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《内经》病理学说，即病机学说，包括发病、病因和病变等内容。它对仲景学说有极深刻影响。
1.发病 人发病的两个主要方面是正与邪，“正”指机体抗病能力，“邪”指致病因素。《素问·刺法论》说：“五疫之至，皆相染易”“不相染者，正气存内，邪不可干”。这清楚地说明了正气充实，抗病力强，虽有外邪侵袭，仍然安然无恙。《灵枢·百病始生》说：“此必因虚邪之风，与其身形，两虚相得，乃客其形。”这也清楚地说明了正气虚衰，抗病力弱，易招致外邪侵袭，而发生疾病。仲景直接继承了《内经》的发病说，所以《金匮要略·脏腑经络先后病脉证》篇记载“若五脏元真通畅，人即安和”“不遗形体有衰，病则无由入其腠理”。
2.病因 《素问·调经论》说：“夫邪之生也，或生于阴，或生于阳。其生于阳者，得之风雨寒暑；其生于阴者，得之饮食居处，阴阳喜怒。”这里提出邪生于阳（表）的是“风雨寒暑”（泛指六淫），邪生于阴（里）的是“饮食居处”（指饮食劳倦）、“阴阳喜怒”（指房室、七情）。仲景继承了《内经》病因说并有发展，在《金匮要略》同一篇中说：“千般疢难，不越三条：一者，经络受邪入脏腑，为内所因也；二者，四肢九窍，血脉相传，壅塞不通，为外皮肤所中也；三者，房室、金刃、虫兽所伤。以此详之，病由都尽。”仲景病因说，以客气邪风为主，经络脏腑为内外，房室金刃、虫兽为第三因。较之《素问·调经论》“生于阴”“生于阳”说又发展了一步。后世陈无择三因说就直接导源于《金匮要略》。
3.病变 疾病的变化是错综复杂的。不过《内经》从正邪斗争双方力量对比的情况出发，概括为“虚”“实”。如《素问·调经论》说：“百病之生，皆有虚实。”从人体阴阳偏胜的情况出发，概括为“寒”“热”。如《素问·阴阳应象大论》说：“阳胜则热，阴胜则寒。”从病势的趋势出发，概括为“表”“里”。如《素问·玉机真藏论》说：“其气来实而强，此谓太过，病在外；其气来不实而微，此谓不及，病在中。”这里的“外”“中”，即“表”“里”。上述虚实、寒热、表里病变是最基本的。里虚寒的病变，又概括为阴；表实热的病变，又概括为阳。所以，《伤寒论》（1962年重庆版《新辑宋本伤寒论》，下同）第7条说：“病有发热恶寒者，发于阳也。无热恶寒者，发于阴也。”这就是辨外感阴阳两大证型的纲领。阴阳、表里、寒热、虚实病变寓于六经病证之中，就成了仲景辨证论治的基础。
《素问·通评虚实论》说：“邪气盛则实，精气夺则虚。”《伤寒论》第95条解释太阳病“发热汗出”之原理时说，“此为荣弱卫强”。卫强是卫中之邪气强，故发热；荣弱是脉中之荣阴受邪蒸迫，故汗出。第210条“实则谵语，虚则郑声”，体现了仲景继承《内经》病变说虚实论的学术思想。
《灵枢·刺节真邪论》说：“阳盛者，则为热；阴盛者，则为寒。”《伤寒论》第176条说：“伤寒，脉浮滑，此表里俱热，白虎汤主之。”伤寒脉浮滑为表里俱热，属阳盛则热的病机。第277条“自利不渴者，属太阴，以其藏有寒故也，当温之，宜服四逆辈”。“藏有寒”，是脾阳虚，阴寒盛，故生寒。正邪盛衰定虚实，阴阳偏颇定寒热。虚实、寒热交织，就分别出现如第176条的实热证和第277条的虚寒证了。体现了仲景继承《内经》病变说寒热论的学术思想。
《素问·至真要大论》说：“定其中外，各守其乡，内者内治，外者外治。”《伤寒论》第91条说：“伤寒，医下之，续得下利清谷不止，身疼痛者，急当救里。后身疼痛，清便自调者，急当救表。救里宜四逆汤，救表宜桂枝汤。”伤寒误下，由太阳之表内传少阴之里，阳气衰微而致下利清谷不止之证在急，虽原有表证未解，但里证在急，“内者内治”，故当救里，用四逆汤回阳救逆。阳回利止后，原有之表证，“外者外治”，再用桂枝汤解之。体现了仲景继承《内经》病变说表里论的学术思想。
仲景全面地继承了《内经》病理学说，有效地指导了临床实践，并在理论上有所发展。
（郑邦本撰文，原载《中医精华浅说》，四川科技出版社，1986年10月第1版）