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南开大学哲学系副教授李祖扬根据科学问题的定义和属性将科学问题分为科学问题与非科学问题，根据目标和方向将科学问题分为正确的科学问题与错误的科学问题，根据背景知识将科学问题分为常规性问题和非常规性问题，详细介绍可查看李祖扬的《科学问题辨析》一文。当然，从不同的视角和层面上分析，科学问题的分类有很多种方式，如文献报道、实践发现等。从产生的渠道来说，学者们将科学问题分为四个类型，分别是基于科学理论与科学事实之间矛盾的问题、基础科学事实之间矛盾的问题、基于科学理论之间矛盾的问题和基于科学理论自身矛盾的问题。根据其涉及的范围，我们认为可以分为基础科学问题、基本科学问题和根本科学问题，为了对三者进行区分，我们以盖房子的整个过程为例子，来进行形象的说明。
基础科学问题，涉及整个研究领域的基础。如同盖房子的地基桩，只有把它们一个一个解决好，才能保证建筑的稳定。然而，如同地基桩会有很多，一个领域涉及的基础性科学问题也有很多，存在尚未解决的科学问题，并不影响整个领域。
基本科学问题则涉及整个地基，是至少涉及80%以上地基桩所代表的基础科学问题的共性科学问题。当然，这是一个领域中重要和关键的科学问题。如果这个问题不解决，那么整个领域是很难建立起知识大厦的。
这是决定整个研究领域是否成立的科学问题。根本科学问题可大可小，但绝对是现有条件下很难解决的科学问题。这种问题就相当于房子的设计图过于新颖，还没有人或者很少有人盖过这样的房子，或者说对于现在的人类，还没有这样的技术盖好这个设计的房子。解决这类科学问题的难点，第一是因为所在领域较新，尚未发现这一根本性科学问题，即发现问题难。在医学科学研究中，显然存在着很多的未解之谜，很多问题都属于根本科学问题，对于尚未发现的根本科学问题，需要通过小的探索性的项目积累知识，在知识传承中去发现。第二是因为相关技术尚不具备，人类还没有能力解决这一科学问题，即技术攻关较难，已经脱离了科学研究的范畴。当然由于技术方面的问题而造成的问题就不再属于科学问题，而是技术问题。这时候需要学会区分科学问题和技术问题，简单地说科学问题就是发现一个新的问题，而技术问题就是发现科学问题的这一过程。