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我国对住院医师规范化培训的探索起源于20世纪20年代，实行住院医师规范化培训之前，学生从医学院校毕业，未经二级学科培养，就直接分配到医院从事临床工作，以后的能力和水平相当程度上取决于所在医院的条件，严重影响了医疗队伍整体素质的提高。20世纪80年代开始，许多地方恢复了住院培训的试点工作。经过10多年的实践，一套较为完整的住院医师规范化培训的制度和模式已经得到了确定和完善。
1.3.1 萌芽阶段（1921—1978年）
1921年，协和医学院在国内首先建立了严格的24小时住院医师负责制度和总住院医师负责制度。此后，国内动荡的社会环境导致医师培养无法走上制度化发展轨道，直到1962年，原卫生部出台《高等医学院校附属医院住院医师培养考核试行办法》和《卫生部直属医学院校附属医院、教学医院试行助理住院医师选拔、培养制度（草案）》，住院医师培养制度才被正式提出。但由于历史原因，未能如期实施，我国的住院医师培养也陷入了一个停滞阶段。
1.3.2 探索阶段（1979—1992年）
1978年十一届三中全会召开以后，国家教育事业迎来了一个崭新的春天，面对亟须解决的教育和医疗问题，如何培养合格的临床医师再次成为焦点。1979年，为加速青年医师成长，提高高等医学院校附属医院的工作水平，原卫生部重新出台了《高等医学院校附属医院住院医师培养考核试行办法》，将住院医师培养第一次以制度的形式加以规范，为各地区开展培训试点提供了制度依据。随后，选择浙江、上海、北京、天津等部分地区作为试点，正式开始住院医师培训制度的实践探索。
1.3.3 形成阶段（1993—2002年）
经过试点实践，住院医师培养经验逐步在全国推广，培训机构也由医学院校附属医院扩展到其他类型的医疗机构。对“住院医师培养”的提法也更新为“住院医师规范化培训”。1993年和1995年，原卫生部先后发布《临床住院医师规范化培训试行办法》和《临床住院医师规范化培训大纲》，标志着我国住院医师培养正式走向规范化培训道路。1998年和1999年，《中华人民共和国执业医师法》及《医师资格考试暂行办法》相继出台，将我国医师行业引入了法制化轨道，直接推动了住院医师培训的发展。截至2002年年底，我国开展住院医师培训的省份增至20余个，13个省市开展了住院医师培训基地认证，认证培养基地2400个，26个省、市、自治区和单位获权颁发卫生部住院医师规范化培训合格证书。
1.3.4 完善推广阶段（2003年至今）
随着人们对医疗服务需求的不断增加，以及国家人事、分配、社会保障等各项制度的变革，原本的住院医师培训制度已不能满足新时期的人才培养要求。2009年，国家发布《住院医师规范化培训标准（试行）》，该标准依据新时期医疗服务需求规范了住院医师培训的相关内容。2013年年底，国家卫生和计划生育委员会等七部委联合下发《关于建立住院医师规范化培训制度的指导意见》（以下简称《指导意见》）。2014年，为贯彻《指导意见》，规范住院医师规范化培训实施工作，《住院医师规范化培训管理办法（试行）》出台，同年6月30日，教育部、国家卫生计生委、国家中医药管理局、国家发展改革委、财政部、人力资源和社会保障部联合发布《关于医教协同深化临床医学人才培养改革的意见》。至此，我国正式进入了全面实施住院医师规范化培训的崭新阶段。
从某种程度上讲，没有高质量的医学教育，健康中国建设就没有基本的保障。医学教育涉及教育和医疗两大民生问题，直接关系到千家万户，关系到每一个人的生命和健康。医教协同推进医学教育改革发展是建设健康中国的必然要求，是深化医改、提高医疗卫生服务水平和质量的治本之策。2017年7月11日，国务院办公厅公开发布《关于深化医教协同进一步推进医学教育改革与发展的意见》。党的十九大明确提出，要优先发展教育事业，实施健康中国战略，对医学教育更好地服务医药卫生事业发展提出了新的更高要求，也为医学教育改革提供了强大的推动力。