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首先，在一定条件下，关于研究对象的已知背景知识和未知内容是不随科研主体意志的改变而改变的，二者的差距也是客观的。其次，科学问题解答的方法必须是科学方法，必须以尊重客观规律为前提。最后，科学问题经解答所形成的理论内容是客观的，是客观真理的组成部分。
其一，科学问题就其内容、解答方法的前提和形成理论的内容是客观的，但其形式是主观的，这种主观的反映形式是用语言概括表达出来的。其二，对同一个未知内容，由于研究主体不同，可能形成不同形式的科学问题。其三，不同的科研主体对同一问题解答的形式可能不同。
科学问题的中立是指它没有阶级性，这是由科学问题的客观内容决定的。对于科学问题来说，正是因为其内容是客观的，因而它不依赖任何人、任何阶级、任何社会集团的意志而转移，形成科学问题的已知背景知识和未知内容的差距并非因为科研主体的不同而不同，它对任何人、任何阶级都一视同仁。
科学问题的形成、发现和提出是自然界“自在自为”的未知之谜，是研究主体的“为我”的未知之谜的转化过程。科学问题一旦提出，便成为现实的“关于未知东西的某种知识”，因而科学问题的探索性是指科学问题在内容上总是指向自然界的未知领域，总是使自然界的“自在自为”的未知之谜不断地进入科研主体的认知领域，使科学充满生命力。纵观科技发展的历史，人类正是通过科学问题来探索、认识自然界的。人们不断从宏观和微观上探索，使人类对自然界的认识不断深化和拓展。正是在这个意义上，爱因斯坦才深深地体会到“提出一个问题比解决一个问题更重要”，而且新科学问题的提出“标志着科学的真正进步”。
科学问题在不同时代的发展，如同人类全部思维的发展一样，“都是一种历史的产物，在不同的时代具有非常不同的形式，并具有不同的内容。”每一时代都有自己的科学问题，新科学时代总是在以往时代科学问题结束之际，随着新科学问题的提出而到来的。
同一问题在不同的时代具有不同的性质和内容，只有在特定时代，某些问题才是科学问题。此外，科学问题在一定历史时期被解答之后并不意味着该问题的消失，它会随着知识背景的变化而归化到新问题中去。尽管有时新问题与原问题的语言表达形式完全一样，但其内容有很大差异。
每一门学科都有自己的科学问题，从一定意义上讲，各学科的诸多问题的内容、形式复杂多样。而且有些科学问题介于两门或两门以上的学科之间，也叫“被人忽视的无人区”，在这无人区中的科学问题表现了既属于某一个学科，又属于其他学科的更为复杂的特点。