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发散型思维导图与知识型思维导图从直观上看没有什么区别，都是由中心向四周发散的层级结构，都具备思维导图的基本要素。但是二者之间仍然存在本质上的区别，或者说根本性的差异。
托尼·博赞先生所著书籍中描述思维导图的基本特征有：发散型思维导图侧重于思维的激发，主要是放射性思维和非线性思维的应用，重在自由联想。当中的关键词主要通过联想或者个人灵感信息方面的提取，在创新方面有突出的表现，相对容易快速掌握。
知识型思维导图侧重于思维的整理，其重点在知识内容的内在逻辑和整体架构。关键词则依据知识的内在关系进行提取、概括或归纳，更加严谨，它主要用于知识体系建构、章节内容的提炼以及复习汇总等方面，需要应用者系统、全面掌握相关内容并经过一定训练后逐步掌握。我们可以借用一句很通俗的句子来进行说明，发散型思维导图就是通过某一个吸引人的点，联想到了围绕这个点有关的内容，由此形成思维导图；而知识型性思维导图则是将很多吸引人的点集结起来通过个人的理解，将表面上没有联系的不相同书籍内的知识点相联系形成一个系统。
发散型思维导图与知识型思维导图并不是矛盾对立的，而是相互融合、补充、统一存在的，只有将二者联合应用，才能将信息完全运用到自己所研究的领域中。一方面，我们可以借助思维工具对知识和信息进行深入地加工，以达到更透彻的理解；另一方面，我们可以通过对知识的加工促进思维技能的熟练，进而全面实现向思维能力的迁移。
对于发散型思维导图，通过使用头脑风暴，进一步对思考过程中所获得的信息和结果进行整合和整理，最终所获得的思维导图中会存在不同分支之间或同一分支的不同层级之间内在的逻辑联系，这些互相间的内在联系将是寻找问题解决办法的突破点之一。对于知识型思维导图，在总体结构化思维的基础上，虽然它在定义上偏向于知识层次，但它有着和发散型思维导图相似的线条和分支，在这些分支的一些层级同样会有放射性思维存在，在文字、图案、图示和标记等的应用中同样会有创新和联想，同时，在不同分支的不同内容之间同样会出现发散性的联系。