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关于科学问题的来源，我们可以从其发展的动力上来进行追溯。张艳利在《从科学问题的来源谈现代物流发展》中谈到它的主要来源有：为寻求事实之间的联系而提出问题；从理论与实际之间的矛盾、某一理论内部的矛盾、不同理论之间的分歧、社会需求与已有生产技术手段的差距中发现问题。而郑玉莲在《论科学问题在科学发展中的作用》一文中讲述了科学问题主要有两个来源：一个是外部来源，一个是内部来源。下面，我们就在各学者的基础上对科学问题的来源进行总结：
1.外部来源
外部来源又分为直接来源和根本来源。一般情况下，外部来源首先需要转化为科学自身的问题，才能发挥其相应的作用。哲学与宗教的产生和发展是科学问题形成的最早的外部来源。实践分为两种，分别是社会生产实践与科学技术实践。神秘的自然现象是科学问题产生的直接来源，而人类的社会实践活动是科学问题产生的根本来源。这个说法来源于社会生产实践，可以理解为从生产和实际生活的需要中提出某种特定的目标，以及为了确定基础研究成果的可能用途而探索它的实现性和如何实现的问题，进而产生了科学问题。来源于科学技术实践的科学问题可分为经验问题和理论问题。经验问题产生的情况有：①为寻求经验事实之间的联系，并做出统一解释而产生；②为了验证假说和新发现的事实而提出；③从实验中偶然发现奇异现象，为找到有价值的目标而提出；④因原有理论与新经验事实之间存在矛盾而提出。理论问题产生的情况有：①多种假说之间存在差别和对立；②科学理论内部存在的逻辑悖论或佯谬；③不同学科的理论体系之间的矛盾；④追求科学理论普适性和逻辑简单性而提出的科学问题。由此可知，人们在社会活动中，会遇到许多的矛盾与困惑，科学问题就由此产生。
2.内部来源
内部来源则是指因为理论与人们固有经验之间有矛盾、同一理论体系内部各支点有相互矛盾、不同理论体系之间有矛盾，从而产生问题。这主要是科学理论与外界或者自身的矛盾，此外，科学问题与科学理论体系密不可分，在现实生活中，总会出现理论与实际不符合，不同理论之间也会出现矛盾，而问题往往就是从诸多的矛盾中发现的。这时，我们可以联想到问题可能是为追寻事实之间的联系而提出的、从理论与事实间的矛盾中提出的、从某一理论内部的矛盾中发现的、从不同理论之间的分歧中发现的、从社会需求与已有生产技术手段的差距中发现的，等等。
也有的学者将科学问题的来源归咎为社会实践和科学技术实践。第一，科学问题来源于社会实践，从生产和实际生活需求中提出某种特定的目标，或是为了确定基础研究成果的可能用途而探索它的现实性而提出问题。第二，科学问题来源于科学技术实践，其中又可从经验和理论方面来区分。经验问题是指来源于经验认识中的问题，它体现着人们对经验事实或事实之间冲突的不解或疑难；理论问题是指存在于科学理论中的问题。
1.寻求经验事实之间的联系并做出统一解释而产生的科学问题
探寻科学规律、建立科学理论或假说的目的就是为一定范围内经验事实间的联系给出统一解释，认识科学事实及其联系并构建理论是最基本的科学问题。如抑郁症和阿尔兹海默病，从名字上看两者之间不存在联系，但通过基因富集等可能发现它们之间存在共同的致病通路，围绕它们之间的通路，我们想要解释这两个疾病之间围绕通路而产生的联系，进而提出了相关的问题。人类在认识事物时，总是从个别现象开始，首先进入认识活动中的常常是孤立的事实和现象，事物之间的内在关系不会直接被把握。人类的认识总是倾向于对普遍性的追求和向往，因此不满足于对科学事实的攫取，而是探寻科学事实背后的本质、共性、必然性和普遍性。普遍性的探索，有时是通过对典型或重大的科学事实进行的，而更多的情况下则是通过寻找科学事实之间的联系而进行的。随着人们对某个科学问题的认识的不断深化，当分散的经验事实积累到一定程度时，就要进行整理和概括，寻求事实之间的相互关系，进而把握事物的内在本质。当经验事实不能纳入已有的理论框架中加以解释时，就需要创立新的、更具有普遍意义的科学假设，做出合理解释，此时很可能突破已有知识而形成新的问题或者假说。
2.为验证假说和新发现的事实而提出的问题
科学中新的假说被提出之后，必须通过，实验和观察来进行验证，因此如何对假说进行检验构成了科学问题的另一重要来源。比如药物A对于人类疾病有广泛的治疗作用，在一次实验中，科学家们偶然发现这一药物在一定范围内对老年痴呆有一定的作用，那么为什么会有这样的作用？这样的作用需要如何控制才能更好地发挥药物的作用？这就是依据新发现的事实所提出的问题。
3.从实验中偶然发现的奇异现象中寻找有效价值的科学问题
现如今，大多数的医学科研问题需要通过实验将结果直观地展现在大众面前，以此来获得更大的说服力。因此，医学科研接触的实验越多，发现的新问题和新事物也越多，就比如你写一篇文章，看的越多，发现的问题也就越多。
4.根据原有理论与新经验事实之间的矛盾而提出的问题
当原有理论不能解释新的现象和新的事实时，就产生了新的探讨科学问题的需要。这些问题都属于经验型问题。根据多假说之间的差别和对立而提出的问题则属于理论问题。在人类实践生活中，由于矛盾产生而提出了与已有真理对立的问题。这样的问题提出方式也屡见不鲜。
不论是哪种说法，科学问题的来源与矛盾、理论、实践密不可分，也许当我们将矛盾、理论和实践之间的联系理清楚时，才能对科学问题的来源有更加深入的了解。科学问题的本质是矛盾，它主要表现为已知与未知、已有与未有的矛盾。两组矛盾紧密相连、彼此制约、相互转化，其中以已知与未知的矛盾为核心，已有与未有的矛盾是已知与未知的结果和表现，已有与未有的矛盾最终将转化、还原为已知与未知之间的矛盾。因此，作为科学问题本质内容的矛盾，实质上是已知与未知之间的矛盾。而科学研究和科学理论的主要任务，是试探性地对已有的经验和事实做出解释，并对未来的经验和事实提出预测。科学问题并不是在人的思想之外的客观存在，而是主体关于科学知识与对象不相符合的疑问，或者是关于不同的科学知识相互对立的疑问。所以，科学问题通常是在无法给事实提供理论的解释时提出的，一旦发现已有理论不能解释或解决的事实和需求，已有理论的预测不符合观测的事实时，也就出现了有待解决的疑难问题。探求发现科学问题的主要途径，重点在于考察理论与事实之间以及各自内部的矛盾组合。