火消防系统、视频监控系统、门禁管理系统等，对于档案数据中心机房还应保证设备的恒温恒湿、屏蔽强电磁干扰、防雷接地、提供UPS不间断电源供电和提供完善的安全备份策略等，防止档案实体和档案数字资源的破坏和丢失。